По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления, которые, видимо, впервые обсуждались с 21.05 до 22.35 1 июня в кабинете И.В. Сталина с участием члена Политбюро ЦК ВКП(б) председателя Комитета обороны при СНК СССР маршала К.Е. Ворошилова, наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, его заместителей начальника Политуправления РККА армейского комиссара 1‐го ранга Л.З. Мехлиса, начальника Управления по командному и начальствующему составу РККА армейского комиссара 1‐го ранга Е.А. Щаденко и начальника Артиллерийского управления маршала Г.И. Кулика, а также начальника Генштаба маршала Б.М. Шапошникова, начальника Автобронетанкового управления командарма 2‐го ранга Д.Г. Павлова и начальника Управления ВВС командарма 2‐го ранга Я.В. Смушкевича[643]
. 3 июня нарком обороны издал приказ № 0028, согласно которому войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ЛВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя командарма 2‐го ранга А.Д. Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому «в связи со сложной международной обстановкой» предписывалось «задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3‐го года службы до 1 января 1941 г.» и «до особого распоряжения призванный… командный и начальствующий состав запаса»[644].Вероятно, необходимые военные мероприятия в отношении Прибалтики вновь обсуждались с 22.40 5 июня до 1.00 6 июня и с 19.20 до 20.20 7 июня в Кремле с участием И.В. Сталина, В.М. Молотова, А.А. Жданова, К.Е. Ворошилова, наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, его заместителей маршала Г.И. Кулика и генерал-полковника А.Д. Локтионова, начальника генштаба маршала Б.М. Шапошникова, его заместителя генерал-лейтенанта И.В. Смородинова и назначенных заместителем наркома обороны генерала армии К.А. Мерецкова и командующим войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова[645]
. Еще 4–7 июня войска ЛВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 7 июня генерал-полковник А.Д. Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные в Прибалтике советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы[646]. Так же для создания соответствующей авиационной группировки в БОВО, КалВО и ЛВО было приказано перебросить 5 авиабригад и 11 авиаполков из ОрВО, ХВО, КОВО, СКВО[647].Одновременно в Генштабе РККА велась разработка оперативного плана операции в Прибалтике. Вероятно, основные идеи плана Прибалтийской операции обсуждались с 18.25 до 20.25 8 июня в кабинете И.В. Сталина с участием членов Политбюро ЦК ВКП(б) председателя СНК СССР В.М. Молотова, его заместителя наркома нефтяной промышленности и путей сообщения Л.М. Кагановича, председателя Комитета обороны маршала К.Е. Ворошилова, секретаря ЦК ВКП(б) А.А. Жданова, кандидата в члены Политбюро ЦК ВКП(б) наркома внутренних дел Л.П. Берия, а также наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, его заместителей генерал-полковника А.Д. Локтионова и начальника Политуправления РККА армейского комиссара 1‐го ранга Л.З. Мехлиса, начальника Генштаба маршала Б.М. Шапошникова, его заместителя генерал-лейтенанта И.В. Смородинова, наркома ВМФ адмирала Н.Г. Кузнецова и начальника Главного морского штаба адмирала Л.М. Галлера[648]
. Как бы то ни было, в ночь на 9 июня Оперативным управлением Генштаба были разработаны и в 5 часов утра подписаны наркомом обороны и начальником Генштаба совершенно секретные особой важности директивы №№ 02622, 02623 и 02624 командующим КБФ, БОВО и ЛВО соответственно. На основании этих директив в штабах округов и армий началось более детальное планирование операции.