Весной 1919 года флотилию посетил Л.Д. Троцкий. Выступая 12 апреля перед матросами в Нижнем Новгороде, он вспомнил об их геройстве при взятии Казани, назвав еще раз «красой и гордостью революции», но тут же напомнил, как о существовавших в 1918 году сомнениях в матросской боеспособности, так и о засоренности матросских отрядов «шкурниками» и другим «позорным элементом». Основания для такой оценки у Л.Д. Троцкого имелись, поскольку сразу после успешного штурма Казани, матросы массово занялись грабежом местного монастыря, хватая все, от серебряных окладов икон до бочек с вином.
Как бы то ни было, но к открытию навигации Волжская военная флотилия находилась в полной боевой готовности.
Весной 1919 года адмирал А.В. Колчак должен был соединиться своим правым флангом с войсками интервентов и белогвардейцев в районе Котласа. Центральная группа его войск должна была подойти к Волге у Саратова, где соединиться с войсками генерала А.И. Деникина, наступавшими с юга. 6 марта войска адмирала Колчака начали наступление. Прорвав фронт красных в районе Бирска, они 13 марта захватили Уфу. В апреле колчаковцы заняли Белебей, Бугульму, создав угрозу Симбирск и Самару. Севернее, в районе Камы, колчаковцы находились уже западнее Чистополя и устья реки Вятки. Над Советской Россией вновь нависла серьезная опасность. Главным фронтом стал Восточный.
Что касается речных сил, то к началу 1919 года на Волге у белых серьезной флотилии уже не было. Немногие оставшиеся у них вооруженные пароходы уже никак не могли противостоять пришедшему с Балтики дивизиону эскадренных миноносцев. Да и симпатии большинства волжан тоже были не на стороне белых. Лейтенант Г. Мейрер впоследствии в своей книге воспоминаний о войне на Волге так написал об отношении волжан к белым: «…Юнкера и Кадеты Вольского корпуса, конечно, все как один изъявили желание воевать, но по малолетству большинство было оставлено с матерями. …Собралась довольно большая толпа сызранцев, к которым… мичман М. обратился с призывом, присоединиться к Народной Армии, и, общими усилиями, сбросить с России красное иго. Недоверчиво смотрела на молодого офицера немая толпа. Тупые лица как будто хотели сказать: «Пой, пой, малец, но нас не проведешь! Еще неизвестно, чья сторона возьмет верх». Когда толпа разошлась, подошли двое или трое из молодых и, оглядываясь и, как будто стыдясь, попросились записаться в армию. Вот и все… Удивляться, что мы проиграли Гражданскую войну, не приходится. Наша покорность – вот что помогало большевика». Из воспоминаний лейтенанта Г. Мейера ясно одно – былым в Сызрани, как и в других приволжских городах, симпатизировали немногие.
В мае-июне 1919 года Волжская флотилия активно участвовала в Сарапуло-Воткинская операции против сил колчаковской Сибирской армии, с целью занятия Ижевско-Воткинского промышленного района. При этом флотилия взаимодействовала с частями 2-й и 5-й армий, державших оборону от устья реки Вятка до реки Кильмезь, прикрывая казанское направлении. Когда 24 мая 28-я стрелковая дивизия В.М. Азина переправилась на левый берег реки Вятка, заняв плацдарм на берегу, Волжская флотилия, несмотря на неудачу организовать обстрел Елабуги, обеспечила успешную переправу остальных войск 2-й армии.
Затем та же 28-я дивизия, совместно с десантным отрядом флотилии, заняла Елабугу, продвинувшись далеко на восток, а потом, опять же, совместно с флотилией, отразила удары колчаковцев на Сарапул. В ответ белая Камская флотилия обстреливала красные части под Сарапулом, потеряв при этом судно «Страшный». В ходе боевых действий матросы Волжской флотилии захватили у белых баржу с хлебом в селе Камбарки в 16 верстах ниже Сарапаула. Много хлеба было обнаружено матросами в мучных складах села Азякуль, конфискованный хлеб сразу же отправили в тыл. В целом, в ходе операции Северной группы Восточного фронта, был сорван план Колчака, на соединение с англичанами на Севере‚ нанесено поражение 3-му и 4-му корпусам Сибирской армии и занят важный Ижевско-Воткинский военно- промышленный район.
В течение всей компании 1919 года Волжская военная флотилия продолжала применять наработанные в ходе кампании 1918 года тактические приемы. Основное отличие от предыдущего периода состояло лишь в том, что флотилия начала активно проводить ночные бои, а основным противником теперь являлись уже не суда противника, а сухопутные войска. Но, несмотря на все достигнутые успехи и наличие в составе флотилии собственных гидросамолетов, слабым местом моряков оставалась разведка. Неоднократно на протяжении всей кампании, флотилия страдала от нехватки сведений о местоположении противника. Результатом этого явились необоснованные потери, как в личном составе, так и в судах.