Его отплытие оплакивали остальные люди, прибывшие вместе с Пернатым Змеем и оставшиеся верными ему. Но когда он взошел на свой «плот из змей» (возможно, аллегорическое описание тростникового плота или лодки, имеющих извилистую, волнистую структуру из-за содержащихся в их составе волокон и плетей тростника), то пообещал, что когда-нибудь либо он, либо кто-то из его потомков вернется, чтобы править этой страной. Поэтому оставшиеся здесь его люди должны сохранять в нерушимости все, что он здесь успел сделать, вплоть до его возвращения. Сказав это, он отплыл прочь, пересекая в обратном направлении то море, которое до этого переплыл, чтобы достичь Мексики. Пернатый Змей держал курс обратно на свою родину — «Толлан» («Красную и Черную Землю»), или «Ацтлан» — «Белый Остров».
Одной из немногих древних поэм ацтеков, которой удалось избежать уничтожения во время ведущейся христианскими испанскими миссионерами и духовными властями борьбы с языческими пережитками индейцев и древней индейской культурой, является «Пророк». В этой поэме приводится одно из наиболее четких описаний Пернатого Змея: «Смотри, какая чрезвычайно длинная у него борода. Желтая, как солома, его борода». Портрет Пернатого Змея на камне находится на стене напоминающего зиккурат Храма Кукулькана в Чечен-Итца. Его окружают изображения нескольких других голов с ясно выделяющимися остроконечными бородами, черты лиц которых не являются индейскими. На настенных росписях в местечке Какцтла представлено рождение Пернатого Змея из раковины — символа моря. Во многих других случаях он изображен носящим эту раковину на шее. Эта раковина, которую называли «Драгоценность Ветра», символизировала ураган, который предшествовал прибытию Пернатого Змея. Это нагрудное украшение — одно из многих примеров, указывающих на связь Пернатого Змея с Атлантидой, но при этом далеко не единственное.
Например, Теухтиль, первый высокопоставленный ацтекский вельможа, которого Монтесума послал встретить прибывших испанцев, заявил Эрнану Кортесу, что его шлем, сделанный из блестящего металла, неизвестного ацтекам, напомнил Теухтилю тот шлем Кецалькоатля, который красочно описывается в устных преданиях. При этом, обращаясь к Кортесу и к его людям, ацтеки именовали каждого «Калион» — по имени одного из главных героев южноамериканских легенд о Потопе. Представляется, что само это имя — «Калион» — не что иное, как переделанное «Девкалион», то есть имя героя самого известного древнегреческого мифа о Потопе. После того как люди были истреблены страшным наводнением, залившим по воле Зевса все горы и равнины, спастись удалось только родному сыну Прометея Девкалиону и его жене Пирре. Они девять дней носились по волнам в деревянном ящике и после того, как спали воды, остановились на горе Парнасе. Девкалион и Пирра явились родоначальниками нового поколения людей — эллинов, названных так по имени их сына Эллина. Родным же дядей Девкалиона был не кто иной, как титан Атлант.
Платон говорит о том, что правителями Атлантиды были пять пар близнецов мужского пола. По аналогии с этим, у Кецалькоатля имелся брат-близнец Ксолотль, в связи с чем одним из официальных титулов самого Кецалькоатля было «Драгоценный Близнец». Подобно Атланту, Пернатый Змей был изобретателем и покровителем астрологии, и их обоих изображали в виде антропоморфических фигур, поддерживающих небесный свод. Однако сходство на этом не заканчивается. Семь дочерей Атланта, Плеяды, превратились после своей смерти в звезды. Кецалькоатля изображали с церемониальным жезлом, в который было вделано семь драгоценных камней, символически изображавших звезды из созвездия Плеяд — созвездия, которое чрезвычайно почиталось во всей доколумбовой Америке. При этом про самого Кецалькоатля говорили, что он происходит из «Мичатлаухко», то есть «Рыбных Глубин» — так иносказательно назывался Атлантический океан. И даже сами названия «Мичатлаухко» (особенно если читать «Мич-атлау-хко») и «Атлантический» («Атла-нтический») настолько фонетически близки, что это предполагает происхождение из какого-то общего источника.
Остров, на котором родился Кецалькоатль, иногда называли «Тлапаллан». Историк Генри Брандач считал, что «Тлапаллан» — это название, обозначающее реальное географическое местоположение где-то на востоке. И действительно, в одной из своих инкарнаций («иксиптла»), где он выступал под именем «Иохуалли Эцекатль», Пернатый Змей вел отряд первых переселенцев в Центральную Америку с востока. Когда же, покинув Мексику, он поплыл обратно домой, то сначала двинулся в восточном направлении через залив Кампече, а затем взял курс на «Тлапаллан», чье имя также созвучно названию Атлантического океана: «Тлапаллан» — «Атлантический».