Как всегда, музейное руководство узнавало о новых инициативах патриархии последним. 13 апреля 2000 г. очередное распоряжение Минкультуры и Минимущества № 370/542-р уже передавало в пользование монастырю монастырские стены и башни: Провиантскую, Красную, Надвратную, Юго-восточную, Житную и Южную, а также гостиничный комплекс и дворец царя Алексея Михайловича. Распоряжение было исполнено противоречий: с одной стороны, дворец передавался в пользование монашеской общине, с другой — Комитету по культуре предлагалось обеспечить заключение соглашения о совместном использовании его монастырем и музеем. 15 ноября 2000 г. появилось новое распоряжение № 426/1007-р, подписанное замминистрами Н. Дементьевой и Н. Гусевым, согласно которому монастырю передавались Северо-восточная башня и монастырская гостиница. В дело вмешался федеральный статус памятника. Не изменяя формы собственности, здания с баланса Звенигородского историко-археологического и художественного музея переходили на баланс Комитета по культуре администрации Московской области. Министерству культуры предлагалось заключить с монастырем договор о безвозмездном пользовании, а Комитету — договор о сохранности и совместном использовании. На область, в соответствии со статьей 53 «Основ законодательства о культуре», возлагалось обеспечение прав музея.
Такие действия патриархии не способствовали взаимопониманию монастыря и музея, возглавляемого тогда Анатолием Некрасовым. Музейный коллектив устами заведующего реставрационной мастерской Алексея Мельниченко призывал: «Не гоните Музей, он сам уйдет из монастыря, когда будет куда уходить». Одной из проблем стало разделение паломнического и экскурсионного потоков — их организаторы демонстративно не водили «своих» к соседям. В 2001 г. административные службы музея переехали в расположенные рядом бывшие здания санатория Министерства обороны. Основные экспозиции остались в Царицыных палатах, где были воссозданы исторические интерьеры. Фонды продолжали храниться в казначейском корпусе и в Большом братском корпусе, где на нижнем этаже расположилась коллекция мебели. Собор с его иконостасом из 58 икон середины XVII в. продолжал оставаться в совместном использовании, однако серебряные оклады деисусного и праздничного рядов были сняты по просьбе монастыря, дабы не принимать их на ответственное временное хранение.
Музейный исход сопровождался недолжным отношением к святыням и памятникам со стороны монастыря[324]
. В 2001 г. в боковую алтарную дверь собора с образом св. архидиакона Лаврентия прямо в живую ткань иконы был врезан замок. В западном прясле стены был растесан под водонакопительный баллон оконный проем XVII в. Монастырский гараж был устроен за храмом рядом с усыпальницей Шереметьевых. К сожалению, традиционным для современной монашеской жизни стал евроремонт в средневековых помещениях. В начале 2003 г. выяснилось, что во время ремонта Преображенского храма были сбиты фрески первой половины XIX в. Братия ссылалась не реставраторов, утверждавших, что фрески художественно-исторической ценности не представляли. Однако было установлено, что «реставрация» началась без разрешения органа охраны памятников. Не было проведено и исследований на предмет выявления живописи под побелкой. 14 марта 2003 г. состоялось заседание выездной комиссии администрации Московской области по вопросу оценки состояния Преображенского храма Саввино-Сторожевского монастыря с участием представителей Минкультуры. Протокол комиссии, выявившей нарушения законодательства об охране памятников со стороны монастыря, был отправлен патриарху Алексию (Ридигеру) — настоятелю обители.В 2003 г. директором музея стала Галина Стоенко. Зимой 2004 г. монастырь, но не музей, посетил Президент. Музейных сотрудников на встречу не пригласили. Однако новой экспансии, несмотря на предложения патриархии отдать ей все, не произошло. Более того, осенью 2005 г. состоялись торжества по случаю 85-летия музея. Приглашенный на праздник архимандрит Феоктист не просто пришел в музей, но и заявил, что работа с музейщиками изменила его самого.
В декабре 2005 г. новым и. о. наместника был назначен игумен Савва (Фатеев), а в 2007 г. был создан попечительский совет Саввино-Сторожевского монастыря, который возглавили патриарх Алексий (Ридигер) и председатель Госдумы Борис Грызлов. 25 марта 2008 г. состоялось его первое заседание, на котором Б. Грызлов высказался за срочный перевод фондов музея из монастыря в специально построенное здание в Звенигороде, о строительстве которого докладывал заместитель председателя правительства Московской области И. О. Пархоменко, на что местная власть выделила 35 млн. рублей. Предстоящий исход окончательно разорвет связь между музеем и некогда хранимой им обителью...