Много лет за кладбищем никто не ухаживал, и место захоронения Щорса затерялось. Через почти 20 лет городские власти спохватились. Начались поиски захоронения Щорса. Дело в том, что 27 марта 1935 года в «Правде» появился романтический очерк о Щорсе писателя Всеволода Вишневского, автора знаменитых пьес «Первая Конная» и «Оптимистическая трагедия». Вскоре на экраны вышел кинофильм «Щорс». Мало того, это имя было названо самим Сталиным в перечне выдающихся героев Гражданской войны. Неустанные поиски были безрезультатными. Власти расписавшись в собственном бессилии, потеряв даже малейшую надежду на успех поисков. В газете «Известия» 13 марта 1937 года было опубликовано сообщение, что поиски гроба с останками Щорса прекращены из-за невозможности точного установления места захоронения.
Но наступил 1949 год — 30-летие гибели легендарного комбрига. Московские власти дали команду разыскать захоронение Щорса и установить на нем памятник.
На розыски были брошены немалые силы. Перешерстили все городские кладбища. Но все безрезультатно. Потом совершенно случайно вышли на некоего Ферапонтова, который мальчишкой-беспризорником помогал сторожу старого православного кладбища.
Он вспомнил, как в 1919 году проходили те похороны. Но повел представительную комиссию не на кладбище, а к проходной Куйбышевского кабельного завода. Дело в том, что кладбище к тому времени стало заводской территорией. Ферапонтов долго бродил по территории завода. Потом остановился в нескольких метрах от стены электроцеха. «Кажется, здесь должно быть», — неуверенно вымолвил он.
И закипела работа. После вскрытия нескольких захоронений, под почти полуметровым слоем щебенки на полутораметровой глубине было обнаружено захоронение цинкового гроба. Все с облегчением вздохнули.
В акте эксгумации, датированном 5 мая 1949 года, было записано:
Была произведена эксгумация, составлен акт судебно-медицинской экспертизы, в котором, в частности, сказано следующее:
Таким образом, эксгумация подтвердила, что Щорс был убит не пулей белогвардейцев, а по указанию Троцкого его подлым прислужником Танхиль-Танхилевичем.
10 июля 1949 года состоялось торжественное перезахоронение останков героя. Местом погребения было избрано новое городское кладбище. Сюда на орудийном лафете был доставлен прах начдива и при большом стечении народа перезахоронен со всеми воинскими почестями. В траурной церемонии принимала участие большая делегации Украинской ССР, руководство Куйбышевской области и Приволжского военного округа. Приехали жена, дочь и сестра героя, его боевые друзья. На могиле была установлена мемориальная мраморная плита, а в последствии и памятник.