Выработка условий договора проходила при настойчивом давлении советской стороны и медленных уступках латвийской делегации. Тем временем 1 октября начальник Генштаба РККА своим приказом № 074 внес изменения в директиву наркома № 043/оп, распорядившись перегруппировать основную часть войск 8-й армии к югу от реки Кудеб на границу с Латвией. В тот же день по приказу наркома обороны была произведена воздушная разведка латвийской территории. В итоге переговоров 5 октября был подписан договор о взаимопомощи сроком на 10 лет, предусматривавший ввод в Латвию 25-тысячного контингента советских войск. Договор вступил в силу 14 октября после обмена ратификационными грамотами. 18 октября было подписано советско-латвийское торговое соглашение на период с 1 ноября 1939 г. по 31 декабря 1940 г.537
Как только СССР и Германия договорились о передаче Литвы в сферу советских интересов, Молотов 29 сентября вызвал ее посланника в Москве Л. Наткевичуса и заявил ему, что следовало бы начать прямые переговоры о внешнеполитической ориентации Литвы. Уже 1 октября литовское правительство согласилось делегировать в Москву министра иностранных дел Ю. Урбшиса. На начавшихся в 22 часа 3 октября переговорах Сталин сообщил литовской делегации о советско-германском соглашении относительно раздела Литвы. Протест Урбшиса приглушался желанием получить Вильнюс, который советская сторона предложила как приманку в обмен на договор о взаимопомощи. Делегации были переданы советские проекты документов, и 4 октября она возвратилась в Каунас. Литовское правительство решило отказаться от размещения советских войск, но выразило готовность иметь тесное сотрудничество с Москвой в военной области. На новых переговорах выяснилось, что СССР настаивает на размещении войск, намекая, что в противном случае Вильнюс может быть передан Белорусской ССР538 .
В качестве дополнительного аргумента на границах Литвы была развернута 3-я армия Белорусского фронта. Перед литовским правительством встал вопрос: подписать требуемый СССР договор с размещением гарнизонов и получить Вильнюс и Виленскую область или не подписывать договор, не получить Вильнюса и вступить в конфликт с СССР. Убедившись в невмешательстве Германии, литовское руководство решило принять советское предложение, и 10 октября был подписан "Договор о передаче Литовской республике города Вильно и Виленской области и о взаимопомощи между Советским Союзом и Литвой" сроком на 15 лет, предусматривавший ввод 20-тысячный контингента советских войск. 15 октября было подписано советско-литовское торговое соглашение на период с 1 ноября 1939 г. по 31 декабря 1940 г.539
Таким образом, договоренности с Германией о разделе сфер интересов и война в Европе стали теми необходимыми условиями, при которых советское руководство могло достаточно свободно действовать в отношении Прибалтики. Советский Союз приступил к реализации своих прав на сферу интересов с заключения договоров о взаимопомощи, пользуясь традиционной практикой военно-политического давления и посулов в зависимости от конкретной обстановки применительно к каждой прибалтийской стране. Лишенные поддержки великих держав Европы, прибалтийские страны оказались один на один с требованиями советского руководства. Поэтому трудно не согласиться с мнением С.В. Волкова и Е.В. Емельянова, полагающих, что "разумеется, эти договоры не были бы подписаны правительствами Эстонии, Латвии и Литвы, если бы они не знали, что Германия отказалась от своей гегемонии в Прибалтике". Однако мнение авторов о том, что "в реальной обстановке 1939 г. другой альтернативой договорам, заключенным в Москве с 28 сентября по 10 октября, могла стать лишь оккупация прибалтийских республик германскими войсками"540 , представляется надуманным и противоречит реальным фактам. Как мы видели, реальной альтернативой этим договорам могла стать оккупация Прибалтики Красной Армией, и именно эта угроза вынудила правительства Эстонии, Латвии и Литвы подписать договоры о взаимопомощи, которые расценивались ими как меньшее из зол. С 10 октября 1939 г. советско-германская договоренность по Прибалтике была подтверждена соответствующими договорами. В этих условиях руководящие круги прибалтийских государств старались не обострять отношения с СССР, надеясь в будущем избавиться от обременительной советской опеки.