Главнокомандующим вооруженными силами Латвии являлся президент К. Ульманис. Непосредственное руководство армией осуществлял военный министр генерал К. Беркис (начальник штаба - генерал П. Розенштейн), которому подчинялись сухопутные войска (в их состав входили ВВС) и военно-морские силы. Армия состояла из 4 пехотных и технической дивизий. 1-я Курземская пехотная дивизия дислоцировалась в районе Елгава - Салдус - Талси. 2-я Видземская пехотная дивизия дислоцировалась в районе Риги. 3-я Латгальская пехотная дивизия дислоцировалась в районе Цесис - Резекне. 4-я Земгальская пехотная дивизия дислоцировалась в районе Даугавпилса. Как и дивизии, носившие названия провинций, их полки носили названия уездов. Техническая дивизия объединяла автотанковую бригаду, тяжелый артполк, саперный, зенитно-артиллерийский полки, полк бронепоездов, батальон связи и авиаполк и дислоцировалась в Риге. Авиаполк состоял из 6 отрядов: 4 разведывательных и 2 истребительных. Латвия располагала 16 аэродромами и 10 посадочными площадками. Военно-Морской флот состоял из дивизиона подводных лодок "Спидола" и "Ронис", дивизиона тральщиков "Вирсайтис", "Иманта", "Виестурс" и гидроавиадивизиона из 5 самолетов. Основными базами флота являлись Рига, Вентспилс и Лиепая, на которую базировалась и морская авиация. Кроме того, в Латвии существовала военизированная организация "Айзсардзе", подразделявшаяся на 19 уездных, 1 железнодорожный и 1 авиационный полки.
Вооруженные силы Литвы состояли из сухопутной армии и авиации. Командование армией осуществлял генерал В. Виткаускас (начальник штаба генерал Пундзявичус), подчинявшийся военному министру бригадному генералу К. Мустейкису. Призыв в армию осуществлялся на основе всеобщей воинской повинности. Сухопутная армия состояла из 3 пехотных дивизий, 1 кавалерийской бригады и технических частей. 1-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Вильно - Расейняй - Паневежис-Купишкис. 2-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Каунас - Ионава - Шауляй Мариамполь. 3-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Шауляй Плунге - Таураге. Отдельные части кавбригады располагались в Каунасе, Вильнюсе, Таураге и Вилькавишкис. В составе армии имелись инженерный батальон, батальон связи, бронеотряд, автоотряд, а также военно-учебное судно "Президентас Сметона". ВВС Литвы (командующий - бригадный генерал Густайтис) включали 4 авиагруппы, зенитный дивизион, прожекторную роту, 5 рот ПВО, роту звукоулавливания, батальон охраны аэродромов и роту постов наблюдения. В республике имелось 7 аэродромов (еще 5 строилось) и 4 посадочные площадки. Кроме того, в Литве существовала военизированная организация "Шаулю Саюнга", подразделявшаяся на 20 отрядов (полков или батальонов).
Располагая столь незначительными вооруженными силами, отрезанные от любой помощи извне, прибалтийские государства, естественно, старались по возможности не обострять отношений с СССР. Экономические трудности, вызванные войной, вели к росту недовольства населения, особенно в городах, все более сужая социальную базу правящих авторитарных режимов. Надежды на политические перемены все глубже проникали в прибалтийские общества. Наступление Германии на Западном фронте и прорыв вермахта к Ла-Маншу 20 мая 1940 г. значительно изменили стратегическую обстановку в Европе. Среди некоторых слоев населения Прибалтики вновь оживились опасения: после победы на Западе Германия возобновит экспансию на Восток, что сделает эти страны театром военных действий. Часть правящих кругов Эстонии, Латвии и Литвы стремилась ценой переориентации на Германию избавиться от советской опеки. В этой ситуации события мая - июня 1940 г. оказались для них полной неожиданностью.
К лету 1940 г. в Прибалтике размещались следующие советские войска. В Эстонии находилось управление 65-го ОСК, 123-й отдельный батальон связи, 11-й корпусной зенитный артдивизион, 16-я стрелковая дивизия, 18-я легкая танковая бригада, 5-й мото-механизированный отряд, 414-й, 415-й автотранспортные батальоны, Особая группа ВВС в составе 35-го, 52-го среднебомбардировочных, 7-го, 53-го дальнебомбардировочных, 15-го, 38-го истребительных авиаполков и другие части. В Латвии были развернуты управление 2-го ОСК, 10-й отдельный батальон связи, 86-й корпусной зенитный артдивизион, 67-я стрелковая дивизия, 6-я легкая танковая бригада, 10-й танковый полк, 18-я авиабригада в составе 31-го среднебомбардировочного, 21-го и 148-го истребительных авиаполков, 640-й автотранспортный батальон и другие части. В Литве располагались управление 16-го ОСК, 46-я отдельная рота связи, 19-й корпусной зенитный артдивизион, 5-я стрелковая дивизия, 2-я легкая танковая бригада, 54-й среднебомбардировочный и 10-й истребительный отдельные авиаполки, 641-й автотранспортный батальон и другие части. Всего войска насчитывали 66 946 человек, 1 630 орудий и минометов, 1 065 танков, 150 бронемашин, 5 579 автомашин и 526 самолетов561 .