При царе Федоре Алексеевиче (правил в 1676-1682 годах) в стиле русского узорочья к 1676 году был выстроен каменный храм Рождества Христова с приделами Казанской иконы Божией Матери и святителя Николая Чудотворца. Храм этот был построен в слободе, где обосновались крестьяне-переселенцы, радует глаз москвичей и сегодня.
Вообще же при Федоре Алексеевиче Измайлово теряет значение экспериментальной площадки по внедрению лучших достижений аграрной науки, все больше превращаясь в исключительно загородную, летнюю резиденцию. Но все же наследство, оставленное Алексеем Михайловичем, было огромно, о чем свидетельствует перепись того времени: «Рощи 115 десятин. Рощи, числом 5, заповедные. Роща цапельная, где жили цапли. Зверинец. Плодовые сады, числом 32, аптекарские огороды. Регулярный сад. Виноградный сад. Волчий двор. Житный двор в 20 житниц. Льняной двор для мятия льну. Скотный двор, в нем 903 быка, 128 коров, 190 телиц и 82 тельца, 82 барана, 284 свиньи. Конюший двор, в нем 701 иноходец, кони, кобылы и мерины. Воловий двор. Виноградная мельница. Пивоварня, медоварня, солодовня, маслобойня. Птичий двор, в нем лебеди, павлины, утки и охотничьи куры многих родов. На мукомольне 7 мельниц. Стеклянный завод... Церквей каменных 3, деревянных 2, дворов поповых 5 и 11 причетников. Воксал для блистательных представлений. Мост, мощенный дубовыми брусьями. 27 прудов, в одном щуки, в другом стерляди, каковым щукам царевны вешали золотые сережки и кликали в серебряные колокольчики.»
Не ослабло внимание царской власти к Измайлову и с началом периода регентства царевны Софьи при двух малолетних царях - Петре I и Иване V, которое длилось с 1682 по 1689 год. Внимание это выразилось в перестройке тщанием Софьи в 1688 году домовой церкви Иоасафа царевича Индийского. Эта церковь была известна тем, что под ее сводами в 1680 году сам Симеон Полоцкий читал свои вирши внимающим ему царю Федору Алексеевичу и его семье. При Софье церковь получила законченный облик в стиле нарышкинского барокко, став одним из первых образцов этого чисто московского стиля. Перестройкой двухъярусного храма руководил Василий Голицын, фаворит царевны, повелевшей соединить храм со своими хоромами специальным переходом. Была здесь и колокольня. Интересно, что, согласно легенде, после подавления Стрелецкого бунта Петр I поначалу приказал держать Софью именно в так любимом ею Измайлове, а уже потом ее перевели в Новодевичий монастырь. Храм Иоасафа снесли в 1936-1937 годах.
Любопытные заметки о жизни Измайлова при Софье оставил парусный мастер, голландец Ян Стрейс: «19 января 1669 г. мы поехали в деревню на расстоянии полумили от Москвы.
Там жила сестра его царского величества в огромном дворце, выстроенном из одного только дерева, однако весьма красиво и на чужеземный лад. При дворце было обширное место для боя зверей, и нам посчастливилось увидеть травлю медведей и волков, на которую приехали в санях его величество и высшее дворянство. Место это было огорожено большими бревнами, так что зрителям, которых было несчетное множество, удобнее было наблюдать стоя. Перед травлей мы увидели около двухсот волков и медведей рядом с огромной сворой собак. Диких зверей привозили в прочных клетках на санях. Его величество и знать стояли на галерее дворца, чтобы следить за зрелищем. По знаку выпустили нескольких волков и медведей, на них бросились собаки, и началась свалка; одни падали мертвыми, другие ранеными. Среди зверей находились московиты, направляли их и отводили тех, кто долго грызся, обратно в клетку. И свирепые звери, только что ужасно бесновавшиеся, позволяли вести себя, как ягнята». Осиротевшее после падения царской сестры Измайлово ненадолго перешло к брату Петра и его соправителю Ивану V. Иностранец Иржи Давид писал: «Измайлово, в миле от Москвы, из-за близости зеленых рощ очень удобное место для отдыха. Здесь есть стекольный завод, где немцы производят стекло для нужд царского двора. Царский дворец и здесь деревянный, а рядом каменная церковь, которую нынче царь Иван восстанавливает. Есть сад, большой и хорошо ухоженный».
После скорой смерти Ивана Алексеевича в 1696 году Измайлово отошло его вдове Прасковье Федоровне с тремя дочерьми. Здесь в Измайлове и прошли юные годы племянницы Петра I и будущей императрицы Анны Иоанновны, младшей из трех дочерей Ивана V. А сестра ее - Екатерина была матерью Анны Леопольдовны, являвшейся регентшей при малолетнем Иоанне Антоновиче (Иване VI), процарствовавшем на престоле всего лишь год, с октября 1740-го по ноябрь 1741 года.
Петр I в иноземном наряде перед матерью своей царицей Натальей, патриархом Андрианом и учителем Зотовым.
Фрагмент картины худ. Н.В. Неврева, 1903