…К 1950 году, наверное, не было ни одного члена Политбюро, у которого не было оснований не любить, мягко говоря, руководителя МГБ. От органов досталось даже Молотову, у которого в 1949 году была осуждена к ссылке жена Полина Жемчужина (Карпович), начальник главка в министерстве легкой промышленности РСФСР. Хотя, разумеется, не Абакумов принимал решение об аресте супруги члена Политбюро, еще до революции работавшего с самим Лениным. Не мог он также самостоятельно отдавать распоряжения о внесудебной ликвидации в 1948 году Соломона Михоэлса, художественного руководителя Московского государственного еврейского театра — был лишь один человек, кто мог принимать такого рода решения, исходя из своих соображений о политической целесообразности, добре и зле. Причастность к убийству талантливого театрального деятеля, возглавлявшего Еврейский антифашистский комитет, дорого стоила министру госбезопасности: это преступление обычно называется одним из первых, когда речь заходит об оценке его деятельности.
Сгубило же Абакумова дело профессора Якова Этингера (1887 г. р.), оказывавшего медицинские услуги Лаврентию Берия. Этот крупный авторитет в области кардиологии был арестован в ноябре 1950 года. В поле зрения структур МГБ врач, имевший неосторожность вести разговоры на политические темы, попал в конце 1940-х. С помощью оперативной техники были зафиксированы его «неоднократные враждебные выпады против тов. Сталина». Этингера решили арестовать, но начальник охраны Сталина генерал-лейтенант Власик рекомендовал не торопиться, а для начала перевести его на малозначительную должность. Весной 1950 года Абакумов обратился в ЦК за санкцией на арест кардиолога. Впоследствии он рассказывал следователю: «Такие аресты, как аресты ученых, всегда являлись важными, и к ним по указанию ЦК ВКП(б) мы подходили с особой тщательностью».
В ноябре МГБ поставило вопрос об аресте Этингера непосредственно перед Сталиным. В курсе были руководитель секретариата вождя Поскребышев и замглавы правительства Николай Булганин, который из-за частого недомогания вождя в этот период вел текущие дела в Совете министров. Судя по показаниям Абакумова, именно Булганин и разрешил ему произвести арест кардиолога.
Допросы Этингера в Лефортовской тюрьме вел старший следователь следственной части по особо важным делам МГБ подполковник Михаил Рюмин. Представителей следствия интересовали не столько разговоры врача и его собеседники, сколько причины нескольких смертей партийных функционеров, страдавших болезнями сердца. Вскоре Абакумов, участвуя в допросах Этингера, понял, что расследование «вредительского лечения» перспектив не имеет, и единственное, что можно поставить профессору в вину, — это «антисоветскую деятельность», выражавшеюся во «враждебных разговорах». Но тут, после очередной «беседы» с Рюминым, пожилой врач скончался… Возможно, сказался результат пребывания арестованного в «камере-холодильнике», куда следователь помещал его в целях психологического давления.
А 2 июля 1951 года Рюмин направил письмо в ЦК, сигнализируя о торможении министром следствия по делу «врачей-вредителей». Абакумов обвинялся в том, что способствовал смерти подследственного Этингера, установив для него самые суровые условия содержания. Вряд ли бы сам подполковник рискнул написать Сталину — скорее всего, его подтолкнул к этому кто-то из высокопоставленных недоброжелателей главы МГБ. Известно, что письмо попало в Кремль через Д. Суханова, помощника Маленкова.
Обстоятельства появления письма Рюмина до сих пор остаются неясными. Но, так или иначе, Абакумов оказался под подозрением у Сталина за укрывательство «заговора, инспирированного иностранной разведкой». Масла в огонь подлила информация о возможных неофициальных контактах Абакумова с Берией, который вышел из доверия хозяина Кремля и, как заместитель главы правительства, занимался организацией работ в области создания ядерного и ракетного оружия. Возможно, Абакумова попросил о встрече сам Берия, обеспокоенный арестом лечившего его врача — скорее всего, Лаврентий Павлович боялся, что при интенсивных допросах Этингер наговорит лишнего…
Но, видимо, причиной опалы Абакумов стала его позиция относительно «дела врачей», которому он не был намерен придавать политический и национальный подтекст, к чему стремился становившийся все более подозрительным Сталин или какая-то группа в партийном руководстве…