В начале войны был принят ряд важных решений по обеспечению ВМФ судоремонтом и ремонтом вооружения. В июле 1941 г. ЦК ВКП(б) и Совет Народных Комиссаров обязали Наркоматы судостроительной промышленности, морского и речного флота, Главное управление Северного морского пути производить ремонт кораблей ВМФ на своих предприятиях в первую очередь Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 июля 1941 г. было утверждено Положение об использовании для военных нужд гражданских судов, портов, пристаней и других сооружений водного транспорта, в том числе и для ремонта кораблей. Это положение распространялось и на судоремонтные предприятия гражданских ведомств и организаций. Наркомат ВМФ имел право использовать эти предприятия для всех видов ремонта боевых кораблей и вспомогательных судов. Осенью 1941 г. все судоремонтные предприятия других наркоматов, находящиеся в Мурманске, решением Советского правительства были оперативно подчинены Военному совету Северного флота, который руководил их работой через технический отдел флота. В мае 1943 г. один из судоремонтных заводов Мурманска полностью перешел в ведение ВМФ. Эти меры имели исключительно важное значение для расширения возможностей судоремонта и ремонта вооружения сил флотов и военных флотилий.
Техническое управление ВМФ и органы тыла флотов принимали все меры для расширения производственных мощностей, усиления ремонтных предприятий. Во всех военно-морских базах и во многих соединениях флотов для текущего и мелкого ремонта кораблей и вспомогательных судов были созданы судоремонтные мастерские, расширена местная ремонтная база. Ко всем ремонтным работам привлекался личный состав кораблей и частей. В суровую блокадную зиму Ленинграда почти весь ремонт боевых кораблей и береговых батарей Краснознаменного Балтийского флота был выполнен их личным составом с использованием оборудования, инструмента, материалов и запасных частей ленинградских заводов.
Недостаток производственных мощностей судоремонтных предприятий вынуждал органы тыла флотов до минимума сокращать плановые ремонты, уделяя главное внимание ремонту аварийных боевых кораблей и ремонту в межоперационный период. В задачу этого ремонта входило максимальное поддержание боевых кораблей и вспомогательных судов в технически исправном состоянии. Во время ремонта аварийных боевых кораблей по возможности производился ремонт всех механизмов. В районах, где замерзали акватории, основной объем текущего ремонта планировался на зимний период. В навигационный период ограничивались только неотложным ремонтом.
В ходе продолжительных операций сил флота важное значение приобретал срочный ремонт кораблей на военно-морских базах. Например, при высадке десанта в порту Новороссийск в сентябре 1943 г. повреждения катеров, полученные ночью, устранялись в течение дня судоремонтной мастерской в Геленджике, и следующей ночью эти катера снова выходили на боевое задание. В ходе наступательных операций на приморском направлении ремонт кораблей и вооружения передовых соединений флота осуществлялся подвижными силами и средствами.
Героическими усилиями судоремонтников и личного состава флотов обеспечивалась высокая боевая способность кораблей ВМФ. Нередко даже сильно поврежденные корабли восстанавливались и вводились в строй в очень короткие сроки. Судоремонтники Кронштадта и Ленинграда вернули в строй даже ряд подорвавшихся на вражеских минах, затонувших и поднятых кораблей. В течение всей войны только на трех действующих флотах было отремонтировано 8815 боевых кораблей и вспомогательных судов, в том числе на Северном флоте — 2949, Краснознаменном Балтийском — 4357, Черноморском (до 1 сентября 1944 г.) — 1509533
. Это был большой вклад судоремонтников ВМФ, Наркомата судостроительной промышленности и других наркоматов в обеспечение боевых действий сил флотов. В условиях ограниченных возможностей постройки новых боевых кораблей и вспомогательных судов ремонт их в годы войны являлся важнейшим средством сохранения корабельного состава.