В то же время термин ουσία не удовлетворяет преподобного Симеона, когда он начинает говорить о Боге. Следуя апофатической линии святителя Кирилла Александрийского, Дионисия Ареопагита, преподобного Максима Исповедника и преподобного Иоанна Дамаскина, он в некоторых текстах заявляет, что Бог выше всякой сущности, и предпочитает называть Его "сверхсущностным" (ύπερούσιος) [23]. Преподобный Симеон задает себе вопрос, можно ли называть Бога сущностью: "Если Ты поистине совершенно неизъясним, невидим, неприступен, непостижим и бестелесен, неосязаем и вовсе неуловим, Спасителю, то как посмеем дать Тебе имя, как дерзнем называть Тебя хотя бы какой-то сущностью какого-то рода? Ведь поистине в Тебе, о Боже мой, нет ничего [тварного]" [24]. И он утверждает, что Бог трансцендентен всякой сущности: "Божественная и нетварная сверхсущностная природа зовется сверхсущностной, ибо она превыше сущности всех творений, но она сущностна и превыше всякой сущности бытийна (ένυπόστατος) и по природе несопоставима с тварной ипостасью. Как назвать неописуемую ипостась?" [25]. Та же мысль о полной трансцендентности Бога по отношению ко всякой твари выражена и в следующих строках: "Ты весь наполняешь все, и весь вне всего; Ты - превыше всех вещей, Владыко, превыше всякой сущности, превыше самой природы, превыше всех веков, превыше всякого света, Спасителю!" [26]. Отметим, что здесь, как и выше [27], преподобный Симеон обращается к сверхсущностному Богу как к Спасителю. Это тот парадокс христианства, который стоит в центре его духовности и коренным образом отличен от мистики Плотина. Выражением этого парадокса служит Воплощение: "Сам сверхсущностный, нетварный прежде, Ты воспринял плоть и стал для меня видим как тварный" [28].
Эта "сверхсущностная сущность" тройственна, и преподобный Симеон пространно говорит об ее тройческом аспекте: "Отец - свет, Сын - свет, Дух Святый - свет <...> Трое в самом дело суть один и тот же свет, единый, нераздельный <...> Бог весь неразделен по природе Своей и Своею сущностью поистине превыше всякой сущности <...> Он весь созерцается как простой свет <...> три - одна сущность, одно Божество" [29]. В другом месте он указывает на неизменяемость тройческой сущности: "О Троица, Творец вселенной, о Бог мой единственнейший, Чья природа неописуема, Чья слава непостижима, дела неизъяснимы, сущность неизменна" [30]. Иной раз преподобный Симеон словом "сверхсущностный" обозначает неизреченный и непостижимый характер тройческих отношений: "Что касается небытийного бытия (ανυπάρκτου υπάρξεως) Божия, рождения без зачатия, ипостаси неипостасной, сверсущностного существования (ύπερουσίου ούσιώσεως) и не знаю еще чего <...> то совершенно невозможно изложить, выразить и понять свойства сверхсущностной Божественной природы, и человеческий разум не в силах их постичь" [31].
"Сущность" у преподобного Симеона имеет еще и христологический смысл там, где в согласии с догматами Халкидонского Собора он говорит о двух природах и двух сущностях (ούσίαι) Христа в единой ипостаси: "Я семь Бог единый и человек совершенный, - говорит Христос о Самом Себе в гимнах, - всецелый, превосходный, плоть, душа, ум и разум, полностью Бог, человек и Бог в Моих двух сущностях, как и в Моих двух природах, в Моих двух энергиях, в Моих двух волях в единой ипостаси. Одновременно Бог и человек, Я есмь Один от Троицы" [32]. В другом месте преподобный Симеон побуждает грешников покаяться, "чтобы стать как бы богами, содержа внутри себя всю славу Божию в двух сущностях, в двух природах, в двух энергиях и в двух волях" [33]. Обожение тем самым должно быть полным единением наших двух сущностей, души и тела, с двумя сущностями Христа: "и я сам становлюсь богом <...> душа и тело суть <...> одно в двух сущностях. Итак, те, кто суть одно и два, поскольку они приобщились Христу и пили Его кровь, они, соединенные с двумя сущностями, а также с двумя природами моего Бога, становятся богом по своей сопричастности" [34].