Уже в начале войны в связи с затруднениями в работе железных дорог важную роль в межбазовых перевозках материальных средств играл автомобильный транспорт. В 1941 г. автотранспорт работал на линиях Одесса — Измаил, Севастополь — Перекоп, Ленинград — Таллин, Ленинград — Выборг, а в 1942 г. — на Кавказском побережье, на ледовой дороге через Ладожское озеро, на автомобильной дороге Политотдельская — Ахтуба. В наступательных операциях 1943–1945 гг. роль автотранспорта в подвозе материальных средств передовым базам и соединениям флота еще более возросла. До налаживания регулярной работы железнодорожного и морского транспорта в интересах сил флотов автотранспорт нередко являлся основным средством подвоза. Например, в период подготовки Крымской операции со станций Большой Утлюг и Скадовск автотранспортом 4-го Украинского фронта и флота было перевезено около 19 тыс. т различных грузов. На Краснознаменном Балтийском флоте в 1945 г. автотранспорт подвозил материальные средства на расстояние до 800 км и более. За пять месяцев автотранспорт этого флота перевез 902 тыс. т различных грузов, а вспомогательный флот — только 108 тыс. т.
Таким образом, в ходе войны на флотах автотранспорт стал важным средством межбазовых перевозок. Он имел важное значение и в перевозках внутри военно-морских баз. Что касается воздушного транспорта, то он использовался в крайне ограниченном количестве, только для срочной доставки отдельных видов материальных средств, главным образом в осажденные военно-морские базы, а также для снабжения некоторых морских десантов. Потребности флотов в воздушных перевозках были большими, но ограниченное количество транспортных самолетов не позволяло их удовлетворить.
Опыт минувшей войны со всей убедительностью показал, что все флоты и флотилии должны располагать достаточными силами и средствами вспомогательного флота, автотранспортом и другими подвижными силами и средствами, необходимыми для обеспечения сил флота при рассредоточенном базировании на необорудованном побережье и в открытом море. Весьма важное значение для всестороннего тылового обеспечения сил флотов (флотилий) имеет централизованное (в пределах морского театра военных действий) управление всеми силами и средствами морского транспорта. В отличие от других видов морской транспорт используется непосредственно на театре военных действий, где нет линии фронта. Движение транспортов без охранения или иных мер обороны практически было невозможно. Эту задачу могло решить только командование флотов. Поэтому все морские перевозки на театре военных действий регулировались и организовывались командованием флотов и его тыловыми органами (штабом и отделом военных сообщений).
Тыл ВМФ в ходе войны успешно решил задачу материального обеспечения сил флотов и флотилий. Действующие флоты и военные флотилии в основном были обеспечены необходимыми материальными средствами для ведения боевых действий совместно с сухопутными войсками и самостоятельно.
Техническое обеспечение
Техническое обеспечение сил флотов и флотилий представляло собой один из важных видов тылового обеспечения в ходе войны. Оно включало судоремонт, ремонт всех видов вооружения и боевой техники, сборку и подготовку отдельных видов оружия и боеприпасов, наблюдение за правильной эксплуатацией материальной части и боевым использованием вооружения, поддержание техники в исправном состоянии. В связи с появлением у противника неконтактных магнитных мин важное значение приобрело размагничивание кораблей и судов, контроль за состоянием их магнитного поля. Актуальной стала проблема борьбы с шумами на подводных лодках (обесшумливание). На органы тыла ВМФ была возложена и такая ответственная задача, как изучение новых видов оружия и технических средств, применявшихся противником, и разработка способов и средств борьбы с ними.
Объем всех ремонтных работ в ВМФ в ходе войны вырос в 1,5–2 раза по сравнению с мирным временем. Потребность флотов и флотилий во всех видах ремонта из месяца в месяц возрастала в связи с большим напряжением боевых действий корабельных сил, морской авиации и береговой артиллерии, наличием боевых и аварийных повреждений, а также износом корпусов и механизмов, перевооружением кораблей и дополнительной установкой на них нового вооружения и технических средств. Так, в течение войны корабли ВМФ два раза меняли зенитную артиллерию, оснащались радиолокационными станциями, новой гидроакустической аппаратурой, радиостанциями, неконтактными тралами и другой новой техникой. В то же время потеря основных судоремонтных предприятий на Черном и Балтийском морях, блокада Ленинграда вызвали сокращение производственных мощностей тыла Черноморского и Краснознаменного Балтийского флотов, а налеты авиации противника на действующие ремонтные предприятия тормозили выполнение ремонтных работ.