В ответ на замечание Сельтера о том, что возможно недовольство Германии и необходимо информировать правительство и парламент, Молотов заявил, что "это дело срочное. Советую вам пойти навстречу пожеланиям Советского Союза, чтобы избежать худшего. Не принуждайте Советский Союз применять силу для того, чтобы достичь своих целей. Рассматривая наши предложения, не возлагайте надежд на Англию и Германию. Англия не в состоянии что-либо предпринять на Балтийском море, а Германия связана войной на Западе. Сейчас все надежды на внешнюю помощь были бы иллюзиями. Так что Вы можете быть уверены, что Советский Союз так или иначе обеспечит свою безопасность". После некоторого перерыва эстонской делегации был вручен проект договора о взаимопомощи, а подписание договора о торговле было отложено до следующего визита Сельтера в Москву с ответом на советское предложение. Вернувшись 25 сентября в Таллин, Сельтер информировал о советских предложениях германского посланника и попытался получить поддержку Финляндии и Латвии, которые решили не вмешиваться, а Германия посоветовала удовлетворить советские требования527 .
Тем временем на границе Эстонии и Латвии создавалась советская военная группировка. Еще 13 августа 1939 г. в Ленинградском военном округе (ЛВО) приказом наркома обороны маршала Советского Союза К.Е. Ворошилова № 0129 была сформирована Новгородская армейская группа, преобразованная 14 сентября в 8-ю армию, управление которой дислоцировалось в Пскове. В Калининском военном округе (КалВО) по мобилизации была развернута 7-я армия, которая согласно директивам наркома обороны № 16664 и 16668 от 14 сентября была с 15 сентября передана в оперативное подчинение Военного Совета ЛВО. Директивой № 16669 от 14 сентября нарком обороны определил состав войск прикрытия территории ЛВО на Кингисеппском (11-я стрелковая дивизия, 447-й корпусной артполк) и Псковском (управление 1-го стрелкового корпуса, 49-я, 56-я и 75-я стрелковые дивизии) направлениях. Согласно директиве наркома обороны № 030 от 25 сентября, войска 7-й армии приступили к сосредоточению на латвийской границе, а управление армии передислоцировалось в Идрицу. С 25 сентября начались разведывательные полеты советских самолетов над Эстонией. 26 сентября в штабе ЛВО была получена директива наркома № 043/оп, согласно которой требовалось "немедленно приступить к сосредоточению сил на эстоно-латвийской границе и закончить таковое 29 сентября 1939 г." Между Финским заливом и Чудским озером развертывался Отдельный Кингисеппский стрелковый корпус, южнее Псковского озера - войска 8-й армии, а в районе Себеж, Юхневичи, Клястицы соединения 7-й армии, в состав которой была включена часть войск 3-й армии Белорусского фронта, сосредоточенных на левом берегу Западной Двины 26-29 сентября.
Войскам была поставлена задача "нанести мощный и решительный удар по эстонским войскам, для чего: а) Кингисеппской группой быстро наступать на Везенбург, Тапе, Таллин; б) 8-й армии разбить войска противника и наступать на Юрьев [Тарту] и в дальнейшем - совместно с Кингисеппской группой на Таллин, Пернов [Пярну], выделив для обеспечения своего фланга одну танковую бригаду и 25-ю кавдивизию в направлении на Валк. В случае выступления латвийских воинских частей на помощь эстонской армии [наступать] в направлении от Валка на Ригу; в) 7-й армии - прикрыть операции ЛВО со стороны латвийской границы. В случае выступления или помощи латвийской армии эстонским частям, 7-й армии быстрым и решительным ударом по обеим берегам реки Двины наступать в общем направлении на Ригу". КБФ получил задачу "уничтожить эстонский флот", нанести "удар по морским базам" Эстонии и "содействовать наступлению сухопутных войск ЛВО". Нарком обороны требовал подготовить к 27 сентября план операции и предупреждал, что "о времени перехода в наступление будет дана особая директива". В 17.45 28 сентября нарком обороны сообщил командующему ЛВО об утверждении представленного плана операции против Эстонии. "Начало операции по особому моему указанию. Продолжать срочным порядком сосредоточение войск, подвоз горючего, боеприпасов и организацию связи и управления войсками. При постановке задач частям избегать разрушения железнодорожных мостов. Балтфлоту поставить задачей не уничтожение флота противника, а захват его, приняв меры к недопущению ухода его в нейтральные воды Финляндии или Швеции"528 .