Эдикт обеспечивает протестантам их существование как организованной общины, которую король признает субъектом гражданского права наравне с другими сословиями и корпорациями королевства. Эдикт признает за этой общностью религиозные привилегии и право иметь религиозную организацию (ст. 6-16 эдикта, ст. 1-23 секретных статей). Протестанты пользуются свободой совести. Они не обязаны участвовать в католических церемониях, ходить к мессе, участвовать в шествиях, их не должны принуждать платить за постройку католических церквей, за их ремонт, за покупку церковных облачений или колоколов. Они не обязаны в праздничные дни вешать нарядные ткани на свои дома, но не вправе мешать служителям их украшать. Находясь при смерти или под арестом, они освобождаются от визитов кюре. Однако они обязаны платить десятину со своего имущества и не должны открыто работать в дни праздников римской церкви.
Протестанты получали ограниченную свободу вероисповедания. Все приверженцы этой религии, обладающие правом высокого суда или владеющие кольчужным фьефом, имели право свободно исповедовать ее в своем основном жилище для себя, своих семей и для неограниченного числа посторонних лиц, даже если они сами отсутствуют, и в других домах в своем присутствии. Всякий замок или укрепленный дом, владелец которого обладает правом высокого суда или полным кольчужным фьефом, становился местом отправления культа для окружающего населения.
В других фьефах сеньоры имели право свободного отправления культа для себя, своих семей, включая челядь, и для посторонних числом до тридцати человек.
Такие положения должны были значительно усилить влияние дворян и богатых буржуа — владельцев сеньорий — на население.
С другой стороны, протестанты могли свободно исповедовать свою религию во всех городах и крепостях, которым эта привилегия была дарована эдиктом 1577 г., и, кроме того, в одном или двух городских предместьях в каждом бальяже или сенешальстве. Эти предместья предназначались для проживания протестантов. Они не могли выбрать в этом качестве предместье города, сдавшегося Генриху IV на условиях сохранения только католической религии. Здесь есть противоречие: эдикт от 13 апреля говорит об одном предместье, а секретные статьи — о двух. В Париже и на пять лье вокруг него отправление их культа дозволялось только в закрытых помещениях и во всяком случае не в тех местах, где пребывает король.
Протестанты получали право религиозной организации. Согласно статье 34 секретных статей, «во всех населенных пунктах, где будет публично отправляться культ оной религии, можно будет созывать народ, даже звоном колоколов, производить все деяния и отправлять все функции, связанные как с исповеданием оной религии, так и с наведением дисциплины, а также собирать консистории, коллоквиумы и синоды, провинциальные и национальные, с позволения Его Величества».
Протестантская община получала судебную и полицейскую организацию и привилегии. Для разбора дел, к которым они будут причастны, Нантский эдикт даровал им «палаты эдикта» (ст. 30–57), называвшиеся в провинции также «двухчастными палатами». В Париже такая палата должна была включать председателя и шестнадцать членов, шесть из которых принадлежали бы к так называемой реформатской религии. Ее компетенция распространялась на округа парламентов Парижа, Руана и Ренна. Еще три палаты были созданы в Кастре, Гренобле и Бордо. Каждая должна была иметь двоих председателей — одного католика и одного протестанта и по двенадцать советников — шесть католиков и шесть протестантов. Гренобльская палата должна была ведать, кроме дел протестантов Дофине, еще и делами протестантов Прованса. Все эти палаты имели право верховного суда в последней инстанции. Они должны были надзирать за общественным спокойствием и за «полицией», то есть за управлением теми городами, где они находились.
Протестанты получали гарантию доступа ко всем официальным постам. В силу статьи 27 эдикта и статьи 10 секретных статей они были правомочны занимать и исполнять все должности — королевские, сеньориальные, муниципальные. Они не были обязаны давать иной присяги, кроме как, подняв руку, обещать Богу верно служить королю и соблюдать ордонансы. В силу секретных статей от 30 апреля король обязывался доверять им посты губернаторов, должности и почести.
Запрещалось отказывать протестантам в допуске в коллежи, школы, университеты, больницы. Там, где протестанты пользовались привилегией публичного отправления культа, они могли открывать свои коллежи и публичные школы.