Еще в сентябре 2002 г. мэр Суздаля А. Рыжов подал иск в арбитражный суд, потребовав отменить решение городского совета 1999 г. о передаче РПАЦ здания, в котором расположился Ризоположенский монастырь этой церкви. Но тогда в «пересмотре итогов приватизации» был заинтересован чиновник очень невысокого ранга, да и интерес его не был политически мотивированным. Однако 24 марта 2006 г. депутат Госдумы бизнесмен и совладелец нефтепровода «Россия—Латвия» Дмитрий Пожигайло направил полпреду Президента в Центральном округе Г. Полтавченко письмо «по просьбе» неизвестных жителей Суздаля. Жители были «обеспокоены судьбой объектов культурного наследия, относящихся к федеральной собственности». Сообщалось, что 17 объектов культурного наследия, переданных «суздальским» общинам, не используются по первоначальному назначению и находятся в аварийном состоянии. 24 апреля заместитель полпреда Н. Макаров доставил это письмо в Росимущество. 6 мая 2006 г. уже известный нам Д. Аратский поручил территориальному управлению агентства по Владимирской области провести проверку указанных объектов и представить наверх к 19 мая акт с фотофиксацией. Исполняющий обязанности руководителя управления Росимущества по области В. Горланов создал свою комиссию, в которую вошли представители Верхне-Волжского управления Росохранкультуры и областного Госцентра по охране памятников. 17 мая комиссия провела проверку состояния и использования 14 «суздальских» храмов, не выявила каких-либо нарушений и констатировала необходимость федеральных дотаций для реставрации живописи XIX в.
Депутатский запрос и официальная комиссия были, скорее всего, элементами заранее спланированной акции. Еще в декабре 2005 г. сотрудники Владимирского управления ФСБ запросили в Госцентре по учету, использованию и реставрации памятников истории и культуры документы по церквам, находящимся в пользовании РПАЦ. Директор Центра Ирина Матушевская отметила тогда, что серьезных претензий к этим общинам в связи с использованием и реставрацией памятников не имеется. Одновременно усилилось и присутствие в Суздале Московской патриархии: в конце апреля администрацией области ей был передан в пользование Александровский монастырь XIII—XVII вв., где до этого располагался музей-заповедник.
Тем временем государственно-судебная машина пришла в движение. 22 сентября 2006 г. полномочный представитель Президента РФ в Центральном федеральном округе Г. С. Полтавченко обратился в Федеральное агентство по управлению имуществом с просьбой вновь проверить храмы РПАЦ в Суздале. Комиссия управления Росимущества по Владимирской области приступила к работе 16 ноября, дабы оценить соответствие состояния находящихся в федеральной собственности храмов требованиям охранных договоров. Тем временем 2 ноября прокурор г. Суздаля Я. Н. Морковкин сообщил митрополиту Валентину (Русанцову), что РПАЦ не переоформила договоры безвозмездного пользования в соответствии с требованиями закона «Об объектах культурного наследия», и в декабре начался процесс по заключению новых соглашений.
4 июля 2007 г. передача телеканала ТВЦ попыталась создать в обществе представление, что общины РПАЦ не заботятся о реставрации переданных им храмов-памятников. В декабре 2007–феврале 2008 гг. владимирское территориальное управление Росимущества подало в арбитражный суд 15 исков к РПАЦ «об истребовании имущества из незаконного владения». Изъятию подлежали все храмы, полученные до 2000 г. Впервые в таком процессе была задействована судебная власть — известное «басманное правосудие». 4 марта 2008 г. во Владимире прошло первое предварительное заседание суда. Подобные заседания продолжались до конца года, при этом суд затребовал документы о каноническом правопреемстве РПАЦ. В течение 2008—2009 гг. верующие этих общин проводили пикеты и крестные ходы, обращались к губернатору и президенту. Окончательное решение в отношении первой партии храмов РПАЦ было принято 5 февраля 2009 г.: надлежало расторгнуть охранные договора и изъять их в пользу государства. В августе было принято решение о возбуждении исполнительного производства Федеральной службой судебных приставов, и 11 сентября храмы были опечатаны. Процесс судебных решений по многочисленным искам растянулся на год. 16 февраля 2010 г. было принято судебное решение об удовлетворении еще трех исков департамента имущественных и земельных отношений администрации Владимирской области к общинам РПАЦ. Архиепископ Владмирский Евлогий (Смирнов), представляющий в регионе патриархию, уже знает, как распрядится выморочным имуществом: сначала храмы будут действовать как приписные, а затем будут переданы учебным заведениям.