Монастырь прп. Саввы Сторожевского был основан в 1398 г., а работы по созиданию Рождественского собора были закончены в 1405 г. Если в XVII в. в монастыре размещалась резиденция царя Алексея Михайловича Романова, то в 1995 г. здесь возник ставропигиальный монастырь, настоятелем которого стал патриарх Алексий (в миру — Алексей Михайлович Ридигер). 9 февраля 1995 г. патриарх, министр культуры Е. Сидоров и губернатор Московской области А. Тяжлов подписали соглашение о совместном использовании Рождественского собора и некоторых монастырских построек. В нем указывалось, что музей и церковь будут строить свои отношения как добрый пример взаимопонимания и согласия в деле возрождения национальных святынь, для чего они и договорились о возобновлении на территории монастыря монашеской жизни. Для этого музеем были выделены Рождественский собор, малый келейный корпус и ансамбль скита. Собор предоставлялся монастырю для совместного использования с музеем. Праздничные богослужения должны были проводиться в его основном объеме, а для суточного круга богослужений выделялись царская молельня и Саввинский придел. Келейный корпус и скит передавались патриархии в бессрочное безвозмездное пользование, оставаясь при этом на балансе музея. Минкульт был обязан организовать целевое финансирование реставрационных работ и оплату коммунальных услуг. Патриархия брала на себя часть расходов по оплате труда технического и обслуживающего персонала. Предполагалось восстановление каретного сарая и приспособление его под гараж. Пункт 5.3 предполагал, что при проведении богослужений интерьеры освещаются с учетом требований к освещению музейных предметов и традиций православного богослужения. Обслуживание алтарных частей храма должно было совершаться в соответствии с требованиями патриархии, участие музейных ценностей в выставках также должно было согласовываться с этим учреждением. Интересно отметить, что синодальное распоряжение об открытие здесь обители состоялось только после подписания договора, а именно 20 февраля 1995 г.
5 июня 1998 г. Президент Борис Ельцин встречался с патриархом Алексием (Ридигером). В результате появилось поручение Президента № Пр-933 от 2 июля 1998 г., в котором Правительству было поручено до 30 июля рассмотреть вопрос о передаче комплекса зданий и сооружений Саввино-Сторожевского монастыря в ведение Русской церкви. Исполнительные Минкультуры и Минимущества уже 3 августа 1998 г. издали совместное распоряжение № 168/809-р. Монастырю передавались в пользование ансамбль скита прп. Саввы, большой братский корпус кроме первого этажа до его освобождения от музейных фондов, малый келейный корпус, Житная башня, Троицкая церковь с трапезной XVII в., звонница, а также церковь Преображения с трапезной. В совместное пользование переходили Рождественский собор с Саввинским приделом и крепостные стены с башнями. Комитет культуры области принимал эти здания на баланс, утверждал соглашение о совместном использовании и подписывал охранный договор с монастырем.
В ноябре 1998 г. между директором музея В. Ковтуном и наместником монастыря архимандритом Феоктистом (Дорошко) было заключено новое соглашение о совместном использовании Рождественского собора, ориентированное на соглашение о соборах Московского Кремля 1992 г. Музей совместно с органами власти должен был осуществлять госконтроль за состоянием памятника культуры. Мероприятия по поддержанию температурно-влажностного режима, как и сдача собора под охрану, должны были осуществляться совместно. Порядок служб был оговорен очень нечетко: они должны были осуществляться «согласно канонам соборного служения». Отпевания, венчания и крещения в соборе не проводились, число подсвечников ограничивалось, богослужения, с целью сбережения уникального интерьера, предусматривалось в Саввинском приделе и Троицкой церкви. Учет и хранение движимых памятников осуществлялись музеем.
Тогда же С. Гужаев, председатель Комитета по культуре администрации Московской области утвердил соглашение о порядке совместного функционирования музея и монастыря. Оно предусматривало организацию пропускного режима на основе музейной инструкции, согласованной с ГУВД, схемы разграничения и обслуживания инженерных сетей и пропорциональную оплату коммунальных услуг. Совместные выставки монастырь и музей могли организовывать в братском корпусе и в звоннице. Все проблемные вопросы обе стороны должны были решать в духе согласия и доброжелательства при уважении интересов каждой из них.