Определение Синода 10 октября—16 ноября 1890 г. подтверждало Указ 1879 г. о необходимости санкции Синода и согласия одного из археологических обществ на реставрацию памятников старины. Этим же Определением от духовенства требовалось ведение описей богослужебного имущества и стимулировалось развитие епархиальных древлехранилищ, куда не используемые за богослужением вещи могли передаваться с согласия духовенства, братии и прихожан. Интересно, что прошло более года со времени Указа 11 марта 1889 г., но он ни словом не упоминается в настоящем Определении. 4 ноября 1893 г. граф А. Бобринской был вынужден писать в Синод, дабы тот издал распоряжение по духовному ведомству об исполнении этого Указа и об обязательном обращении в ИАК. Синод оправдывал свою медлительность тем, что ему, в отличие от Сената, это повеление так и не было доложено. Начиная с 1894 г. в Археологической комиссии на специальных заседаниях все же началось «рассмотрение ходатайств о восстановлении, ремонте, сохранении и упразднении древних церквей». В этом году сюда поступило 12 проектов[72]
. Первым, кто в 1889 г. обратился в ИАК с просьбой согласовать реставрацию храма, был причт Преображенского собора в Переславле, а также епископ Черниговский Вениамин (Быковский), задумавший ремонт своей домовой церкви[73]. В 1895 г. таких проектов было подано в ИАК уже 15, в 1896 г. — 17[74], в 1897 г. было 24 ходатайства[75]. С этого времени их число стабилизировалось, но в 1903 г. резко подскочило до 39[76]. В 1905 г. ИАК рассматривала уже 48 проектов[77]. В 1914 г. к рассмотрению в ИАК было принято 217 дел, связанных с ремонтом и реставрацией древних зданий. В 1915 г. в Комиссию поступило 122 дела, в 1916 г. — 81, в 1917 г. — 25; всего за 1907—1917 гг. — 1498 дел (причем больше всего их пришлось на период 1912—1914 гг. — каждый год в Комиссию поступало более двухсот дел). Если в 1898 г. дела ИАК, связанные с вопросами церковной старины, занимали чуть более 4 %, то в 1916 г. это количество поднялось до 30 %. Основные категории дел, приходящих в ИАК, касались создания нового иконостаса, разборки ветхого храма, присылки архитекторов для составления сметы и проекта на ремонт церкви. Корреспонденция приходила в основном на бланках духовных консисторий, в редких случаях в Комиссию обращался церковный причт, еще реже — при необходимости ускорить дело — сам епархиальный архиерей. Кроме проблем церковной реставрации, Комиссия давала оценку уставам церковно-археологических учреждений, которые окончательно утверждались Синодом. В 1900 г. в ИАК были присланы уставы Воронежского церковного историко-археологического комитета и Калужского общества, в 1902 г. — Бессарабского общества и т. д.В 1897 г. Синод должен был вновь напомнить духовному ведомству распоряжение обер-прокурора о представлении в ИАК проектов реставрации храмов, что надлежало делать до конца января наступавшего года. Но уже 20 января 1898 г. А. Бобринской пишет в Министерство двора рапорт о постоянном нарушении императорского указа от 11 марта 1889 г. духовным ведомством, особенно в Москве. При этом граф упоминает имевшее место изъятие из ведения Императорской комиссии проектов по реставрации Мирожского монастыря во Пскове и Софийского собора в Новгороде самим обер-прокурором К. Победоносцевым в 1895 г.[78]
Начинается бюрократическая чехарда и юридическая неразбериха. Принятый в 1900 г. Строительный устав оказывается исполненным внутренних противоречий. Если статья 78 предписывала проводить реставрацию «монументальных памятников древности» по предварительному соглашению с ИАК и Академией художеств в полном соответствии с указом 11 марта 1889 г., то статья 95, касающаяся поновления древних памятников, основывалась на синодальном распоряжении 1879 г. и предполагала участие археологических обществ. 2 декабря 1901 г. издается новое распоряжение обер-прокурора о точном исполнении повеления 11 марта 1889 г. и Определения Синода 21 сентября—16 ноября 1894 г. При этом отмечается, что некоторые консистории, вопреки распоряжению, продолжают согласовывать свои действия с археологическими обществами, что, как это ни парадоксально, соответствовало новому строительному уставу.