В результате с начала марта 2005, после истечения срока мандатов, депутаты парламента Сообщества, его министры и сам президент с юридической точки зрения стали частными лицами. Примерно в это же время Джуканович и черногорский президент Филип Вуянович выступили с новым планом — о превращении Государственного сообщества в союз независимых государств.
Мнения сербских властей по этому поводу разделились: в то время как премьер-министр Воислав Коштуница отверг это предложение, президент Сербии Борис Тадич заявил, что оно может быть рассмотрено.
Процесс выхода из состава государственного союза Сербии и Черногории регулировался Конституционной хартией Сербии и Черногории, принятой 4 февраля 2003 года парламентом Союзной Республики Югославия. Статья 60 Конституции требовала, чтобы прошло не менее трёх лет с момента ратификации данной хартии, до того как одна из республик может выйти из Государственного Союза. Также государство, которое выходит из союза, отказывается от всех прав на политическую и правовую преемственность и не может являться правопреемником Государственного Союза Сербии и Черногории. Это означало, что выходящее из союза государство (в данном случае Черногория), подавая заявку на вступление в международные организации (например в Организацию Объединённых Наций) должна быть признана мировым сообществом, а Сербия становится правопреемницей Государственного Союза Сербии и Черногории.
По Конституции Черногории государственный статус не может быть изменён без всенародного референдума. Закон о референдуме был внесён на обсуждение в черногорский парламент президентом Филипом Вуяновичем. 2 марта 2006 года закон о референдуме был единогласно принят[5].
Принятый закон о референдуме обязывал парламент уважать результаты волеизъявления народа. Результаты референдума должны быть обнародованы в течение 15 дней, а решение, которое будет вынесено в ходе голосования должно быть исполнено в ходе 60 дней. Руководство Сербии заявило, что оно будет уважать результаты референдума, и не вмешиваться в суверенитет Черногории.
Переговоры между властями Черногории и оппозицией об условиях проведения референдума шли с начала 2006 года. Первоначально оппозиция, выступавшая против самостоятельности Черногории, категорически отказывалась обсуждать даже самую идею проведения референдума. Евросоюз предложил своё посредничество. Посредническая миссия была возложена на спецпредставителя ЕС Мирослава Лайчака. В ходе дальнейшего обсуждения оппозиция приняла идею референдума и договорилась с правящей коалицией об условиях его проведения. Тем не менее, оставались расхождения по ключевому вопросу — о большинстве, необходимом для принятия решения.
Согласно черногорскому закону о референдуме, для принятия решения было необходимо набрать 50 % плюс один голос участвовавших в референдуме при обязательной явке в 50 %. Оппозиция же требовала обеспечить участие в референдуме не только населения самой Черногории, но и черногорцев, живущих в Сербии. В этих условиях Мирослав Лайчак предложил свою формулу: Евросоюз признает независимость Черногории, если за неё проголосуют 55 % от числа участвующих в референдуме. Эта формула вызвала бурно негативную реакцию в Черногории. Премьер-министр Мило Джуканович предупредил, что она несёт в себе опасность для стабильности Черногории.
Вопрос заданный на референдуме звучал так:
— Желаете ли Вы, чтобы Республика Черногория стала независимым государством с полным международно-правовым суверенитетом?
Сторонники независимости делали ставку на историю Черногории и права национальных меньшинств. Черногория была признана независимым государством ещё в 1878 году в ходе Берлинского конгресса. В 1918 году независимость страны была ликвидирована, когда в условиях окончания Первой мировой войны ассамблея Черногории приняла акт объединения с Сербией. Сторонники независимости обещали всем национальным меньшинствам полное соблюдение их прав в независимой Черногории. Лидером сторонников независимости являлся Мило Джуканович.
Оппозиционные политические силы, выступавшие за сохранение Сербии и Черногории, объединившиеся в «Блок за любовь» делали ставку на поддержку ЕС (который советовал черногорскому руководству не спешить с вопросом об отделении) и на наличие обширных связей с Сербией. «Юнионисты» утверждали, что правящая элита, выступающая за независимость пытается превратить Черногорию в «частное владение» и убежище для преступников. Также сторонники союза утверждали, что нельзя обрывать исторические связи с Сербией, поскольку 73 % граждан Черногории имеют близких родственников в Сербии. Лидером «юнионистов» являлся оппозиционер Предраг Булатович.
Референдум проходил 21 мая 2006 года в воскресенье. В 21:00 по местному времени голосование завершилось. Согласно первоначальным данным, в голосовании приняли участие 86,7 % внесенных в списки избирателей.