28 ноября 1998 г. вице-премьер Валентина Матвиенко провела в Лавре совещание и дала указание Минкультуры в двухнедельный срок подготовить документы по созданию требуемого патриархией музея. Предложения были подготовлены к концу февраля 1999 г., однако еще 29 января 1999 г. состоялось заседание Федерального научно-методического совета, на котором рассматривались основные параметры решения Правительства по созданию государственного «Музея „Троице-Сергиева лавра“», подготовленные Управлением музеев Минкультуры и его начальником В. Лебедевым. Идея в целом была поддержана, но ее организационные принципы вызвали возражения. В частности, концепция, вслед за разделением коллекции, предполагала разделение русской культуры на православную и светскую, чего не существовало в исторической реальности. В нынешней коллекции Сергиево-Посадского музея искусственно выделялась ее древнерусская часть и передавалась новообразуемому музею, тем самым нарушался заложенный Законом «О музеях и музейном фонде» 1996 г. принцип неделимости музейной коллекции. Назначение наместника Лавры директором музея считалось невозможным, поскольку эти должности подчинялись разным задачам: в одном случае предполагалась интенсивная эксплуатация предметов культа в соответствии с их первоначальным предназначением, во втором — обеспечение их максимальной сохранности. В результате государственное управление музеем оказывалось под вопросом, равно как и увольнение директора, поскольку такой шаг автоматически потребовал бы от патриарха смещения наместника. Также Научметодсовет предполагал, что для согласования деятельности Лавры и Музея будет необходима организация попечительского совета.
2 февраля 1999 г. председатель Комитета Госдумы по культуре Станислав Говорухин обратился к министру культуры Владимиру Егорову с письмом, в котором предложил направить на рассмотрение в парламентский комитет подготовленные проекты по вопросу создания государственного учреждения культуры «Музей "Троице-Сергиева лавра"». При этом он считал, что дальнейшее обсуждение данного вопроса возможно только при привлечении широкой научной и музейной общественности. В марте 1999 г. наместник Лавры дал свой комментарий происходящему[329]
. Предложение патриархии о передаче ризницы Лавре в бессрочное и безвозмездное пользование, с тем чтобы на ее основе был создан музей, не было поддержано. Вариант церковно-государственного музея был отклонен аппаратом Правительства из-за отсутствия правовой базы, поскольку закрепленный в Конституции факт отделения Церкви от государства не предусматривал подобного симбиоза. В результате было принято давнее предложение Минкультуры (к нему предложила вернуться сама Лавра) создать на базе ризницы самостоятельный государственный музей, возглавляемый наместником. Были подготовлены и согласованы проекты 4 документов, оформляющих статус Лавры как музея: Постановление Правительства «Положение о порядке создания и осуществления деятельности государственного учреждения культуры Музей "Троице-Сергиева лавра"», соглашение между Правительством и патриархией «Об основных подходах к организации деятельности государственного учреждения Музей "Троице-Сергиева лавра"», Устав Музея «Троице-Сергиева лавра» и распоряжение Президента о закреплении за вновь организуемым музеем помещений Лавры для организации экспозиции — самой ризницы и казначейского корпуса. Музей должен был финансироваться из федерального бюджета, доходы от его деятельности направлялись бы на внутренние нужды музея и реставрационные работы в Лавре. Все сотрудники прежнего музея, в случае их согласия, вошли бы в штат нового музея, как войдет в него вся коллекция древнерусского искусства. Все научно-музейные структуры будут сохранены, а главный хранитель, заместитель директора-наместника, будет назначаться Министерством культуры.Конфликт был исчерпан, хотя предложенный Министерством и описанный наместником сценарий так и не реализовался. В результате еще в конце 1999 г. при Константине Бобкове, с которым у Лавры и разворачивались основные баталии, наместник был сделан заместителем директора Сергиево-Посадского музея-заповедника, равно как несколько иноков-реставраторов были введены в музейный штат. В сферу ответственности нового зама должны были отойти ризница, иконописное собрание музея и предметы, исторически связанные с Лаврой. Их собрание, при реструктуризации и принятии нового положения о музее в 2000 г., было выделено в самостоятельный отдел-филиал. Генеральным директором реформированного музея стал Феликс Макоев, заместителем его остался архимандрит Феогност, с 2002 г. ставший епископом Сергиевским, первым наместником Троице-Сергиевой лавры в архиерейском сане за всю ее историю.