Принятое решение носило ярко выраженный антиельцинский характер. Патриархия доступными ей средствами пыталась дистанцироваться от демократической системы, созданной первым Президентом, а также наказать его за несговорчивость в деле возвращения недвижимости. Руководство Русской Церкви пошло навстречу требованиям наиболее консервативной и одиозной общественной группировки. Для этих людей личность последнего императора и его канонизация на Соборе 2000 г. были знаменем националистического патриотизма. В этих условиях нельзя было допустить и мысли, что «ставленникам мировой закулисы» могло быть «даровано» обрести мощи «Царя-мученика». Одновременно патриарх постоянно сопротивлялся идее вынести из мавзолея останки В. И. Ульянова, заявляя о недопустимости принятия решений, которые способны расколоть общество. Июльское решение как раз раскололо общество и Церковь, оставив в выигрыше лишь наиболее агрессивную их часть…
Впоследствии, в 2001–2004 гг. руководство патриархии всячески поддерживало общественные спекуляции, связанные с трудностями научной интерпретации проведенных анализов ДНК. В ученых кругах иногда действительно раздавалась критика в адрес П. Иванова из Центра судебно-медицинской экспертизы Минздравмедпрома РФ, который занимался генетическими исследованиями «екатеринбургских останков». Л. Животовский, руководитель Центра ДНК-идентификации человека Института общей генетики РАН, писал по этому поводу, что «если бы данное дело рассматривалось в суде, то оно должно было бы быть отправлено на доследование за недостаточностью имеющихся ДНК-доказательств». Выводы П. Иванова противопоставлялись результатам анализов американца Кнайта, изучавшего останки великой княгини Елизаветы Федоровны, и японца Нагаи — с его исследованием волос брата императора Георгия Александровича, пятна крови самого Николая II на его одежде и ДНК Тихона Куликовского-Романова. Различие исследовательских методик и споры различных научных школ противниками почитания останков мощами были выданы за недостоверность самих выводов. К тому же методика исследований костных останков, достаточно долго пролежавших в земле и приобретших «археологический характер», не может быть в полной мере отождествлена с методами современной криминологической экспертизы.
Однако самым существенным препятствием к признанию останков мощами страстотерпцев оставалось отсутствие среди них двух тел, принадлежавших цесаревичу и одной из его сестер. Их поиски неоднократно предпринимались местными научными силами. В 1992–1994 гг. работы велись силами Института истории и археологии Уральского отделения РАН под руководством заведующего отделом археологии А. Ф. Шорина: сплошному обследованию территории не хватило буквально 10 метров, чтобы установить истину наверняка. В 1996–1997 гг. работу продолжила экспедиция под началом Е. А. Курлаева. Однако с 1998 г. фонд «Обретение» под руководством А. Н. Авдонина начал исследование в другом месте, в окрестностях Четырехбратнего рудника, где еще в 1919 г. следователь Н. Соколов обнаружил человеческие останки; это лишь увело поиск в ненужном направлении. Позднее в Екатеринбурге сложилась группа энтузиастов, в которую вошли краевед В. В. Шитов, член Екатеринбургского военно-исторического клуба «Горный щит» Н. Б. Неуймин, заместитель генерального директора Научно-производственного центра по охране и использованию памятников истории и культуры Свердловской области А. Е. Григорьев, которые вновь обратились к изучению архивов. В мае 2007 г. дело встало на археологическую почву, поскольку к исследователям примкнул профессиональный археолог С. Н. Погорелов из того же НПЦ, а А. Н. Авдонин передал схему земляных шурфов и зондажей в районе обнаружения первого захоронения. Это позволило установить, что возвышенная местность примерно в 70 м к юго-востоку от основного захоронения еще не подвергалась исследованию.
Работы начались 11 июня, а 29 июля 2007 г. один из участников экспедиции (Л. Г. Вохмяков) с помощью металлического щупа отыскал здесь скопление угля. Заложенный на этом месте шурф не только позволил найти человеческие кости, но еще и фрагмент керамического сосуда.
так, в стихотворной форме, выразил свои чувства один из участников событий в момент исторической находки. И уже 30 июля комплексная экспедиция под руководством С. Н. Погорелова приступила к систематическим раскопкам.