«В высшей школе, как и во всем обществе, идет классовая борьба, усиливающаяся и углубляющаяся... Классовые интересы, враждебные пролетариату, пытаются опереться на авторитет университетских кафедр, закрепиться на этих позициях и от обороны перейти иной раз даже в нападение. Проповедь кулацкой, поповской и народнической мелкобуржуазной идеологии должна быть решительно устранена из стен высшей советской школы». Вышинский руководил университетом до 1928 года.
До 1933 года система организации обучения в университете переживала разнообразные изменения - так, например, факультеты были реорганизованы в отделения, многие из них были выведены из состава университета с образованием в дальнейшем на их основе самостоятельных вузов. Система факультетов была восстановлена лишь к середине 1930-х годов. В 1932-1937 годах университет носил имя историка-марксиста М.Н. Покровского.
В 1941 году университет был эвакуирован в Среднюю Азию. Однако и на этот раз не обошлось без осложнений. Ректор Алексей Сергеевич Бутягин (1939-1941) выехал из Москвы еще до того, как было назначено новое место дислокации университета. Возглавляемая им группа профессоров почему-то устремилась в Ташкент еще 14 октября 1941 года (основная паника в Москве пришлась на 16-е число), и уже там они узнали, что местом их назначения был определен Ашхабад. Эвакуация была больше похожа на бегство. Профессора утверждали, что Ашхабад совершенно не годится для развертывания там деятельности МГУ, но им все же пришлось туда переехать из Ташкента. А Бутягина сняли с работы. Многие студенты и преподаватели добровольцами ушли на фронт.
Немалый урон нанесла зданию бомбардировка 29 октября 1941 года. Это был тот знаменитый налет, во время которого был поврежден памятник Ломоносову во дворе «нового» здания университета - его снесло с постамента взрывом фугаса. В здании были выбиты окна, двери, разрушена крыша, разбиты мраморные подоконники, повсюду валялись куски чугунной решетки из двора университета. Разрушения и завалы были велики.
Вид с крыши университета на Манежную площадь, конец 1930-х годов
Все эти непростые годы университет оберегала его небесная покровительница - святая Татиана Римская, принявшая мученическую смерть за христианскую веру 12 января 226 года. В этот день в 1755 году и был основан университет, сегодня это праздник - День российского студенчества (по новому стилю 25 января). Храм Святой мученицы Татианы расположен по адресу Моховая улица, 9. История этого красивого здания с колоннами длится уже более двух веков. Чего здесь только не было! И аптека, и манеж для верховой езды, и театр, и храм, потом опять театр и, наконец, вновь храм, существующий в этих много повидавших стенах и по сию пору.
Но обо всем по порядку. В конце XVIII века здание, известное как аптекарский флигель, перешло в собственность А.И. Пашкова, устроившего здесь манеж. Добавим, что переходя от одного хозяина к другому, дом переживал и частые перестройки, устраиваемые по вкусу нового владельца и архитектора, к которому он обращался. После Василия Баженова в начале 1830-х годов привести флигель в соответствие требованиям времени и заказчика,т. е. университета, взялся уже другой известный нам архитектор - Евграф Тюрин. По его проекту и получила свое окончательное архитектурное воплощение церковь Святой мученицы Татианы (прежде домовой храм университета располагался в левой части старого здания).
Фасад церкви украшен изящной полуротондой, которая выполняет роль связующего звена всей архитектурной композиции Манежной площади, и классической простотой своих дорических колонн указывает на предназначение здания. Архитектурными приемами (одинаковая высота, угловые закругления, сходство ордера и лепнины) зодчий объединил эту постройку с угловой частью соседнего старого здания университета, создав парадный въезд на Большую Никитскую улицу, в сердце московского Латинского квартала.
Интерьер храма, украшенный скульптурами работы И.П. Витали, также производил большое впечатление.
В 1908 году церковь была обновлена, отреставрирован иконостас. В 1913 году на храме установили деревянный четырехконечный крест, а на фронтоне поместили надпись: «Свет Христов просвещает всех», исполненную древнеславянской вязью (старая гласила: «Приступите к Нему и просветитеся»).