Как бы то ни было, 30 мая 1940 г. в газете "Известия" было опубликовано "Сообщение НКИД о провокационных действиях литовских властей", в котором перечислялись случаи исчезновения красноармейцев из расположенных в Литве частей и вся ответственность за это возлагалась на литовскую сторону. 1 июня литовский посланник в Москве вновь пытался склонить советскую сторону к тщательному расследованию этих обвинений, но Молотов опять не поддержал эту идею. Советское полпредство в Литве 2-3 июня обращало внимание Москвы на стремление литовского правительства "предаться в руки Германии", активизацию "деятельности пятой германской колонны и вооружение членов союза стрелков", подготовку к мобилизации. Все это разоблачает "подлинные намерения литовских правящих кругов", которые в случае урегулирования конфликта лишь усилят "свою линию против договора, перейдя к "деловому" сговору с Германией, выжидая только удобный момент для прямого удара по советским гарнизонам"573 .
По мере развития дипломатического конфликта начались и прямые советские военные приготовления, которые, видимо, обсуждались 5 и 7 июня (с 22.40 до 1.00 и с 19.20 до 20.20 соответственно) в Кремле с участием Сталина, Молотова, Ворошилова, наркома обороны маршала С.К. Тимошенко, начальника генштаба маршала Б.М. Шапошникова, его заместителей генерал-лейтенанта И.В. Смородинова и командарма 2 ранга А.Д. Локтионова, назначенного командующим войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова и командующего ЛВО командарма 2 ранга К.А. Мерецкова574 . Согласно приказу наркома обороны № 0028 от 3 июня 1940 г., войска, размещенные на территории Прибалтики, с 5 июня исключались из состава ЛВО, КалВО и БОВО и переходили в непосредственное подчинение наркома обороны через его заместителя Локтионова. В тот же день был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР, согласно которому "в связи со сложной международной обстановкой" предписывалось "задержать в рядах Красной Армии красноармейцев 3-го года службы до 1 января 1941 г." и "до особого распоряжения призванный... командный и начальствующий состав запаса". 4-7 июня 1940 г. войска ЛВО, КалВО и БОВО были подняты по тревоге и начали под видом учений сосредоточение к границам прибалтийских государств, одновременно в состояние боевой готовности были приведены советские гарнизоны в Прибалтике. 8 июня Локтионов получил приказ подготовить дислоцированные в Прибалтике советские авиачасти к возможным боевым действиям, усилить охрану аэродромов и подготовить их к обороне и приему посадочных десантов. Авиаполки должны были быть готовы к действиям по аэродромам и войскам противника и к перегруппировке на более защищенные советскими войсками аэродромы575 .
Вечером 8 июня в городе Лида состоялось секретное совещание командного состава поднятых по тревоге войск БОВО, на котором заместитель командующего войсками округа генерал-лейтенант Ф.И. Кузнецов (он же командующий 11-й армией) информировал собравшихся о "возможных действиях против Литвы". Там же 11 июня с 13 до 16 часов проходило новое совещание с участием накануне вступившего в командование войсками БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова, изложившего план боевых действий и задачи войск, которые должны были нанести стремительное поражение литовской армии, не допустить ее отхода в Восточную Пруссию и за 3-4 дня занять Литву. Согласно боевому приказу № 002/оп от 12 июня, войска 11-й армии совместно с частями 16-го ОСК должны были окружить и уничтожить противника в районе Каунаса. Расквартированному в Литве 16-му ОСК ставилась задача удержать районы своей дислокации, захватить основные мосты на реках Неман и Нярис и обеспечить высадку 214-й воздушно-десантной бригады в 5 км южнее железно-дорожной станции Гайжуны, где предполагалось десантировать 935 человек. Совместно с частями 16-го ОСК десантники должны были захватить основные объекты Каунаса, на аэродром которого было бы переброшено еще 475 десантников. Подготовку операции предполагалось завершить к утру 15 июня. 13 июня для подготовки места десантирования около Гайжун была выброшена парашютная группа в 7 человек, а с 21.30 14 июня радиостанции дислоцированных в Прибалтике советских войск должны были работать только на прием, ожидая условного сигнала о начале операции576 .