Медицинская служба ВМФ (начальник Медико-санитарного управления генерал Ф. Ф. Андреев) в годы войны решала свои задачи в тесном взаимодействии с медицинской службой Советской Армии. Медицинская служба флотов и флотилий тесно взаимодействовала с медицинской службой фронтов и армий, оказывая взаимную помощь в эвакуации и лечении раненых и больных, особенно в совместных операциях на приморских направлениях и в ходе обороны военно-морских баз. Для эвакуации раненых наряду с госпитальными и санитарно-транспортными судами широко использовались катера и мелкие вспомогательные суда (мотоботы и другие), а также боевые корабли, подводные лодки и самолеты. В течение всей войны морем было эвакуировано около 640 тыс. раненых и больных из состава сухопутных войск и сил флотов (флотилий).
Ввиду большой загруженности ранеными госпиталей Наркомздрава и госпитальных баз Советской Армии в системе медицинской службы ВМФ в годы войны в Кирове, Тбилиси, Баку и других городах были сформированы свои тыловые госпитали. На некоторых флотах лечение раненых осуществлялось во флотских госпиталях до полного выздоровления.
В совместных операциях на приморских направлениях и в десантных операциях возникала большая потребность флотов (флотилий) в подвижных подразделениях медицинской службы. Для удовлетворения этой потребности на всех действующих флотах были созданы медико-санитарные отряды, состоявшие из нескольких маневренных групп (хирургических, санэпидемиологических, токсикологических). В ходе войны на флотах были созданы временные внештатные морские медицинские отряды для обеспечения высаженных морских десантов, а также штатные полевые и подвижные госпитали и их отделения, подвижные санитарные склады.
Самоотверженная работа флотских медиков, постоянное совершенствование лечения раненых и больных на всех этапах эвакуации позволили добиться большого процента возвращения их в строй. Всего в госпиталях ВМФ прошли лечение свыше 300 тыс. раненых и больных.
Кроме эвакуации и лечения раненых и больных медицинская служба занималась проведением противоэпидемических мероприятий, особенно в освобожденных базах. Они охватывали не только личный состав флота, но и местное население. На флотах и флотилиях широко применялись подвижные средства санитарной обработки (дегазационные камеры, душевые, санитарные поезда). Начиная с 1943 г. медицинская служба стала больше уделять внимания организации рационального питания и отдыха личного состава летных частей, подводных лодок и боевых катеров. Вместе с органами продовольственной службы специалисты медицинской службы усилили контроль за качеством приготовления пищи. Они участвовали в разработке недельного меню, следили за своевременным приготовлением горячей пищи в пунктах маневренного базирования, особенно для летного состава и экипажей катеров, не имевших своего камбузного хозяйства, устанавливали строгое наблюдение за водоснабжением.
Медицинская служба центра, флотов и флотилий разработала рациональные нормы отдыха летного состава и экипажей подводных лодок и практически организовывала его в своих домах отдыха. Опыт войны показал, что отдых этих категорий личного состава, испытавших во время войны огромное напряжение, является необходимым условием восстановления их физических и моральных сил, способствует повышению эффективности боевых действий.
Несмотря на огромные трудности и сложную оперативную обстановку, сложившуюся на морских театрах военных действий, тыл ВМФ в годы войны справился с поставленными перед ним задачами. В суровых климатических условиях, днем и ночью, не считаясь с опасностью, рабочие судоремонтных и других предприятий, строители, спасатели, медики, личный состав вспомогательных судов и транспортники обеспечивали силы флотов (флотилий) всем необходимым для успешного ведения боевых действий. За доблестный и самоотверженный труд в годы войны многие офицеры, политработники, старшины, сержанты, матросы и солдаты тыловых частей, учреждений и подразделений отмечены правительственными наградами. Ряд предприятий, частей и учреждений тыла ВМФ награждены орденами. Ордена Ленина удостоены Кронштадтский и Ленинградский военно-морские госпитали и Кронштадтский морской завод; ордена Красного Знамени — Главный и 43-й военно-морские госпитали Черноморского флота и санитарный транспорт «Львов»; ордена Красной Звезды — 13-й отдельный аэродромно-инженерный батальон, 31-я авиационная база, строительство № 95 Северного флота, 11-я авиационная база, 10-й инженерный аэродромный батальон Краснознаменного Балтийского флота, 45-я авиационная база Черноморского флота. В боевые заслуги многих гвардейских, орденоносных боевых кораблей, частей и соединений ВМФ в годы войны большой вклад внес и тыл флотов, флотилий, военно-морских и авиационных баз, а также войсковой тыл.