Утром 25 июня ему позвонил Хрущев и попросил прибыть к нему с планами по организации противовоздушной обороны. Никита Сергеевич поинтересовался, есть ли в окружении генерала надежные люди и намекнул, что надо захватить с собой пистолеты. Кирилл Семенович вооружил своего начштаба, начальника политуправления и офицера для особых поручений. К ним, по предложению Москаленко, присоединился начальник главного штаба ВВС генерал Батицкий.
Затем, по вызову Булганина, согласованному с Никитой Сергеевичем, вся группа направилась в министерство обороны. Министр был знаком с Хрущевым с 30-х годов, когда был председателем Московского исполкома, а тот возглавлял горком партии, так что Хрущев мог ему полностью доверять. Выбор Москаленко в качестве руководителя «боевой группы» также был не случаен — секретарь ЦК хорошо знал его со времен войны: Москаленко командовал 38-й армией на 1-м Украинском фронте, членом Военного совета которого был Никита Сергеевич.
В Минобороны Булганин в разговоре с глазу на глаз поручил командующему войсками Московского округа ПВО арестовать Берию. То, что кабинет министра, скорее всего, прослушивался специальной службой МВД (2-е спец-бюро МВД), его почему-то не тревожило. Хрущев и Москаленко не были обеспокоены также и тем, что их телефонные разговоры могут контролироваться той же службой.
Булганин посоветовал Москаленко усилить группу, но отверг предложенную кандидатуру маршала Василевского. Было решено привлечь к операции маршала Жукова — первого заместителя министра обороны, но «пистолета ему не давать». Георгий Константинович был самым решительным и популярным военачальником в стране, что давало операции больше шансов на успех, если бы возникли осложнения — офицеры Главного управления охраны МВД могли оказать сопротивление.
26-го, около одиннадцати часов, группа Москаленко въехала в Кремль в машине Булганина. На другой машине приехал Георгий Константинович вместе с генералами Митрофаном Неделиным — командующий артиллерией Советской армии, Андреем Гетманом — начальник штаба бронетанковых и механизированных войск, Леонидом Брежневым и Михаилом Прониным — заместители начальника Главного политуправления Вооруженных сил.
Далее версия Москаленко выглядит так. В приемную председателя Совета министров, где собрались военные, вышли из кабинета Маленкова он сам, Булганин, Молотов и Хрущев. Они проинформировали военных о преступном поведении Берии. Условились, что по сигналу Дмитрия Суханова — помощника Маленкова военные входят в кабинет и арестовывают министра внутренних дел.
Заседание началось в 12 часов дня, а около 13 часов Суханов, получив условленный электрический звонок от Маленкова, дал знать об этом генералам. По команде председателя Совмина: «Именем советского закона арестовать Берию!» Москаленко направил на министра пистолет и приказал ему поднять руки, а Жуков обыскал растерявшегося Лаврентия Павловича…
Однако следует отметить, что ясности нет даже по времени начала заседания. Есть свидетельства, что оно началось не в 12.00, а в 14.00 — это время назвал, в частности, Хрущев в своей речи на июльском пленуме ЦК. Молотов вспоминал, что заседание продолжалось два с половиной часа… О конкретном содержании разговора, позиции тех или иных членов высшего партийного органа практически ничего неизвестно. С некоторой степенью достоверности можно лишь утверждать, что Микоян пытался спасти Берию, предложив компромиссное решение назначить его министром нефтяной промышленности, освободив от должности первого заместителя председателя Совмина.
Не все до конца ясно и с позицией самого главы правительства. Знакомство с документами приводит к неожиданному выводу: еще утром 26 июня Маленков, возможно, намеревался сохранить жизнь своему бывшему соратнику. В Архиве Президента России имеется черновая запись наброска его выступления на заседании Президиума ЦК, написанная 25 или 26 июня. Пункт 56 гласил: «От поста зама [председателя Совета министров СССР] — освободить назнач[ить] мин[истром] нефт[яной] промышленности]…».
Информация о последних днях Берии на свободе также весьма противоречива. По одним свидетельствам, в третьей декаде июня он был в Москве, по другим — в ГДР и вернулся в Москву только 25-го или даже утром 26-го.