Патриархия отреагировала мгновенно. В конце августа замглавы председателя ОВЦС епископ Егорьевский Марк (Головков) заявил: «Хочется надеяться на то, что экспертиза будет проведена более тщательно и кропотливо, чем экспертиза, проводившаяся в отношении так называемых „екатеринбургских останков“, которые Церковь не признала останками царской семьи». Впрочем, прозвучали и более разумные голоса. Член синодальной комиссии РПЦ по канонизации святых протоиерей Георгий Митрофанов сказал, что «если удастся установить подлинность этих останков, то это будет решением одной из важнейших проблем, которые препятствовали Церкви признать подлинность первых останков».
Сами новые останки были переданы в Свердловское областное бюро судмедэкспертизы, которое 28 сентября устами своего замначальника Владимира Громова представило первые результаты их исследования: кости могут принадлежать сыну и дочери последнего российского императора, святым царственным мученикам Алексею и Марии Романовым, поскольку специалисты установили, что это останки двух разных людей — юноши и девушки в возрасте примерно 12–14 и 17–19 лет. Всего в захоронении нашли шесть зубов и 48 мелких фрагментов костей. На фрагментах костей были найдены следы от пуль, а также от рубящих предметов, что свидетельствовало о попытках расчленения трупов. На зубах, найденных на месте захоронения, были обнаружены высококачественные пломбы с использованием серебряной амальгамы, такие же, как и в первом захоронении, открытом в 1991 г. Идентичными были пули и осколки керамических сосудов из-под серной кислоты.
Все ожидали проведения генетической экспертизы и ее результатов. С просьбой инициировать новое исследование останков как из первого, так и из второго захоронения к руководству патриархии обратился петербургский профессор-судмедэксперт, заслуженный деятель науки РФ Вячеслав Попов, который участвовал в работе Государственной Комиссии и проводил анализ первого «екатеринбургского захоронения». Однако патриарх не спешил ничего инициировать. Более того, он готовил глухую оборону собственной позиции, занятой им еще в 1998 г. 3 апреля 2008 г. в своей резиденции он принял архиепископа Екатеринбургского и Верхотурского Викентия (Мораря), а также непримиримых противников «екатеринбургских мощей»: проректора по науке и развитию Уральского гуманитарного института протоиерея Сергия Вогулкина, заведующего кафедрой биологии Уральской медицинской академии Олега Макеева и печально известного своими «обретениями мощей» Сергея Беляева. Собравшиеся вновь говорили об отсутствии «серьезного исторического анализа» существующих свидетельств подлинности останков и сложностях генетической экспертизы. Задавались и бессмысленно-риторические вопросы: «Куда пропали керамические сосуды с серной кислотой? Не в них ли опустили расчлененные и частично сгоревшие тела, чтобы окончательно скрыть следы убийства?». Собравшиеся решили противиться истории…
Исследования проводились параллельно в четырех местах: в Москве, в Австрии, в идентификационной ДНК-лаборатории вооруженных сил США в Вашингтоне (под руководством Майкла Кобла) и в генетической лаборатории Массачусетского университета. Информация о результатах генетической экспертизы, признающей идентичность останков из двух различных погребений и их принадлежность семье последнего российского императора, была официально опубликована от имени Следственного комитета при Прокуратуре РФ 5 декабря 2008 г. В этот день умер патриарх Алексий (Ридигер), оставив своему преемнику задачу разбираться с общественным позором, связанным с неизбежным признанием этих останков патриархией мощами «царя-страстотерпца». Понимая, в каком щекотливом положении оказался новый патриарх Кирилл (Гундяев), ни власть, ни общество не требуют от него ускорить «неизбежное». Зато в Петропавловском соборе в Санкт-Петербурге доступ к гробнице оказался перекрыт дополнительным ограждением: если раньше к ней можно было подойти вплотную и даже «приложиться», то теперь, в ожидании столь же неизбежного, как и само признание, потока паломников к святым мощам, грядущее событие решили предусмотреть и подстраховаться.
Парадокс ситуации заключался в том, что, несмотря на политическую ангажированность решения патриархии 1998 г., в ней присутствовал здоровый критический пафос академического характера — отсутствие 100-процентной уверенности в результатах следствия и исследования оставляет их в ранге гипотезы, а не окончательного решения. Но именно тот факт, что на принятие окончательных решений в патриаршем окружении влияют не объективные факторы, а конъюнктурные интересы, сыграл с Русской Церковью злую шутку в том же июле 1998 г.