Скоро Станюкович становится профессиональным литератором-журналистом. Он пишет пьесы и рассказы, публицистические статьи и очерки, создает романы "Без исхода", "Два брата", "Омут", в которых страстно обличает самодержавно-крепостнические порядки царской России. В 80-х годах писатель становится постоянным сотрудником, а потом и владельцем петербургского журнала "Дело" — издания "неблагонадежного направления". Начальник Главного управления по делам печати князь П. Вяземский требовал относиться к журналу "с особой строгостью и не дозволять к печати таких статей, в которых, хотя бы и с крайней осторожностью, проводятся вредные идеи социализма и атеизма или вообще противоправительственное направление" Однако Станюкович на страницах журнала затрагивал самые "больные" вопросы действительности, обличал реакционную журналистику и защищал передовые демократические идеалы 60-х годов. Полиция давно уже вела наблюдение за писателем. Департамент полиции характеризовал Станюковича как литератора, который "принадлежит к числу крайних радикалов и давно имеет связи с русской эмиграцией и революционными кружками внутри империи". Действительно, в Швейцарии писатель сблизился с русскими революционерами, жившими в эмиграции (С. М. Степняком-Кравчинским, В. И. Засулич, П. А. Кропоткиным и другими), привлекал их к участию в журнале "Дело".
В 1884 году Станюкович уезжает на юг Франции к больной дочери. На обратном пути он был арестован, препровожден в Петропавловскую крепость, а затем на три года сослан в Сибирь. "Все случилось одновременно, разом: арест, год в крепости, смерть дочери, ссылка, потеря любимого журнала, полное материальное разорение. Какие нужны были душевные силы, какая убежденность, какое мужество, чтобы выдержать этот удар, не опустить головы, не сдаться!" — писал автор рассказов "Морская душа" Леонид Соболев.
Однако и в ссылке Станюкович не потерял бодрости духа и начал большую и серьезную работу: стал активным сотрудником томской "Сибирской газеты". Здесь, в Томске, писатель создает свои рассказы о русских моряках, вошедшие впоследствии в цикл "Морских рассказов", принесших ему славу, неувядаемую с годами. Станюкович, на себе испытавший все тяготы военно-морской службы того времени, сумел создать новый тип морского рассказа. Это были правдивые картины жизни, без ложной романтики и приподнятости.
Удивительно, что все богатство впечатлений, полученных им в юности, воплотилось в замечательных произведениях лишь несколько десятков лет спустя (так же, как и "Вокруг света на "Коршуне"). Под талантливым пером писателя ожили во всей своей непосредственности картины флотской жизни. В цикл "Морских рассказов" вошли ставшие широко известными рассказы, такие, как "Максимка", "Нянька", "Побег", "Куцый", "Ужасный день", "Матросик", "В шторм" и многие другие. С беспощадной правдой изображает он жестоких самодуров, "грозных адмиралов", молодых офицеров-карьеристов и стяжателей, которые злобно избивают матросов. Страшен барон Беринг из рассказа "Куцый", хладнокровно и педантично издевающийся над матросами. "Всегда этот жесткий взгляд голубых бесстрастных глаз", приводивший в трепет все живое на корабле.
С большой художественной убедительностью показал Станюкович русского матроса. Это Чижик ("Нянька"), в котором ни ежедневные порки, ни вечный страх и бессмысленная флотская муштра не убили высоких нравственных качеств. Каким живым умом, отзывчивостью, какой трезвой рассудительностью, чуткостью и природной деликатностью обладает этот "грубый мужлан". Это Иван Лучкин ("Максимка") с его удивительной добротой и заботливостью. Русский матрос — неутомимый труженик, мужественный, волевой, правдивый. Он тверд и решителен в минуты опасности, нежен и добр к близким и слабым, справедлив и честен. Станюкович осмелился сказать во весь голос, что русский матрос — человек. Недаром большинство морских рассказов писателя были запрещены цензурой.