Через два часа комбриг Прокофьев радиограммой потребовал от С-117 усилить бдительность и дать свое место. Лодка не отвечала. Вот тогда и возникла первая тревога за ее судьбу. Но командование флота проинформировали только на следующее утро. Начштаба Радионов потребовал срочного возвращения С-117 в базу. В течение суток ее вызывали по радио несколько десятков раз, приказывали всплыть и идти домой с включенными ходовыми огнями, в радиограммах подчеркивали беспокойство. Учение прекратили, подводные лодки подняли на поверхность и бросили на поиск. Через двое суток из Советской Гавани были высланы ТЩ-524 и ТЩ-588. Тральщики начали таскать по дну металлические тралы. Западное побережье острова Сахалин от Холмска на север до Томари и на юг прочесали армейские части и пограничники. Безрезультатно. Еще через два дня в районе поиска появились еще три тральщика 29-й дивизии ОВР, спасатель «Тетюхе», а 23 декабря — еще два тральщика и два самолета ПУ-ба, один из Совгавани, другой из Корсакова.
Комиссия Морского генштаба быстро установила, что местные флотоводцы «заигрались» в войну. На флоте действовало незыблемое правило. Каждый военный корабль обязан не менее двух раз в сутки докладывать свое местонахождение. Здесь же командирам приказали сохранять радиомолчание и доносить только об атаке условного конвоя. Проводя учение, штаб флота понятия не имел, где находится каждая из шести субмарин.
Комиссия отвергла версию подрыва на плавающей мине. Какие-то обломки обязательно должно было выбросить на сушу. Каждый метр западного побережья Сахалина был прочесан дважды, и ничего не нашли. Никто не слышал взрыва, не видел солярных пятен на воде. В конце концов, сахалинских рыбаков (сообщение о мине пришло от них) в сумерках могла ввести в заблуждение обыкновенная бочка.
С другой стороны, замеченная мина могла быть не единственной в этих водах. В июне-июле 1941 г. по приказу нарком-военмора Н.Г. Кузнецова подходы к приморскому побережью, на случай нападения японцев, были густо минированы. Японцы не напали, а минные поля, поставленные наспех в горячке первых военных недель, вскоре превратились в серьезнейшую проблему. Шторма начали срывать мины с якорей. На их расстрел с воздуха бросили авиацию, но минная опасность преследовала тихоокеанцев все военные годы. С собственными минами связывают гибель нескольких кораблей и еще одной подлодки ТОФ.
Поскольку события разворачивались на маршруте нынешней паромной переправы Ванино — Холмск, а оживленное сообщение Между островом и материком здесь было всегда, сразу возникла версия случайного тарана С-117. Поэтому еще 19 декабря были отданы распоряжения командиру Южно-Сахалинской военно-морской базы и командованию 5-го ВМФ осматривать все прибывающие на остров суда гражданских ведомств, которые пересекали Татарский пролив 14–17 декабря. Все суда, побывавшие в этот период вблизи Холмска, в обязательном порядке осматривались водолазами в Корсакове, Находке и Владивостоке.
Из доклада И.В. Сталину:
«С целью определения возможности столкновения подводной лодки с надводными кораблями были проверены четыре транспорта. Было обращено внимание на теплоход «Горнозаводск» Министерства морского флота, который следовал из порта Ванино в Корсаков и в период с 3 часов до 8 часов 15 декабря проходил в районе перехода С-117 на позицию. По записям в судовом журнале, теплоход, находясь в 25 милях на северо-запад от Холмска (с 5.30 до 6.55 15 декабря), имел по непонятным причинам остановку. По показаниям отдельных членов экипажа, теплоход стопорил машины, но не останавливался, что позволяет предполагать, что такие действия теплохода связаны с каким-то происшествием, которое членами экипажа, стоявшими на вахте, скрывается. При водолазном обследовании подводной части корпуса теплохода «Горнозаводск» обнаружены вмятины в днище теплохода, в средней его части, длиной до 6 метров, а также повреждения боковых килей, являющиеся следствием удара о металлический предмет… Окончательное заключение, было ли столкновение теплохода «Горнозаводск» с подводной лодкой С-117, можно будет дать после осмотра подводной части теплохода в доке. Постановка в док будет произведена около 12 января 1953 г. На С-117 погибли 52 человека личного состава, в том числе 12 офицеров. Поиск подводной лодки продолжается».
…Теплоход «Горнозаводск» был маленький плавучий «Столыпин». Каботажное суденышко водоизмещением 400 тонн занималось перевозкой заключенных из недоброй памяти Ванинского порта на шахты Сахалина. Выяснилось, что многие в этом рейсе, включая капитана, были изрядно навеселе. Любопытная примета времени: запьянцовским теплоходом следователи МГБ не заинтересовались. Может, сыграла роль корпоративная солидарность: свои же, гулаговские. Может, была целевая установка на раскрытие предательского заговора подводников. Перевозчиками «зеков» занялась команда адмирала Андреева.
Адмирал сразу потребовал выяснить, все ли спасательные средства в наличии на судне, и нет ли признаков недавнего спуска шлюпки.