Абакумов проявил себя хорошим организатором. По воспоминаниям ветеранов военной контрразведки, он воспользовался опытом Генштаба и выстроил систему руководства «Смершем» по образцу действующей армии: в ГУКР были созданы управления по фронтам. Это позволяло начальнику военной контрразведки лучше разбираться в оперативной обстановке на фронтах и поднимало его авторитет в глазах Сталина, не позволявшего подчиненным прикрывать некомпетентность словоблудием. Вождя подкупала и эффективность работы военной контрразведки, структуры которой в борьбе с агентурой противника демонстрировали большую эффективность, чем их коллеги из наркоматов госбезопасности и внутренних дел.
Человек решительный, Виктор Семенович не боялся брать ответственность на себя и не желал слепо следовать установившимся порядкам. Военная ситуация нередко требовала быстрых и нестандартных решений. Так, Абакумов распорядился освобождать от уголовной ответственности явившихся с повинной немецких агентов, что во многом помогло военным контрразведчикам в противоборстве с немецкими спецслужбами, в нейтрализации их агентуры.
«Принижать заслуги Абакумова в успешной работе ГУКР «Смерш» несерьезно, думаю, что этого не позволит себе ни один контрразведчик военного времени. Практические результаты деятельности «Смерша» оказались выше, чем у НКГБ, что и стало причиной выдвижения Абакумова».
Из воспоминаний Героя Советского Союза генерала армии П. И. Ивашутина.
После окончания войны стареющий Сталин стал задумываться о своем преемнике. Ему было очевидно, что его ближайшие соратники не способны сохранить и укреплять воссозданную могучую империю. Вождь нуждался в новых людях, лично преданных ему, — тех, на кого можно будет опереться в замышляемой чистке партийной номенклатуры, которая за военный период пришла в себя от психологического шока 1930-х годов.
В предстоящих переменах в стране свою роль призваны были сыграть и органы госбезопасности. Во главе их Сталин решил поставить Абакумова, в чьей лояльности и работоспособности он удостоверился. К тому же у Абакумова не сложились личные отношения с большинством руководителей МГБ и МВД, что тоже было немаловажным для становившегося все более подозрительным хозяина Кремля. Жестокая школа борьбы за власть приучила его к предельной осторожности, которая с годами все более перерастала в мнительность. Хотя, как знать, может эти опасения и не были безосновательны…
Абакумову, ставшему в мае 1946 года министром госбезопасности вместо близкого к Берии генерала армии Всеволода Меркулова, пришлось решать такие задачи, которые помогли ему нажить немало недоброжелателей в верхних эшелонах власти. Такова, видимо, судьба всех руководителей «тайной полиции» — чем эффективнее работаешь, тем больше горьких плодов можешь впоследствии пожать. В частности, новому главе МГБ пришлось много заниматься военными делами — в процессе реорганизации органов госбезопасности, ГУ KP «Смерш» перешло из военного ведомства в МГБ в качестве одного из его структурных подразделений — 3-го управления.
У любого правителя после успешного завершения войны возникают определенные проблемы с полководцами, вкусившими радость побед и ощутившими восторг сограждан. Между тем еще Шекспир сказал: «Мавр сделал свое дело — мавр может уйти…» Привыкшие за годы войны к относительной свободе и к самостоятельности в принятии решений, многие советские генералы не сразу поняли, что теперь наступают иные времена и вновь возрастают в цене беспрекословная исполнительность и умение аппаратного «политеса».
В довершение всего, немалое число военачальников ощутило слабость «человеческой природы» перед трофеями. Играли свою роковую роль и приехавшие в поверженную Германию жены полководцев — пока еще не избалованные роскошью, а также расторопные адъютанты и хитроватые интенданты… Разумеется, информация на этот счет исправно поступала в Москву по соответствующим каналам. Так, было известно, что командир 2-го гвардейского кавалерийского корпуса генерал-лейтенант Владимир Крюков ухитрился приобрести более ста килограммов изделий из серебра, десятки старинных ковров, антикварных сервизов и т. п. Другой же генерал-лейтенант — из руководящего политсостава — отправил на родину целый эшелон трофейного имущества, разжился работами французских и фламандских мастеров XVII и XVIII веков, изделиями из серебра, фарфора. Аскетичного Сталина подобные сообщения приводили в ярость…
К тому же, иные члены семей военачальников болтали много лишнего. Например, в новогоднюю ночь 1947 года к уже находившемуся в опале маршалу Жукову приехал генерал Крюков с супругой, певицей Лидией Руслановой. Та, бросив на стол полководцу двух подстреленных тетеревов, не нашла ничего лучшего, как сказать: «Я желаю, Георгий Константинович, чтобы так выглядели все твои враги!» В ситуации, когда полководец находился «под колпаком», подобные реплики отнюдь не улучшали его положения.