23 апреля 1940 г. в войска была направлена директива наркома обороны № 177122, в соответствии с которой требовалось с 1 по 15 июня 1940 г. произвести смену войск, находящихся в Прибалтике с осени 1939 г. Нарком обороны маршал Советского Союза С.К. Тимошенко 2 мая 1940 г. докладывал в ЦК ВКП(б) и Комитет Обороны при СНК СССР о переносе срока смены войск на период с 1 по 15 июля и называл конкретные готовящиеся на смену части. Предполагалось направить в Эстонию 90-ю стрелковую дивизию, 13-ю танковую бригаду, 77-й отдельный механизированный отряд, 23-й отдельный батальон связи, 38-й корпусной зенитный артдивизион, 11-й дальнебомбардировочный, 10-й среднебомбардировочный и 7-й истребительный авиаполки, 420-й и 470-й автотранспортные батальоны. В Латвию - 48-ю стрелковую дивизию, 1-ю танковую бригаду, 8-й танковый полк, 54-й отдельный батальон связи, 12-й корпусной зенитный артдивизион и 633-й автотранспортный батальон. В Литву 27-ю стрелковую дивизию, 27-ю танковую бригаду, 30-й отдельный батальон связи, корпусной зенитный артдивизион, 31-й истребительный авиаполк и автотранспортный батальон562 .
5 мая 1940 г. начальник Политуправления Красной Армии армейский комиссар 1 ранга Л.З. Мехлис направил начальникам Политуправлений ЛВО, КалВО и Белорусского особого военного округа (БОВО) "План политзанятий с красноармейцами и младшими командирами в частях, предназначенных для отправки в Прибалтийские страны", к выполнению которого следовало приступить немедленно. В докладе начальника политуправления ЛВО дивизионного комиссара Горохова от 27 мая сообщалось о ходе подготовки войск, которая в основном должна была завершиться к 1 июня563 .
Тем временем 24 мая 1940 г. советский полпред в Литве сообщил в Москву, что 24 апреля и 18 мая из советских частей, расположенных в Литве, сбежало два красноармейца: Носов и Шмавгонец, которые разыскивались по линии военного командования. Уже на следующий день Молотов вызвал литовского посланника в Москве Наткявичуса и заявил ему, что "исчезновение этих военнослужащих организуется некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов Литовского правительства". Обвинив литовское правительство в провокациях, Молотов потребовал прекратить их, разыскать пропавших солдат и вернуть в части, выразив надежду советского правительства, что Литва "пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям". Литовская сторона серьезно отнеслась к демаршу советского руководства и уже 26 мая выразила "готовность немедленно произвести самое подробное расследование", для облегчения которого просила советское правительство сообщить "имеющиеся в его распоряжении данные". 27 мая стало ясно, что Шмавгонец и Писарев уже вернулись в части, но предложение литовской стороны об их совместном допросе для ускорения расследования было отклонено советской стороной под предлогом истощения обоих военнослужащих564 .
Официально советская сторона заявила о похищении 4 солдат: Бутаева, Шутова, Писарева и Шмавгонца. Собственно, эта тема никогда в отечественной историографии не изучалась, что дало повод ряду авторов совершенно справедливо указать на недоказанность официальной советской версии565 . Ныне стали доступны материалы следственных органов НКВД и Главной военной прокуратуры, занимавшихся расследованием этих случаев, позволяющие установить, что же именно произошло. Как установило следствие, Г.А. Бутаев прибыл в 336-й стрелковый полк 5-й стрелковой дивизии в октябре 1939 г. и сообщил, что он является младшим командиром, хотя документов, подтверждающих это утверждение, он не имел. Тем не менее командование полка утвердило его младшим командиром. После этого Бутаев "стал просить командира, комиссара полка и начальника штаба, чтобы его назначили помощником коменданта полка, приказа по полку о назначении его пом. коменданта нет, но с ноября месяца по февраль 1940 г. Бутаев работал пом. коменданта полка. Получив беспрепятственный выход с территории полка, Бутаев ежедневно находился в гор. Вильно и окрестностях, посещал притоны, пьянствовал у литовских граждан, рекомендовал себя работником НКВД.