Далее перечислялся целый ряд синодальных указов и определений (1894; 1908; 1909), где духовному ведомству предписывалось обязательное сношение с ИАК при осуществлении ремонта и реставрации. Рассказывалось о деятельности Комиссии 1915 г., передавалось содержание Указа от 20 июля 1915 г., и вновь подтверждалось, что все спорные дела должны поступать в Синод для решения их в последней инстанции, что якобы как раз и соответствует статьям 91 и 47. Однако, по сравнению с текстом Указа 1915 г., письмо содержит дополнительную информацию о работе Комиссии. К числу ее рекомендаций относилось пожелание, чтобы в состав ИАК входил один из епископов по назначению Синода. Однако, поскольку вхождение архиерея в Комиссию затруднено из-за штатного расписания, это было признано невозможным.
Существующее противоречие Синод полагал разрешить на более высоком уровне. Министр Двора должен был дать ИАК особое разрешение на непосредственный контакт с обер-прокурором с целью окончательного решения спорных дел. Одновременно Синод подтверждал, что Указ 1909 г., предписывающий духовному ведомству входить в сношение с ИАК, остается в силе и что новый циркуляр не предполагает ослабить закон, но лишь устанавливает контроль за деятельностью епархиального начальства со стороны Синода в случае споров между консисторией и Комиссией. Поскольку в этом случае соглашение достигается между центральными учреждениями — Синодом и ИАК, нет никакой нужды в особом циркуляре с соответствующими разъяснениями. В письме дело подается так, будто бы Синод берет на себя роль посредника в спорных делах и будет сам улаживать вопрос с археологами, тогда как по смыслу Определения 1915 г. ясно, что вопрос будет решаться без участия ИАК в Техническо-строительном комитете. Нельзя сказать, что в 1915—1916 гг. Русская Церковь вышла из общей системы государственного надзора за охраной памятников. Однако синодальная бюрократия воспользовалась тяготами страны и ослаблением государственной власти в условиях военного времени для создания себе привилегированного положения.
Подводя итого взаимоотношениям ИАК с духовным ведомством, необходимо отметить, что высокий авторитет Комиссии был обеспечен не только ее формальным статусом как «Императорской», но и возможностью непосредственно доклада министру Императорского Двора и через это — самому Императору. В целом необходимо признать, что, несмотря на традиционное равнодушие российского общества к памятникам своей истории и культуры, имперское чиновничество обладало более высокой исполнительной дисциплиной, чем современная бюрократия, что в конечном итоге и обеспечивало сохранность многих памятников культуры в Российской Империи.
Отчасти именно этим и стоит объяснить относительный успех в отношениях Комиссии с Синодом, епархиальными архиереями и духовными консисториями. Дилемма «сохранения старины» и «удовлетворения духовных нужд» прихожан, «археологической реставрации» и «сохранения памятника» зачастую решалась не столько за счет налаживания контактов с местным церковным начальством и воспитанием ответственной церковной интеллигенции из числа духовенства и членов церковно-археологических обществ, сколько за счет непосредственного обращения председателя ИАК к Обер-прокурору Синода. Распоряжения последнего становились обязательными для епархиального начальства и приходского духовенства. Парадоксально, но именно существование синодально-консисторской бюрократии оказалось в дореволюционной России фактором, обеспечивающим сохранение памятников церковной старины. К тому же стоит отметить и достаточно высокий культурный уровень дореволюционного клира, который позволял ИАК надеяться на сотрудничество и взаимопонимание в деле сохранения христианской древности. Десятилетия подобной практики создали более менее надежный механизм взаимодействия между ИАК и провинциальным духовенством и епископатом. Этот механизм оказался разрушен в 1915—1918 гг. даже не столько изменением общественной ситуации в стране, сколько амбициями высшей церковной иерархии, тяготившейся своей зависимостью от канцелярии Обер-прокурора и необходимостью согласовывать свои действия со специалистами-архитекторами из числа мирян.