Очевидно, что поначалу больше всего страдала именно греческая (т. е. православная) церковь. Но дело не в том, что у захватчиков было какое-то особенное желание нападать на эту церковь больше, чем на другие. Как мы уже отмечали, их цель состояла в том, чтобы обосноваться в Руме, а не в том, чтобы уничтожить его. Причина, скорее всего, в том, что во время военных действий греческое духовенство оказалось теснее связано со свергнутыми правителями, чем духовенство других местных церквей. Но самое главное в том, что греческое духовенство имело возможность уехать в Константинополь или еще куда-нибудь, если условия жизни казались ему слишком суровыми морально или материально, и потому оно было не так сильно привязано к этим местам, как представители других восточных церквей. Это вызывало недовольство у армянского и монофизитского населения, которое смотрело на вторжение турков как на заслуженное наказание Византии и временами договаривалось с турками против нее. Служители местных церквей, находясь среди своего народа, были исполнены решимости спасти все, что можно, и, когда буря уляжется, восстановить свои пошатнувшиеся позиции. Создается впечатление, что в целом, даже если прежнее положение можно было вернуть, греческие епископы сочли, что их церкви слишком обеднели, чтобы делать это, и предпочли поискать места в церквях и монастырях других провинций Константинопольского патриархата, где их статус можно было сохранить с большей вероятностью. Трудно понять, имело ли мнение «варваров» какой-нибудь вес в 1082 году при принятии решения за или против сохранения двух маленьких автономных епархий, расположенных напротив Анкары (Анкиры) и Гераклеи в Тавре. Так же трудно понять, не стали ли испытания, выпавшие на долю церквей внутри страны, причиной обретения Антальей впоследствии статуса митрополии, поскольку есть случаи аналогичного взлета, не обусловленные подобными причинами. С другой стороны, мы знаем, что митрополит Кайсери (Кесарии) с приходом турков просто умер, а архидьякон сбежал, забрав с собой ценные реликвии, а в 1082 году митрополит Чанкыры (Гангры) больше не мог оставаться там и принял пост епископа Амастриса на Понтийском побережье. В 1093 или 1108 году указ Алексея Комнина гарантировал епископам, изгнанным из своих епархий, те же права, которыми пользовались те, что жили по месту служения. При таких обстоятельствах тот факт, что в XII веке среди членов синода, заседавшего в Константинополе, фигурировали митрополиты Кесарии (Кайсери), Тианы, Гераклеи, Мокиссоса, Анкиры, Никсара, Амасьи, Гангры, Икония и даже Мелитены, а также епископы Сасима и Назиана, доказывает только то, что патриархия продолжала признавать их, а не то, что они действительно продолжали находиться в этих местах. Известно, что в 1157 году священник, бывший митрополит Амасьи, впоследствии переехавший в Анкиру, в конце концов возглавлял всего лишь маленькую епархию в Гиресуне на побережье Черного моря. В конце XII века Феодор Вальсамон, комментируя решения церковного собора и указы Алексея Комнина в отношении священников-нерезидентов, в качестве примера среди прочих называл епископа Коньи (Икония), а также писал, что ввиду жалкого состояния церкви в Анкире необходимо объединить ее с церковью в Назианзе (в сельджукской части Тавра). Однако из этой общей ситуации нельзя делать вывод, что даже в XII веке в церквях совершенно не осталось греческого духовенства или его туда не допускали. В связи с этим существует один документ, которому уделялось мало внимания, но вместе с тем представляющий существенный интерес.