Бакунин был заключен в Алексеевский равелин 11 мая и предоставлен самому себе. Никакими допросами его не беспокоили, очевидно, в силу соображений психологических: пусть осмотрится и одумается. К тому же императора Николая не было в Петербурге. Из своей высокодипломатической поездки он вернулся только 1 июня. Когда 25 июня III Отделение поднесло Николаю доклад о награждении жандармского полковника Распопова, царь вспомнил о Бакунине и написал на докладе: «Согласен (разумеется, на награду); пора приступить к допросу Бакунина». По поводу исполнения резолюции сохранилась в деле следующая записка генерала Дубельта: «Генерал-адъютант граф Орлов изволил сказать, что допрос Бакунину, согласно Высочайшему повелению, по получении показаний, данных им в Австрии, Его Сиятельство сделает сам».
Только в конце июля были наконец получены документы по судному делу о Михаиле Бакунине: рапорт австрийского аудитора майора Франца военному суду от 15 мая 1851 года, протокол и приговор военного суда от того же числа и копии двух писем Бакунина к его сообщникам. Пачка присланных из Австрии документов была довольно объемиста, и Николай не стал утруждать себя их чтением, и, отсылая их графу Орлову 28 июля, надписал на препроводительной бумаге князя Шварценберга: «Вели сделать мне подробную выписку». Выписка была немедленно сделана, и 1 августа Николай «изволил ее читать».
Бакунину придавалось значение совершенно исключительное; свора III Отделения и генерал Дубельт, правая рука Орлова, не смели коснуться до его дела. Сам граф должен был допросить Бакунина. Между человеком, сидевшим на российском троне, и человеком, заключенным в равелине, был только один посредник: неизменный спутник императора Николая во всех его путешествиях, комендант императорской главной квартиры, шеф жандармов и главный начальник III Отделения генерал-адъютант граф Алексей Федорович Орлов. Орлов был верный слуга своему государю. Интимность их отношений началась с 14 декабря 1825 года, когда Орлов, командуя лейб-гвардии конным полком и 1-й бригадой гв[ардейской] кирасирской дивизии, проявил особенную энергию в подавлении революции, поднятой декабристами. Он показал пример твердости, решительности и храбрости. За услуги на Сенатской площади Николай 25 декабря возвел Орлова в графское достоинство. При следствии над декабристами, которое вел сам Николай Павлович, новоиспеченный граф был ревностным ему помощником. По смерти графа Бенкендорфа Орлов занял его место и стал самым приближенным к Николаю лицом. Николай любил его, как верного слугу и друга, как ближайшего и ревностного сотрудника «во всех случаях, где польза государственная требовала точного исполнения его благих видов и предначертаний». Граф Орлов не проявлял своей инициативы и был только самым точным исполнителем воли своего господина [Вел. кн. Николай Михайлович. Генерал-адъютанты императора Александра I. СПб., 1913. с. 172]. Совершенно ясно, что линию поведения в русском процессе Бакунина определял сам Николай, а Орлов только выполнял его указания.
Что было делать с Бакуниным? Бакунин – фигура слишком яркая и выпиравшая из всяких рамок условности. Кем он был в глазах Николая? Пред лицом закона Бакунин был преступник, осужденный в 1844 году за невозвращение по вызову правительства в Россию к лишению чина и дворянства и к ссылке в каторжную работу. Следуя букве закона, правительство должно было бы обратить его в каторжную работу, но такой конец был бы тривиален – с Бакуниным стоило заняться повнимательнее.