Митрополит подчеркнул, что монастырь — уникальный архитектурный комплекс, в стенах которого должна продолжаться научно-просветительская деятельность. Для ее осуществления владыка Ювеналий готов «с любовью воспользоваться помощью друзей», что совпало с мнением Александра Шкурко, который внес предложение, чтобы новый владелец пригласил ГИМ выполнять функции по поддержанию экспозиции, организации выставок и приему посетителей. Предполагается также, что директором монастырского музея будет настоятельница игуменья Маргарита (Феоктистова).
Глава Росохранкультуры А. Кибовский поспешил успокоить общественность: «Я с матушкой-настоятельницей… знаком, в планах у нее никогда не было его (монастырский музей. — А. М.) закрыть и никого больше не пускать». По словам пресс-секретаря патриарха протоиерея Владимира Вигилянского теперь в монастыре начнет действовать «принцип соработничества» с музеем. Только что же мешало этому сотрудничеству раньше?
Продолжается и конфликт патриархии и учреждений культуры по поводу Высоко-Петровского монастыря в Москве[322]
, где два храма частично используются художественным объединением «Росизо» и ансамблем «Березка», а Нарышкинские палаты занимает Государственный Литературный музей. В 1991 году в Настоятельском корпусе разместился Синодальный отдел религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви. С 1992 года в храмах монастыря возобновились богослужения. Распоряжение Президента РФ об их выводе из монастыря было подписано еще в 1994 г. В мае 2006 г. коллектив музея написал открытое письмо, где обозначил основные претензии к предлагаемым вариантам переезда, в частности — неприспособленность для музейной деятельности зданий, пораженных грибком. К тому же все они были заняты действующими учреждениями культуры, что предполагало новый «культурный конфликт». Противостояние приводит к трагическим событиям. 12 ноября 2004 г. на территории монастыря был избит иеромонах Паисий (Азовкин). Подлеправославная пресса обвинила в этом сотрудников «Росизо».Для решения имущественного вопроса использовались и проблемы сохранения культурного наследия. 10 марта 2006 г. заместитель генпрокурора Николай Савченко внес представление руководителю Росохранкультуры Борису Боярскову в связи со строительством жилого дома с подземным гаражом в охранной зоне монастыря. Представление было вынесено по жалобе патриархии, столь редко проявляющей публичное беспокойство о состоянии разрушающихся памятников культуры в России.
В последнее время, после назначения 21 июля 2009 г. епископа Зарайского Меркурия (Иванова) новым председателем Отдела религиозного образованию и катехизации, активность патриархии по поводу освобождения территории монастыря усилилась. Соседство не соответствовало амбициям нового начальника, который в сентябре объявил о скором возобновлении здесь монашеской жизни. 13 ноября 2009 г. патриарх Кирилл (Гундяев) обратился с письмом к Ю. М. Лужкову, где попросил освободить территорию Высоко-Петровского монастыря. Эта тема также была затронута на встрече патриарха и премьера 5 января 2010 г., однако ее тональность позволяет надеяться, что передача зданий монастырю будет решена без спешки и с учетом заинтересованности музея в новых помещениях.
Среди современных проблем церковной Москвы, отмеченных авторами доклада «Московское архитектурное наследие: точка невозврата» — храм Ризоположения на Донской улице, построенной в 1701—1717 гг., где старые оконные рамы заменены стеклопакетами, а старинная роспись искажена и переделана в соответствии с современными вкусами; еще — церковь свт. Николы в Подкопаеве тоже XVIII в., на территории которой настоятель воздвиг монументальную постройку, а храмовые стены попытался украсить майоликой в стиле XVII в. Озабоченность вызывает и грамотность реставрации церкви свт. Климента 1750—1760 гг., начавшейся в 2008 г. Дополнительно к тому, по заключению специалистов, нынешний строительный бум лишает храмы их традиционного окружения. Так, в 2007 г. Росохранкультура выявила существенные нарушения при реставрации Марфо-Мариинской обители.
Большой общественный резонанс вызвало выселение Российского государственного гуманитарного университета из помещений Заиконоспасского монастыря на Никольской улице в апреле–августе 2008 г. и передача их патриархии.