После смерти Бетлена трансильванский престол и миссия борьбы против Габсбургов перешли к семейству Ракоци — крупнейшим землевладельцам-протестантам из Верхней Венгрии. Дёрдь I (1630—1648) последовательно упрочивал княжескую власть в стране, стараясь заложить основы династической монархии. Как венгерский магнат он активно участвовал во внутриполитической жизни соседней Венгрии. На международной арене трансильванские дипломаты действовали в Молдавии и Валахии, в Речи Посполитой, в стане запорожских казаков, а также во Франции и Швеции. Укрепляя связи с европейским протестантским лагерем, Дёрдь I своего младшего сына Жигмонда женил на Генриетте Пфальцской (1626—1651), дочери вождя Евангелической унии Фридриха V (1596—1632). На исходе Тридцатилетней войны Дёрдь I, имея в союзниках шведов, вторгся в Венгрию, победоносно продвинулся вглубь Моравии и в 1645 г. в Линце вытребовал у Габсбургов подтверждения статей Венского мира.
Во второй половине XVII в. расстановка сил в регионе менялась с каждым десятилетием. Габсбургам не только не удалось восстановить позиции католической церкви в Священной Римской империи: по Вестфальскому миру (1648) немецкие князья получили право самостоятельно вести внешнюю политику. Австрийский дом, вытесняемый из Германии, сосредоточился на укреплении власти в своих владениях. Фердинанд III (1637—1657) распустил многотысячную армию, сохранил для насущных потребностей некоторое количество полков и отправил несколько сотен солдат в венгерские пограничные крепости. В 1650 г. посольство императора с богатыми дарами (деньги могли расценить как выплату дани) было торжественно встречено в Стамбуле, где вскоре был подписан мирный договор.
Венгерские сословия горько обманулись в своих заветных ожиданиях. Все чаще их взоры обращались на соседнюю Трансильванию. Правивший там Дёрдь II Ракоци (1648—1657; 1659—1660) не отличался, однако, стратегическим мышлением, которое было свойственно его отцу. Неверно оценив соотношение сил на международной арене, он вознамерился заполучить польскую корону. Одержимость этой идеей была у Ракоци столь сильна, что в 1657 г. он предпринял крайне неудачный поход в Речь Посполиту. Оставленный в решительный момент своими союзниками: шведами и казаками, — князь не только погубил войско, попавшее в татарский плен, но и поставил Трансильванию на грань гибели. Дипломатические поручения в Венецию и Варшаву при Дёрде I и Дёрде II выполнял не кто иной, как предок Келемена Микеша — Михай (умер в 1662 г.), в 1657 г. получивший должность канцлера, но вскоре изгнанный из страны новым князем. Впрочем, изгнание не было ему в диковинку. Овеянные легендами годы его бурной молодости вдохновили писателя Жигмонда Кеменя (1814—1875) на создание романа «Вдова и ее дочь» (1885), где повествовалось о любви Михая Микеша к дворянской дочери Шаре Тарноци. Отважившись на похищение, завершившееся неудачей, он навлек на себя гнев родителей девушки, вынужденно скрывался от мести и сурового наказания, пока не испросил у князя разрешения вернуться.
Если посмевшая ослушаться султана Трансильвания подверглась разрушительным набегам султана, то в Венгрии период с 1670 по 1681 г. современники назвали «траурным десятилетием». Только на Государственных собраниях 1681 и 1687 гг. были приняты законы, юридически регламентировавшие пределы сегрегации некатолических конфессий. В 1691 г. суть их была обобщена в так называемом «Разъяснении Леопольда»