Три снаряда попали в левую носовую башню, которой командовал вахтенный начальник лейтенант Константин Петрович Славянский. Осколком ему выбило глаз, а через некоторое время четвёртый снаряд привёл эту башню в негодность.
Несколько попаданий ограничили у левой средней башни угол поворота и лишили её возможности стрелять от траверза до кормы.
Крупный снаряд разорвался в амбразуре левого кормового тяжёлого орудия. Броневая плита над амбразурой треснула и осела, ограничив тем самым угол подъёма орудия и уменьшив дальность стрельбы из этого орудия до 30 кабельтовых.
Командир правой кормовой башни мичман Александр Дмитриевич Бубнов, позднее контр-адмирал и известный морской писатель, был дважды ранен и отнесён на перевязочный пункт.
Много попаданий было в боевую рубку; они не причинили ей вреда, но один снаряд, рикошетированный от воды, натворил много бед: разбил дальномер, компас, повредил штурвал и боевые указатели и переранил почти всех в рубке. Были тяжело ранены и унесены на перевязку младший штурманский офицер лейтенант Леонид Васильевич Ларионов и старший минный офицер лейтенант Иван Владимирович Никонов. Были ранены, но остались в рубке командир, старший офицер, старший артиллерийский офицер лейтенант Фёдор Петрович Шамшев, а у повреждённого штурвала остались стоять раненые боцманмат Копылов и рулевой Кудряшов.
К концу первой фазы боя, когда японский авизо «Чихая» бросился в минную атаку, капитан 1-го ранга Юнг был ранен уже в третий раз, и, когда его несли на перевязку, новый осколок пробил ему внутренности и ранил его, на этот раз смертельно. Картина минной атаки запечатлелась у него в мозгу, и доблестный командир слабым голосом в бреду продолжал отдавать приказания, связанные с отражением минной атаки. Вслед за командиром был тяжело ранен старший штурманский офицер лейтенант Владимир Александрович Саткевич.
В рубке остались старший офицер, капитан 2-го ранга Шведе, вступивший в командование броненосцем, несколько раз раненный Шамшев, оба рулевых и один-единственный нераненый ординарец. Вокруг рубки вспыхнули пожары. Горели койки, резиновые шланги, шлюпки. В тушении пожаров принимали участие все, находившиеся в рубке, за исключением рулевых. Общими усилиями пожары были потушены.
Во время второй фазы боя был снова ранен Шамшев, но он доблестно оставался в рубке, пока не был сменён. Найти смену было не так легко. На броненосце вообще недоставало офицеров, и некоторыми башнями командовали кондуктора и унтер-офицеры. Убыль среди офицеров во время боя была большая. Из 19 старших строевых офицеров к концу боя остались неранеными только трое. Из младших артиллерийских офицеров лейтенант Александр Владимирович Гирс был занят тушением пожара у себя в правой носовой башне, где раскалённым осколком были подожжены и взорвались запасные патроны. Сам в ожогах, он хладнокровно эвакуировал обожжённую прислугу башни, собственноручно произвёл выстрелы из заряженных орудий и стал подыматься по штормтрапу в боевую рубку. Другого средства подняться в рубку уже не существовало. В это время новый разрыв снаряда поджёг находившийся под штормтрапом пластырь. Мгновенно на лейтенанте Гирсе вспыхнула одежда. Но он спокойно продолжал подыматься и появился на пороге рубки с совершенно оголённым черепом и с сожжёнными усами, бачками, ресницами, бровями. Кожа полопалась, обнажая красное мясо. Губы вздуты. Одежда дымится и тлеет. Все в ужасе уставились на пришельца. А страшный призрак чётко остановился, вытянул обгоревшие руки по швам и, как будто с ним ничего не случилось, отрапортовал:
— Есть! — и, увидев всеобщую растерянность, добавил: — Лейтенант Гирс!
Так продолжалось несколько секунд. Лейтенант Гирс зашатался. К нему бросились присутствующие, начали тушить одежду, но было поздно. Лейтенант Гирс скончался от своих страшных ожогов вскоре в плену.
Наконец, командир левой кормовой башни лейтенант Георгий Митрофанович Рюмин сменил раненного в живот Шамшева, а мичман Сакеллари заменил раненых штурманских офицеров.
На корме пожары энергично тушились пожарным дивизионом под начальством мичмана Дмитрия Ростиславовича Карпова. Было много попаданий в бортовую броню ниже ватерлинии, но броня выдержала. После каждого такого попадания высокие столбы воды обрушивались на броненосец. Против кормовой башни удар одного или нескольких снарядов был настолько силён, что броненосец рыскнул и накренился, но броня пробита не была.
Командир кормовой башни мичман Олег Александрович Щербачёв был разрывом снаряда сбит со своей площадки управления башней, распластался на палубе и производил впечатление убитого наповал. Но вскоре очнулся, чтобы с горечью констатировать тяжёлое ранение головы и потерю глаза.
В перерыве между третьей и четвёртой фазами боя «Орёл» подлечил свои раны, очистил проходы на верхней палубе, перегруппировал прислугу орудий и снова приготовился начать бой, который и вспыхнул на исходе этого судного дня.