Николай I утвердил проект богадельни: «Государь Император Высочайше повелеть соизволил: остров, на котором существует в с. Измайлове, Московской Губернии, бывшие Дворцовые строения, кои по Высочайше утвержденному 26 ноября 1838 года проекту, об устройстве в том Селе Военной Богадельни, предназначены под помещение квартир и хозяйственных заведений сей Богадельни, передать в военное ведомство. Имею честь покорнейше просить, приказать означенный остров передать в ведение Строительного комитета I округа корпуса инженеров Военных поселений. Военный Министр Граф Чернышев».
Создать проект богадельни государь поручил зодчему Константину Тону, наиболее точно воплотившему в своих произведениях идеологическую триаду николаевского царствования -«православие, самодержавие, народность». А потому уже существовавший на Измайловском острове Покровский храм пришелся очень кстати, став, по задумке Тона, центральной частью будущей богадельни. Хотя не все остались довольны его проектом, упрекнув в слишком вольном обращении с древним зданием храма. Дело в том, что Тон задумал разобрать его северное и южное крыльцо, чтобы соединить храм со вновь спроектированными корпусами богадельни, стилизованными под XVII век, время Алексея Михайловича. Зато такой проект обрадовал главного заказчика - Николая I: старые и больные ветераны могли ходить на церковную службу, не покидая богадельни. А Покровский собор, таким образом, становился ее домовой церковью.
Перед тем как начать строительство, с острова отселили местных жителей, которым за их дома было заплачено в среднем по сто рублей. Объявили торги на поставку «рабочих людей и материалов, потребных для построения в Селе Измайлове Военной Богадельни». Причем крепостных рабочих покупали так же, как и кирпичи, - скопом.
Николай I. Худ. Ф. Крюгер, 1852
Строили Измайловскую богадельню довольно долго - с течением времени число ветеранов все увеличивалось, а потому и строительные работы не прекращались. Но первый этап работ был все же закончен к 1849 году. Кроме того, помимо строительства трех новых трехэтажных корпусов, отреставрировали сам Покровский собор, храм Иоасафа, Мостовую башню, Передние и Задние ворота Государева двора, палату, где хранился ботик Петра, построили новый мост.
Николай I весьма тщательно следил за постройкой богадельни, интересовался, как идут работы. 12 апреля 1849 года он сам приехал в Измайлово по случаю освящения обновленного Покровского собора, сопровождаемый великим князем Михаилом Павловичем и архитектором Тоном. Царь все очень придирчиво осмотрел, как будто ему самому предстояло здесь жить.
Так, ревизуя корпуса богадельни, Николай заметил, что лестницы с этажа на этаж слишком неудобны для будущих жильцов, людей немолодых и нездоровых, а потому на межлестничных переходах следует установить скамейки, а вдоль самих лестниц - деревянные поручни. Заботясь о ветеранах, государь велел сделать на этажах по восемь умывальников с пятью кранами в каждом (водопровод к тому времени уже провели). Самое интересное, что эти «николаевские» умывальники сохранились до нашего времени!
Царь приказал исправить обнаруженные им недостатки, велев не ломать, а сохранить старую стену Государева двора. Также он распорядился разбить сад перед въездом в богадельню, внутри провести дорогу, а вдоль нее - устроить огороды.
В соответствии с «Временным уставом Измайловской военной богадельни» 1850 года было объявлено, что «Измайловская Военная Богадельня учреждается для призрения отставных офицеров и нижних чинов, не могущих за старостью лет, болезнями или увечьями, снискивать себе пропитание трудами», что «Военная Богадельня помещается в здании, которое возведено для нее близ Москвы, в селе Измайловском» и так далее.
Устанавливалось и первоначальное число призреваемых - 10 офицеров и 100 нижних чинов. Таковых и было к ее открытию, однако уже к 1852 году количество нижних чинов выросло вдвое, а к 1870 году - вчетверо. Многие из жителей богадельни здесь же и работали -дворниками, истопниками, садовниками и тому подобное. Здесь было немало и старых отставников, в том числе не ходячих и слепых участников Отечественной и Кавказской войн, Георгиевских кавалеров. Каждый солдат, отслуживший положенный срок - 25, а позднее и 20 лет, и желающий поступить в богадельню, мог прийти с документами к директору и после освидетельствования врача и запроса в Главное военно-медицинское управление его принимали под «призрение».