В июле Хорнеман попал в Париж. В течение десяти дней, проведенных во французской столице, он познакомился со многими учеными и установил контакт с консулами, служившими в Северной Африке. Наиболее полезным оказалось знакомство с турком из Триполи — Мухаммедом Д’Гисом, который был одним из влиятельнейших людей и, что особенно важно при данных обстоятельствах, сам много путешествовал. Он готов был оказать всяческое содействие европейскому исследователю. Мухаммед советовал Фридриху ехать не в Каир, а сразу в Триполи, так как оттуда легче пробираться в глубь Африки. Однако Хорнеман не мог по собственному усмотрению менять заданный маршрут и попросил снабдить его рекомендациями в Каир. «Я полагаю, — писал он Бэнксу 12 июля 1797 года, — что весьма полезно быть представленным мусульманам через их соотечественника». Перед отъездом Мухаммед вручил Фридриху письмо к своему каирскому другу, который был знаком со многими купцами из внутренних областей Африки.
31 августа Хорнеман был уже на Кипре; через две недели — в Александрии. Там его встретил британский генеральный консул и препоручил поверенному в делах в Каире. По прибытии в начале октября в столицу Египта Фридрих сразу же занялся совершенствованием своих познаний в арабском языке. Через две недели он направляет обществу отчет о пребывании в Каире. Ответ приносит новость особой важности. Парк открыл Джолибу, или Великий Нигер, и обследовал реку на протяжении двухсот миль. Однако он не достиг Томбукту, до которого «оставалось еще четырнадцать дней пути; возможно, это бы ему удалось, переоденься он мусульманином», — сообщал Бэнкс.
Идея отправиться в путь в мусульманском платье пришлась Хорнеману по душе. Такая затея находит ревностного сторонника в лице Иозефа Френденбурга, с которым Фридрих случайно познакомился в Каире. Этот уроженец Кёльна при обстоятельствах, оставшихся неизвестными, был вынужден десять лет тому назад принять мусульманство и поселиться в Египте. Свободно владевший арабским и турецким языками, хорошо принятый в местных мусульманских кругах, он был своего рода находкой и мог оказаться весьма полезным для Хорнемана в его странствиях. Фридрих предложил Френденбургу отправиться вместе в Мурзук.
Принялись за обсуждение возможных вариантов путешествия. Вначале мысль о переодевании показалась слишком дерзкой. Но по зрелом размышлении пришли к выводу, что в Каире много мамлюков и население привыкло к виду светлокожих мусульман. Хорнеман еще не говорил правильно по-арабски, но побывавшие в Мекке встречали там верных сынов пророка, которые также не владели свободно этим языком. И последние сомнения отпали.
Весной 1798 года Хорнеман установил контакт (по всей вероятности, при помощи рекомендаций парижского знакомого) с группой торговцев, намеревавшихся отправиться в Феццан. Вскоре, однако, разразились события, которые грозили сорвать все дальнейшие планы путешественника. В апреле в Каире вспыхнула эпидемия чумы. Караван, собиравшийся в Феццан, распался. Хорнеман заперся в своем доме и постарался по возможности изолироваться от внешнего мира. Не успела пройти эта опасность, как стала грозить другая, значительно большая.
В начале июля в столице Египта было получено известие, что сорокатысячная французская армия, возглавляемая генералом Бонапартом, высадилась в Александрии. Одержав в июле победу над мамлюкской армией в сражении, известном как Битва у пирамид, французы вступили в Каир.
Еще до этого все европейцы (в том числе и Хорнеман) были интернированы турецкими властями, которые боялись, как бы мусульманское население, возмущенное французским вторжением, не выместило свой гнев на всех «неверных» без разбора. После прихода французов выпущенному на волю Хорнеману помогли двое крупных ученых из числа сопровождавших Наполеона в походе — химик Клод Луи Бертолле и математик Гаспар Монж. Они представили путешественника французскому главнокомандующему. Наполеон, всегда интересовавшийся наукой не только из меценатства, но и по чисто практическим соображениям, приказал выпустить Хорнемана из Египта и снабдить его средствами, необходимыми для осуществления задуманных исследований. Это было весьма кстати, так как все операции английских банков со времени вступления в Египет наполеоновской армии были прекращены и Фридрих оказался совершенно без денег.