Данное требование партии соблюдалось на всех этапах развития Тыла Вооруженных Сил, особенно в военные годы. В Великую Отечественную войну все важнейшие вопросы мобилизации людских и материальных ресурсов страны решал высший военно-политический орган — Государственный Комитет Обороны, а выполнение его решений осуществлялось через Генеральный штаб, аппарат заместителя Народного комиссара обороны — начальника Тыла Советской Армии и другие центральные органы управления Вооруженных Сил. Централизация управления тылом проводилась и в его нижестоящих звеньях. Это позволяло соответствующему командованию и его органам управления оперативно и экономно использовать имеющиеся в их распоряжении силы и средства тылового обеспечения, быстро переносить усилия тыла с одних направлений на другие и решительно влиять на ход военных действий. Однако вышестоящим командованием и органами управления решались не все вопросы тылового обеспечения войск (сил). Централизация управления сочеталась с предоставлением подчиненным самостоятельности и возможности проявлять инициативу и творчество, особенно при выборе способов выполнения полученных задач.
Второе направление централизации управления Тылом Вооруженных Сил выражалось во все большем сосредоточении функций руководства тыловым обеспечением войск (сил) в единых органах управления различных звеньев тыла. Объективная необходимость в этом проявлялась уже в первом периоде войны. Тогда по решению Государственного Комитета Обороны заместитель Народного комиссара обороны — начальник Тыла Советской Армии и соответственно начальники тыла оперативных объединений, соединений и частей сосредоточивали в своих руках решение всех основных вопросов, связанных с построением тыла, подготовкой и использованием транспортных коммуникаций, подвозом материальных средств, руководством большинством видов тылового обеспечения войск (сил), организацией охраны, обороны тыла, связи и управления им. Следовательно, фактически в ходе всей Великой Отечественной войны начальники тыла всех степеней являлись основными организаторами тылового обеспечения войск и сил флота.
Вместе с тем такая централизация управления тылом не умаляла роли начальников родов войск, специальных войск и служб, которые непосредственно организовывали соответствующие виды тылового обеспечения объединений, соединений и частей по специальностям. При этом по вопросам размещения и перемещения, охраны и обороны тыловых соединений, частей и учреждений, использования местных материальных ресурсов, подвоза материальных средств и эвакуации они взаимодействовали с начальниками тыла и выполняли их указания.
Принципы научности управления тылом и предвидения в условиях прошлой войны приобрели весьма важное значение. Это обусловливалось сложным ее характером, оснащением всех звеньев тыла большим количеством разнообразной техники, огромным объемом стоящих перед ним задач и необходимостью предвидения хода событий. От руководящих кадров и личного состава органов управления тылом требовались глубокие знания и неуклонное соблюдение марксистско-ленинской методологии, объективных законов войны, принципов советского военного искусства, и в частности принципов организации тылового обеспечения войск (сил), применение новейших технических средств и научных методов управления тылом, постоянное знание, глубокий анализ и правильная оценка конкретной обстановки, умение находить в ней главное. Подавляющее большинство руководящих кадров и личного состава органов управления Тылом Вооруженных Сил обладало этими качествами, что позволило им успешно справиться с возложенными на них обязанностями.
Опыт Великой Отечественной войны внес много нового и в методы работы органов управления тылом. Прежде всего выявилась необходимость в приближении (при определенных условиях) центральных органов управления к стратегическим группировкам Вооруженных Сил и в организации промежуточных звеньев руководства силами и средствами тыла стратегического звена. Это достигалось путем выделения на определенные направления оперативных групп из состава центрального аппарата и созданием специальных органов управления. Они контролировали состояние тылового обеспечения соответствующих группировок войск и сил флота, перераспределяли между оперативными объединениями запасы материальных средств и прибывающие транспорты и выполняли другие присущие им функции. Промежуточные органы управления тылом центра создавались при главнокомандующем советскими войсками на Дальнем Востоке, для обеспечения войск Ленинградского фронта и населения Ленинграда в период блокады и в ряде других случаев.