Тем временем по соседству с монастырем в угрожающем состоянии оказалась Успенская церковь на Городке в Звенигороде. 24 марта 2005 г. рабочая группа Федерального научно-методического совета встречалась с настоятелем собора архимандритом Иеронимом. Был отмечен слой грязи и копоти на фресках, принадлежащих прп. Андрею Рублеву, образовавшийся в результате многолетних интенсивных богослужений. В результате подсоса влаги штукатурка начала отставать от стен. Настоятелю было указано на факт неквалифицированной покраски сводов, в результате чего на иконостасе и фресках остались подтеки. Была зафиксирована несанкционированная промывка фресок, которые требовали удаления «пушистой емчуги». Отмечалось отсутствие архитектурного надзора и необходимость усиления контроля над состоянием фресок в условиях действующего храма. Подобные проблемы наблюдаются и в других храмах Московской епархии. Страдает роспись Троицкой церкви в Вяземах (рубеж XVI и XVII вв.), где аляповатый иконостас, претендующий на каноническую иконопись, противоречит строгим фрескам, также нуждающимся в дополнительном контроле над их состоянием. 23 августа 2005 г. рабочая группа научно-методического совета указала протоиерею Владимиру Симонову на необходимость дополнительного остекления на барабане храма. В церкви Владимирской иконы Божией Матери в Мытищах разобран алтарь XVII в., проштраблена стена памятника «нарышкинского барокко» — Знаменского храма в усадьбе Дубровицы в Подольском районе.
Лужицкому Можайскому монастырю, основанному в 1408 г. и возрожденному в 1992 г., до последнего времени везло с людьми, его окружавшими. До октября 2005 г. настоятелем здесь был игумен Борис (Петрухин). 28 мая 2003 г. рабочая группа ФНМС зафиксировала «редчайший факт бережного и осознанного отношения со стороны монастыря» к своему культурному наследию. В частности, в монастырском погребе студентами Петербургской академии художеств под руководством Александра Крылова были открыты фрагменты средневековых фресок, сбитых еще в XVIII—XIX вв. Ныне, стараниями игумена, они были разложены по латкам и хранились в подклете собора. Методсовет отметил качественные работы по покрытию кровли и утеплению здания собора, хотя фрагменты фресок в оконных проемах середины XVI в. и находились в угрожающем состоянии и требовали своей музеефикации. Необходимо отметить, что с 1991 г. по инициативе уже упоминавшегося петербургского профессора А. Крылова в Можайске проводятся Макариевские чтения. Возможно, что бережное отношение к святыне сформировалось в монастыре не без влияния этих встреч. Известно также, что в 1997 г. во время раскрытия фундаментов Ферапонтова храма было обнаружено место спуда, под которым покоились мощи прп. Ферапонта Можайского. 26 мая 1999 г. при участии специалистов археологов и грамотном проведении раскопок мощи были обретены. Однако нравственность происходящего зависит от личности человека. Совсем рядом, внутри Можайского кремля, местный благочинный иеромонах Даниил (Жирнов) в 2004 г. с помощью тяжелой землеройной техники вырыл пруд, уничтожив при этом средневековый культурный слой, и начал разборку надвратной церкви и демонтаж шпиля Старо-Никольского собора Кремля.