В восстановлении картины событий не прибавляют ясности и воспоминания маршала Жукова, оставившего потомкам две версии июньского ареста. По одной из них 25 июня его пригласил секретарь ЦК Хрущев и в присутствии Маленкова обратился с предложением арестовать Берию; тогда же было решено привлечь к операции Москаленко и Батицкого. По другой версии поручение арестовать Берию Жуков получил 26 июня, буквально за несколько часов до заседания Президиума Совмина, в кабинете главы правительства, куда его привез министр обороны Булганин. В присутствии Хрущева, Микояна, Молотова и других членов Президиума Маленков поручил Георгию Константиновичу осуществить арест Берии, который, дескать, стремится захватить власть в стране. Жуков действовал вместе с Батицким, Москаленко и Неделиным, а Серов нейтрализовывал охрану Берии. В кабинет Маленкова, где проходило заседание, они были вызваны в первом часу дня — спустя час после его начала — по звонку. Жуков лихо скрутил Берию и отвел в соседнюю комнату, где его продержали до 22-х часов, а затем, замотав в ковер, вывезли на машине в бункер Московского военного округа.
Что происходило в кабинете Маленкова с 12 до 13 часов, точно неизвестно. После ареста Берии в его портфеле нашли листок бумаги, где красным карандашом несколько раз было написано слово «Тревога». Наверное, после начала заседания он понял, что его соратники что-то замышляют, и хотел предупредить охрану. Но, думается, вряд ли кто бы сумел ему помешать внезапно встать и выбежать из кабинета в приемную, где его ждала верная личная охрана. В этом случае дальнейший ход событий был бы непредсказуем…
Есть много других неясностей. Днем 27 июня на гауптвахту Московского гарнизона, где первоначально разместили Берию, приехали оба его первых заместителя — Круглов и Серов, которые, сославшись на указание Хрущева и Маленкова, хотели совместно с Москаленко начать следствие. Чтобы убедиться в полномочиях генералов МВД, Кирилл Семенович позвонил в Большой театр, где члены Президиума ЦК присутствовали на премьере «Декабристов». Маленков приказал Москаленко вместе с представителями МВД приехать в театр, где в антракте прошло импровизированное совещание членов Президиума. Решили, что следствие будет вести новый Генеральный прокурор в присутствии Москаленко. Берию, на всякий случай, перевели в бункер во дворе штаба МВО.
Действовали генералы МВД по своей инициативе или кто-то направлял их к Берии — неизвестно. Кстати, Круглов вскоре стал министром внутренних дел, а Серов — председателем КГБ при Совете министров СССР.
Уже после распада Союза появилась принципиально иная версия событий, выдвинутая сыном Берии. Серго Лаврентьевич заявил, что его отец был убит 26 июня в своем одноэтажном особняке на улице Качалова (Малой Никитской). По утверждению сына, Лаврентий Павлович ездил в Кремль, но заседание почему-то не состоялось, он вернулся домой обедать. Там, в кабинете, его и застрелили какие-то люди в военной форме, а труп вынесли на закрытых брезентом носилках. Сын Берии утверждал, что два высокопоставленных партийных деятеля, являвшихся членами суда — председатель ВЦСПС Н. Шверник и первый секретарь Московского обкома КПСС Н. Михайлов — признались ему, что после июня 53-го не видели его отца живым.
Автор ряда книг об отечественной истории Николай Зенькович приводит в подтверждение рассказа Серго Берии воспоминания офицера госбезопасности Сергея Красикова, который 26 июня дежурил у Спасских ворот. Тот утверждал, что днем через эти ворота Кремль покинула машина Хрущева, в салоне которой помимо Никиты Сергеевича находились мирно беседующие Берия, Булганин и Маленков. По указанию Серова Красиков остановил машину с личной охраной Берии, и первый заместитель министра внутренних дел приказал ей вернуться в ГОН (гараж особого назначения). Машины с охранниками других советских руководителей беспрепятственно проехали за машиной Хрущева. Возможно, четвертка направилась обедать к Берии… Про остальное рассказал его сын.
В середине 90-х годов в одном еженедельнике было опубликовано интервью с неким доктором технических наук, который молодым человеком в июне 53-го проходил подготовку в спецшколе МВД под Москвой и был привлечен к операции по нейтрализации Берии, якобы готовившего антиправительственный переворот. Спецгруппа МВД застрелила Лаврентия Павловича 26 июня в его особняке, собранные там документы оказались в распоряжении Круглова.