Однако в Министерстве происходит смена руководства. 26 мая 1999 г. и 21 июня 1999 г. издаются приказы о подготовке нижнего храма к службам. 21 октября 1999 г. новый министр Владимир Егоров в письме патриарху выражает готовность к совместному использованию храма и поручает курировать проект соглашения В. Виноградову из департамента культурного наследия Министерства. Основные работы по так и не подписанному соглашению развернулись осенью 1999 г. К 30 сентября его проект вручен иерею Борису Михайлову. Однако еще 10 сентября 1999 г. прошло заседание научно-методического совета, на котором предлагалось освободить алтарь нижней церкви и продолжить изучение вопросов осуществления здесь музейной деятельности с учетом интересов прихода. Заключение допускало возможность строительства деревянного храма в стиле XVII в. в непосредственной близости от Покровской церкви на территории музея. В результате в 2000 г. был построен не храм, а новый приходской дом.
В конце 1999 г. патриарх Алексий (Ридигер) вновь обратился к вице-премьеру Валентине Матвиенко по вопросу передачи храма. Ответ был двояким. Минимущества 26 января 2000 г. закрепило права на оперативное управление Покровской церковью за музеем, который являлся особо ценным объектом культурного наследия народов России. Это не предполагало перепрофилирование входящих в его состав объектов и исключало возможность передачи нижнего храма в пользование общине. Решение вызвало гнев патриарха, который вновь обратился к В. Матвиенко. 22 февраля вице-премьер поручила Минкультуры и Минимущества в десятидневный срок согласовать проект распоряжения Правительства, который обсуждался на совещании 2 марта у заместителя министра имуществ Н. Гусева. В результате 28 марта 2000 г. правительство издало новое распоряжение № 464-р о совместном использовании храма. В храме начались периодические службы.
Однако такая ситуация не устраивала патриархию. 29 марта 2004 г. патриарх Алексий (Ридигер) принимал у себя в резиденции нового министра культуры А. Соколова. На пресс-конференции патриарх сообщил, что во время встречи поднимался вопрос о передаче приходу храма в Филях, а министр обещал способствовать решению этого вопроса «на следующем этапе». Но приход должен был смениться. Полной неожиданностью для общественности стали следующие слова патриарха: «В передаче этого храма также проявил заинтересованность Таможенный комитет, так как фасад комплекса зданий этого ведомства выходит на храм Покрова в Филях. И сотрудники Комитета желали бы видеть этот храм своим приходским храмом».
Заявление, рассчитанное на решение вопроса, вызвало обратный эффект и бурю негодований в прессе и обществе[316]
. 2 апреля Госдума дала поручение Комитету по культуре запросить в Правительстве информацию об условиях передачи Филевского храма патриархии и мерах по ограничению эксплуатации этого памятника в культовых целях. По инициативе академика Дмитрия Сарабьянова культурная Москва обратилась к председателю правительства Михаилу Фрадкову с письмом, в котором выражалась озабоченность передачей храма таможенникам. Их «церковный» интерес предположительно объяснялся наличием 6 гектаров парка, окружающего храм. В тексте говорилось о «конфессионализации» культуры страны и авторитарном стиле руководства нового министра. Авторы письма требовали, чтобы решения подобной важности принимались коллегиально, с соблюдением правовых норм, а не по произволу новоявленных чиновников. Исполнение достигнутых договоренностей пришлось отложить.Однако вмешательство сторонних церкви и культуре сил лишь ускорило грамотное решение проблемы. Под впечатлением от происходящего, 26 мая 2005 г. директор музея Г. Попов и протоиерей Б. Михайлов подписали соглашение о порядке и условиях совместного использования верхнего и нижнего храма, прилегающей территории и музейного имущества. Согласно положению, в верхнем храме богослужения не совершались, но его алтарь не использовался для целей хранения. В нижнем храме по средам, воскресным и праздничным дням при условии нормального температурно-влажностного режима совершались чередные богослужения и «по мере необходимости» — приходские Таинства и требы (пункт 2.2). Производилось разграничение земельных участков на музейной территории (пункт 2.3). Отдельным протоколом согласовывались вопросы оплаты коммунальных услуг и ключевого хозяйства (пункт 2.4). Музейные предметы, составляющие убранство нижнего храма, передавались приходу во временное пользование, их охрана и реставрация совершались за счет музея (пункт 3). Планировалось разработать и обсудить предложения по созданию деревянной звонницы и храма на территории памятника.