Проблемы возникли и при реставрации храма Всех Святых на Кулишках (XVI—XIX вв.), где в 2008 г. были начаты работы по полной замене фундаментов храма (вместо их усиления), поскольку разбираемые первоначальные конструкции являются неотъемлемым элементом комплекса объекта культурного наследия. Однако летом 2009 г. здесь продолжали разбирать белокаменные полы с включенными в них саркофагами XVII в., а внутри всех помещений подземного яруса вычерпывался культурный слой с деталями кладки и остатками некрополя XVI—XVII в. В результате 10 июля 2009 г. главный специалист московского отделения ВООПИиК по работе с памятниками истории и культуры В. К. Фатеев и общественные инспекторы В. И. Евграфов и Н. Э. Морозов составили акт, в котором отмечалось, что памятнику архитектуры нанесен очевидный ущерб.
По-разному складывается ситуация в монастырях Московской епархии, расположенных в памятниках культуры и музеях-заповедниках. В Ново-Иерусалимском монастыре монастырская жизнь была возобновлена синодальным решением 18 июля 1994 г. Наместником монастыря стал архимандрит Никита (Латушко). 9 октября 1995 г. было подписано распоряжение Правительства № 1380-р о поэтапной передаче зданий патриархии. Минкульту было предписано в трехмесячный срок передать ставропигиальному монастырю Воскресенский собор, Гефсиманский скит, церковь Рождества Христова и восточный братский корпус, предусмотрев порядок и условия использования храма для показа их как памятников искусства. В результате в 2006 г. музей проводил экскурсии по предварительной договоренности с монастырем в пустом и заброшенном соборе. На фоне этого запустения пощелкивание ультразвуковой охранной системы, призванной отпугивать птиц, выглядит особенно зловеще.
Основные службы совершаются немногочисленной братией в Успенском приделе собора и храме свв. Константина и Елены. Дополнительно для проведения богослужений монастырю была предоставлена Богоявленская церковь 1730 г. из подмосковного села Семеновское, которая располагалась на территории Музея деревянного зодчества. 3 сентября 2000 г. храм сгорел в результате то ли короткого замыкания, то ли неосторожного обращения с огнем. 14 июля 1996 г. были подписаны требуемые документы по передаче Воскресенского собора и акт технического состояния храма. В этих условиях было необходимо создать новую концепцию и программу его консервации и реставрации, тем более что с апреля 1996 г. со стороны Комитета по культуре и туризму Московской области было прекращено финансирование работ. Из-за отсутствия цельной концепции в соборе вместо реставрации начались эксперименты по раскраске стен и сводов по личным указаниям архимандрита, отражавшим провинциально-белорусские вкусы. В августе 1998 г. работы в Гефсиманской часовне сопровождались уничтожением фрагментов живописи местных иконописцев Строевых, созданной в 1870-е гг. 21—25 августа 1998 г. ТОО «Вертикаль» произвела разбор настила большой главы Воскресенского собора и консервационного короба над первым ярусом колокольни. В результате, поскольку не были выполнены указания реставраторов, открылась аварийная часть свода, грозившая обрушением. После дождя 1 сентября фрагмент свода рухнул и частично повредил изразцовый иконостас XVII в.
16 декабря 1999 г. патриарх Алексий (Ридигер) совершил освящение Успенского придела. Однако после ремонтных работ сюда не были возвращены две каменные плиты «путеводителя по Святой Земле», являющиеся частью замысла патриарха Никона. Плиты с сопроводительным текстом вопреки историческому облику были раскрашены в красный цвет. Наблюдатели констатируют «бестрепетное отношение» монастырского руководства к немногим сохранившимся в соборе древним чертам его подлинного убранства. В декабре 1996 г. был разобран исторический кирпичный престол в приделе Усекновения главы св. Иоанна Предтечи. Такому подходу противопоставляется позиция российского духовенства, в частности архиепископа Никона (Рождественского), который призывал «беречь сокровища церковных преданий» и писал о том, что «избранники Божии беседует с нами через оставленные нам в наследство писания и другие духовные вклады в церковную сокровищницу»[323]
.Основной проблемой Нового Иерусалима является не конфликт между музеем-заповедником и монастырем, сведенный к минимуму, а бездействие патриархии в отношении переданной ей святыни. Выжидательная позиция в деле выработки новой концепции реставрации собора может быть связана не только с отсутствием конкретного видения храма после восстановления, сложностями архитектурно-реставрационного задания и баснословной дороговизной самих работ. Похоже, патриархия просто не представляет, что делать с вытребованным ею имуществом, ожидая внешних импульсов к развитию событий, возможно, в виде передачи ей всего монастырского комплекса. В этом случае его реставрация могла быть увязана с бизнес-планом по эксклюзивному использованию монастырского ансамбля и государственному финансированию его реставрации.