Научная мысль средневековья созревала в монастырях. Зачатки науки были связаны с "оккультными" (в современном понимании) дисциплинами - астрологией и алхимией (впрочем, как отмечают М.Элиаде и другие авторы, алхимики упорно преследовали свои цели и едва ли интересовались посторонними для них природными химическими феноменами). Несмотря на широкое распространение этих наук, их отношения с церковью часто были напряженными. Астрология и магия осуждались Вселенскими соборами. В 1163 г. Тридентский собор провозгласил отлучение монахам, занимающимся естественными науками. Согласно булле папы Гонория III, изучение физики, медицины и других естественных наук запрещалось под страхом отлучения от причастия.
Основоположником индуктивного и экспериментального методов естествознания часто считается Роджер Бэкон (1220?-1292?, doctor mirabilis чудесный доктор) - монах-францисканец, который занимался многосторонним опытным изучением природы, особенно оптикой, механикой, астрономией, конструированием механизмов (как реальным, так и мысленным; им предлагались даже проекты воздухоплавания). Он преследовался за свои теологические взгляды и на короткое время был заключен в монастырскую тюрьму. Интересно, что несколько столетий спустя большой вклад в индуктивный метод внес его однофамилец Фрэнсис Бэкон (1561-1626). Именно к этим столетиям относится формирование науки в нашем понимании.
Наша наука возникает из Логоса, который не замыкается в себе, но открыт для "Алогона" (иррационального) и сам проникает в него... Необходимая констелляция сложилась к четырнадцатому веку, когда мощь веры еще не начала слабеть, но содержание ее уже было поколеблено. Это было время последнего значительного углубления христианских импульсов, время высочайшего духовного напряжения, когда происходившая в самых сокровенных глубинах человеческой души борьба вывела на свет новую науку (К.Ясперс, цит.соч., с.62,66).
Остановимся теперь подробнее на иррациональных источниках европейской науки. Проникновение герметической философии в западное мировоззрение произошло рано и было связано с философом и мистиком Раймондом Луллием (1232?-1315, doctor illuminatus), который много взял у еврейских и арабских мыслителей. Его главный труд носит название Ars magna (великое искусство) и включает, в частности, трактат Arbor scientiae (дерево познания); намеки на Луллия, в частности, на изобретенную им "логическую машину" для получения универсального знания есть в третьем из "Путешествий Гулливера" (см. цитату ниже). Согласно одной из легенд, Луллий добился цели обретения личного бессмертия, но затем, поняв его бессмысленность, стал монахом-францисканцем, долгие годы провел в миссионерских путешествиях и с трудом вымолил у Бога смерть.
У истоков христианской каббалы стоят Пико делла Мирандола (1463-1494; его "Речь о достоинстве человека" стала манифестом Ренессанса), Иоганн Рейхлин (1455-1522) и Агриппа Неттесхаймский (1485-1535). Агриппа был одним из прообразов Фауста, а его книга "Об оккультной философии" и дала начало слову "оккультизм". Младшим современником Агриппы был алхимик и врач Филипп фон Гогенгейм (Парацельс, 1493-1541), которого считают одним из главных представителей (а иногда даже основателем) эзотерического учения розенкрейцеров. К.Г. Юнг называет Парацельса отцом естественных наук и подчеркивает двойственность его духовной жизни, приводя в работе "Парацельс как духовное явление" ряд цитат из его трудов (см. также Теофраст Парацельс, Магический Архидокс, М., 1997):