К этому времени, 21 января 2005 г., Управление пожарной охраны МЧС уже указало дирекции музея на грубые нарушения правил пожарной безопасности при проведении служб протоиереем Б. Токаревым и запретило богослужения в храме. 30 марта 2005 г. Е. Ерицян сообщила в Комитет по культуре Москвы о самоуправстве прихода, грубо нарушающего музейные правила: 20 марта протоиерей с сотрудниками взломал и открыл западную дверь церкви, впустив внутрь дополнительно более 100 человек. Общиной было предпринято неоправданное изменение интерьера храма — безвкусные коврики и полотенца превратили усадебную церковь в провинциальную божницу; в адрес музейных сотрудников раздавались оскорбления и угрозы. 29 апреля музейный коллектив обратился к патриарху с просьбой вмешаться в ситуацию. В письме сообщалось о недостойном поведении протоиерея Бориса Токарева, об отсутствии нормальной приходской жизни и общинного самоуправления, об использовании храма в целях личного обогащения и о дестабилизации работы музея в результате этих действий. Все обращения были оставлены патриархом Алексием (Ридигером) без ответа.
Одновременно вскрылись правовые нарушения, касающиеся регистрации общины 31 мая 1999 г. на юридический адрес музея без его согласия, а 31 августа 2001 г. Москва зарегистрировала права собственности на усадебный храм, несмотря на то, что он принадлежал Федерации. Тем временем в начале 2005 г. протоиерей Б. Токарев подал в федеральное агентство документы на передачу храма в безвозмездное пользование приходу. Замруководителя Росимущества Д. Аратский дважды, 14 февраля и 18 апреля 2005 г., писал в Роскультуру, требуя согласования передачи. ФАКК отказывалось согласовывать это деяние, так как не было целого ряда необходимых документов, в частности, согласия музея, заключения органа охраны о возможности передачи, проекта охранного договора и акта технического состоянии памятника. Отсутствие такого количества необходимых бумаг наглядно демонстрировало, как агентство относится к подготовке документов. Однако Росимущество настаивало на незаконности пребывания московского музейного учреждения на федеральном памятнике. В письме были четко расписаны ролевые функции агентств: Росимущество решает вопрос принципиально и рассматривает соответствие документов требованиям законодательства, а за Роскультурой остается обязанность согласования решений, принятых Росимуществом. Повторялась история с Ипатьевским монастырем в Костроме, однако московский музей, в отличие от провинциального, было не так-то просто выкинуть из занимаемых помещений. Конфликт усадьбы Кусково с усадьбой Офросимовых, где с 1943 г. располагается патриархия, вошел в затяжную стадию. Для его решения, судя по всему, была привлечена и Счетная палата РФ, которая в апреле 2007 г. завершила проверку музея, выявив, по сообщениям в прессе, ряд финансовых нарушений со стороны директора. Елена Ерицян продолжает оставаться директором усадьбы, однако о продолжении музейно-приходского конфликта более не слышно.
Одновременно обострился конфликт вокруг церкви Троицы в Никитниках (1631—1634), где сохранились росписи Симона Ушакова. Приход был зарегистрирован 23 июня 1999 г., однако распоряжением Минимущества № 223-р от 17 июля 2000 г. сам храм был передан в оперативное управление Государственному Историческому музею. 25 февраля 2000 г. расширенное совещание по вопросам реставрации здания отметило, что оно находится в состоянии прогрессирующего разрушения, создающем угрозу для прихожан. Было решено, что после завершения реставрации храм может быть использован для музейного показа и разовых богослужений по образцу соборов Московского Кремля. Однако 20 сентября 2000 г. реставрационная комиссия отметила, что ситуация продолжает усугубляться регулярным проведением богослужений, разрешенных директором ГИМа и не санкционированных никаким соглашением, а в Никольском северном приделе сделан склад бытовых предметов. Реставрация иконостаса была признана возможной только при демонтаже икон.
17 сентября 2001 г. протоиерей Арсений Тотев подписал с музеем договор о совместном использовании храма. За ГИМом оставались контроль и меры по обеспечению сохранности памятника, а также коммунальные расходы и определение порядка реставрационных работ. Приходу в безвозмездное пользование для проведения богослужений предоставлялся основной объем храма по выходным дням и церковным праздникам. Помещение северной пристройки передавалось общине для служебных нужд с возможностью впоследствии пробить здесь дверной проем после согласования с московским Управлением по охране памятников. Однако фактически директор музея Александр Шкурко дал настоятелю устное разрешение на проведение служб, не ограниченных графиком, на что и было указано реставрационной комиссией в 2000 г. Договор лишь фиксировал установившийся порядок вещей.