Литке описал Мотовский залив, Рыбачий полуостров, определил местоположение норвежской крепости Вардегуз, привязав тем самым к этому пункту выполненную опись, в которой из-за неблагоприятных погод и недостатка времени было много пропусков. Ее уточнением спустя три года пришлось заниматься другу Литке — лейтенанту Михаилу Францевичу Рейнеке.
В июле 1823 года Литке в третий раз появляется у берегов Новой Земли. Он спешит к северу и вскоре убеждается, что мыс, у которого он год назад был остановлен льдами, не является северной оконечностью острова. То не мыс Желания, а мыс Нассау. Но проникнуть к северу ему опять не удается. Льды снова преграждают путь экспедиции. Литке следует в Маточкин Шар. Он занимается описью его берегов, промерами глубин, наблюдениями за течениями и астрономически определяет западное и восточное устья пролива. Он хочет выйти в Карское море, но сплошной лед закрывает выход из Маточкина Шара.
Покончив с работами в проливе, Литке спускается к югу, по пути уточняя опись западного берега Южного острова Новой Земли. Вскоре он достигает Кусова Носа на южной оконечности острова. Дальше, насколько хватает глаз, простирается свободное от льда Карское море. Кажется, путешественникам представилась возможность исследовать восточный берег Новой Земли.
Литке в нерешительности. Он отдает себе отчет, что причиной безледности были устойчивые западные ветры и что с первым восточным ветром льды снова подвинутся к берегам Новой Земли. Федор Петрович стоит перед выбором — идти ли в Карское море или возвращаться в Архангельск. И тут обрушивается катастрофа, едва не окончившаяся гибелью экспедиции. Неожиданно бриг налетает на подводные камни. Сначала он ударяется носом, затем кормой. Удары следуют один за другим. Вышиблен руль, повреждена корма. На поверхности моря плавают обломки киля. Судно страшно трещит, и кажется, вот-вот оно разлетится на куски. Литке приказывает рубить мачту. Уже занесены топоры, но в это время огромная волна приподнимает бриг и он снимается с камней.
Хотя экспедиция избежала гибели, положение ее было чрезвычайно опасным. Дул сильный ветер и разводил большую волну. Приближалась ночь, а корабль, лишившийся руля, не имел возможности управляться. Благодаря самоотверженности и изобретательности команды руль удалось навесить. Но держался он весьма ненадежно, и Литке решил отказаться от продолжения работ. Бриг взял курс на Архангельск.
В конце августа бриг „Новая Земля“ вошел в устье Северной Двины и отдал якорь в Соломбале. Судно вытащили на берег для осмотра. Выяснилось, что повреждения очень серьезные: железные крепления в корме погнуты, медная обшивка изломана, а от киля почти ничего не осталось.
В Петербурге были весьма удовлетворены результатами работ Литке и решили в 1824 году развернуть исследования на севере в более широком масштабе. К экспедиции были приданы два новых отряда: одному из них, под командой штурмана Иванова, предписывалось закончить описание реки Печоры, другой, под начальством лейтенанта Демидова, имел задание произвести промеры глубин в Белом море.
Самому Литке предлагалось повторить попытку достичь северной оконечности Новой Земли и сделать покушение к северу между этими островами и Шпицбергеном для поисков неведомых земель. В этом году ледовые условия оказались более тяжелыми, чем в предыдущие плавания. Литке не смог подняться севернее мыса Нассау. Встретив здесь кромку сплоченных льдов, он направился вдоль нее на запад, надеясь найти проход к северу. Но вскоре экспедиция убедилась, что такого прохода не существует. Бриг взял курс на остров Вайгач. Попытка Литке проникнуть в Карское море не принесла успеха: восточное устье пролива Карские Ворота оказалось забитым льдами. Выполняя инструкцию, он направился к острову Колгуев и Канинскому берегу и, проведя там исследовательские работы, возвратился в Архангельск.
Литке был подавлен неудачей своего четвертого плавания. Он писал Крузенштерну: