После разгона демонстрации матросы и чекисты начали арестовывать рабочих по всему городу и расстреливать их в комендатурах и на пароходах. Расстрелянных свозили ночами на кладбище, где грудами сваливали под видом «тифозных». Среди прочих особенно выделялся пароход «Гоголь», команда которого только за одну ночь убила и сбросила за борт около 180 человек. Через несколько дней волна расстрелов перекинулась и на астраханских «буржуев». Развязанный террор начал стихать только к концу апреля. В это время в Астрахани не осталось ни одного дома, которого бы не коснулась волна репрессий. Улицы города стали безлюдны. Советская историография ход событий, изложенный С.П. Мельгуновым (и во многом справедливо), отрицает. В ней, например, можно встретить следующее утверждение: «В марте белогвардейцы подняли в городе мятеж, попытавшись захватить боевые корабли, но военные моряки подавили его». В других советских источниках «морской характер» событий особо не высвечивается, хотя и признается (матросы «особенно отличились»), что в подавлении мятежа «военморы были ударной силой». Подобную оценку, видимо, следует признать в основном верной, с точки зрения именно роли матросов. Следует признать и героизм матросов, проявленный при подавлении мятежа, который обычно отмечали советские историки. При этом они, как правило, недооценивали роль матросских левоэкстремистских настроений, которые значительно увеличили число жертв. Не случайно астраханские события 1919 года начались именно со столкновения матросского караула с демонстрацией рабочих, стремящейся пройти в порт. Здесь в значительной степени проявилось непонимание матросами местных интересов, по сравнению с их собственными интересами «мировой революции». Именно так все происходило год назад в Баку, когда именно непонимание матросами местной ситуации, спровоцировало жуткую армяно-арзербайджанскую резню.
Что касается Астрахани, то матросы участвовали не только в подавлении демонстрации рабочих, но и в развязанном затем в городе терроре. В частности, важную роль в деятельности местной ЧК сыграли бывший комиссар Каспийской флотилии в Баку матрос П.Г.Ларионов и председатель Ревтрибунала флотилии и 11-й армии матрос Т.И. Ульянцев. В жестокости их приговоров просматривается стремление «отыграться» за трагедию 11-й армии, к которой Т.И. Ульянцев был сам непосредственно причастен, как один из основных комиссаров Северного Кавказа. То же стремление свести счеты просматривается и в отношении П.Г. Ларионова, который старался «реабилитироваться» за события 1918 года в Баку и за расстрелянных бакинских комиссаров.
Впрочем, рабочие так же, скорее всего, готовились не только митинговать. В подготовленных ими хранилищах матросами было найдено приготовленное оружие. Поэтому ряд историков считает, что в данном случае чекисты с матросами только сыграли на опережение, успев пресечь в самом зародыше хорошо организованный вооруженный мятеж. Именно узнав об обнаружении складов с оружием, С.М. Киров, якобы и издал свой печально знаменитый приказ: «Приказываю беспощадно уничтожать белогвардейскую сволочь, применяя все виды обороны, имеющиеся в нашем распоряжении».
Как бы то ни было, но в результате развязанного в городе и на флотилии террора, прибывшие с Балтики военные специалисты (из бывших офицеров) были деморализованы и запуганы до такой степени, что боялись вообще что- то предлагать, а не то, что делать. Кстати, вскоре в Астрахань прибыл, известный своими зверствами в Пятигорске чекист Г.А. Атарбеков, еще больше ухудшивший своими действиями ситуацию не только в городе, но и на флотилии. В ходе разбирательства чекисты, под руководством Г.А. Атарбекова, «изобличили» многих прибывших с Балтики бывших флотских офицеров. Увы, в Астрахани вменить им было особенно нечего, так как военспецы только туда прибыли. Поэтому они были обвинены в организации некого «кооператива морских офицеров» в Гельсингфорсе (!?), занимавшегося шпионажем, подлогами и другими мошенническими операциями, а также проводившего агитацию против Советского правительства. По этим обвинениям было арестовано и расстреляно 184 человека. Сколько из них было флотских офицеров, в точности неизвестно.
В результате этих «разборок», флотилия (переименованная в Волжско- Каспийскую), несмотря на самое пристальное внимание Москвы и лично В.И. Ленина, к началу весенне-летней кампании оказалась совершенно не боеготовой. Именно поэтому все попытки организовать операции на Северном Каспии потерпели неудачу, несмотря на подавляющий перевес морских сил (до передачи англичанами судов белым). А ведь из состава Балтийского флота в Астрахань были тогда дополнительно переведены эскадренные миноносцы «Украина», «Достойный» и «Сторожевой», сторожевые суда «Куница», «Выдра», «Горностай», «Ласка», «Хорек» и «Соболь», а также две подводные лодки. Ничего, даже близко похожего, белые на Каспии не имели!