Командование 65-го, 2-го и 16-го особых стрелковых корпусов получило 25 октября приказы наркома обороны №№ 0162, 0163, 0164 соответственно, согласно которым войска не имели права вмешиваться во внутренние дела Эстонии, Латвии и Литвы, а "настроения и разговоры о "советизации", если бы они имели место среди военнослужащих, нужно в корне ликвидировать и впредь пресекать самым беспощадным образом, ибо они на руку только врагам Советского Союза" и прибалтийских стран546 .
Выступая 31 октября на сессии Верховного Совета СССР, Молотов заявил, что "особый характер указанных пактов взаимопомощи отнюдь не означает какого-либо вмешательства Советского Союза в дела Эстонии, Латвии и Литвы, как это пытаются изобразить некоторые органы заграничной печати. Напротив, все эти пакты взаимопомощи твердо оговаривают неприкосновенность суверенитета подписавших его государств и принцип невмешательства в дела другого государства. Эти пакты исходят из взаимного уважения государственной, социальной и экономической структуры другой стороны и должны укрепить основу мирного, добрососедского сотрудничества между нашими народами. Мы стоим за честное и пунктуальное проведение в жизнь заключенных пактов на условиях полной взаимности и заявляем, что болтовня о "советизации" Прибалтийских стран выгодна только нашим общим врагам и всяким антисоветским провокаторам"547 . В итоге первоначальные опасения части общественности прибалтийских государств в отношении намерений СССР постепенно отступали на задний план.
Как справедливо отмечают А.Г. Донгаров и Г.Н. Пескова, политика полного невмешательства СССР во внутренние дела прибалтийских стран объяснялась нежеланием обострять отношения с Англией и Францией и неясностью перспектив войны в Европе548 . Строго придерживаясь своей линии на полное невмешательство во внутренние дела Эстонии, Латвии и Литвы, советское руководство внимательно следило за ситуацией в Европе и Прибалтике. По мере выполнения договоров о взаимопомощи перед сторонами возникали все новые и новые проблемы, для решения которых с ноября 1939 г. по май 1940 г. неоднократно велись переговоры разного уровня и были заключены соглашения, конкретизирующие отдельные стороны пактов. Ими регулировались вопросы аренды, железнодорожных перевозок, организации строительства, связи, санитарного обеспечения и юридического положения военнослужащих, о военторгах, о порядке въезда и выезда комсостава и их семей и т.п. Для контроля за реализацией условий пактов и разрешения спорных вопросов были созданы смешанные комиссии. Постепенно советские войска обживались в прибалтийских гарнизонах549 .
В историографии вопрос о выполнении договоров вызывает разногласия. Большинство авторов отмечает, что, несмотря на определенные трения, стороны в целом соблюдали условия договоров550 . Вместе с тем отношения сторон были далеки от идиллических. Советские представители на местах дружно отмечали, что со стороны прибалтийских стран речь шла скорее о формальном выполнении договоров и стремлении нажиться на поставках советским войскам необходимых товаров и услуг. Власти прибалтийских стран стремились свести к минимуму контакты советских военнослужащих с местным населением. Угроза вмешательства Англии и Франции в советско-финскую войну подогревала в правящих кругах стран Прибалтики настроения, направленные на освобождение от навязанных СССР договоров. По мнению А.С. Орлова, С.В. Волкова и Ю.В. Емельянова, хотя размещенные войска открыто и не вмешивались во внутренние дела этих государств, они самим фактом своего присутствия оказывали определенное влияние на внутриполитическую обстановку, давая импульс борьбе с профашистскими режимами551 .