Глава мятежников Василий Шуйский, захватив власть, воздал должное романовскому клану — Ивана Борисовича Черкасского пожаловал чином кравчего, а Филарету пообещал патриаршество. Наступил звездный час «суздальского шубника», как звали князя Василия — в эти недели он прочно владел инициативой, действовал хладнокровно и стремительно. В обстановке смятения, охватившего столицу после гибели Расстриги, он старался продемонстрировать, что новый режим представляет собой не кучку заговорщиков, а опирается на самые родовитые и заслуженные московские фамилии. Здесь невозможно было обойтись без Романовых. Но как только народ узнал об избрании в патриархи ростовского архиерея и пожаловании князя Черкасского, Филарет и Петр Шереметев отправились в Углич.
Василий Иванович не зря собрал такую компанию, понимая, что давние недруги не сговорятся: еще в 1596 году Петр Шереметев, доверенный человек Годунова, бил челом государю на Федора Никитича. Тем временем Шуйский поспешил короноваться и, упрочив свою власть, избавился от Романовых и прочих нелюбезных его сердцу личностей. Черкасский перестал быть кравчим, Филарету пришлось съехать с патриаршего двора, который тот уже было занял. Петра Шереметева оставили в Угличе, а потом отправили на воеводство в Псков. Родственника супруги Филарета — инокини Марфы — Михаила Глебовича Салтыкова Шуйский направил в Ивангород, а оттуда еще дальше на берега Ладоги в Орешек. Князь Рубец-Масальский получил назначение в Корелу.
Нейтрализуя Никитичей и их окружение, царь Василий не только решал сиюминутные задачи, но и возвращал боярской семейке старый должок: весной 1587 года Борису Годунову, которого в то время поддерживали Романовы, удалось отправить в ссылку самого Василия Ивановича, а его брату Андрею и дяде Ивану Петровичу заточение в монастырях стоило жизни. Наверняка, припомнив и усердие, проявленное тогда в ходе следствия против Шуйских Михаилом Татищевым, царь Василий отправил своего нынешнего соратника в Новгород. Впрочем, и Романовы не преминули подпортить Шуйскому торжество. Новый царь, надеясь истребить в народе сомнения в гибели Димитрия в Угличе, нанимал бродяг, которые чудесным образом исцелялись у гроба царевича. Это производило должное впечатление, пока кто-то из доброжелателей царя Василия не поленился привести к останкам убиенного отрока тяжелобольного, который тут же благополучно скончался на глазах у разочарованной публики. Пришлось Шуйскому спешно сворачивать представление. Разумеется, причастность к этой истории Филарета и его родичей — всего лишь догадка, но, право, в подобной изощренной пакости чувствуется истинно романовский шик.
Разогнав оппозиционеров по разным углам государства, Шуйский сделал серьезную ошибку. Подобные действия могли принести искомый результат в периоды политической стабильности, когда правительство из центра уверенно диктует свою волю провинциям. Но времена изменились. На Москву все меньше оглядывались, и от позиции местных властей зависело очень многое. Когда же в начале 1607 года в Витебске объявился «спасенный государь Димитрий Иванович», опальные политики получили возможность попомнить Шуйскому недавние обиды. Так, когда к псковскому воеводе Шереметеву явились представители окрестных волостей с просьбой о защите от тушинских отрядов, тот советовал им целовать крест таборскому царю. (Позже пройдоха Шереметев пытал тех же крестьян и, вымучивши деньги, отпускал, приговаривая: «Зачем мужик крест целовал!») Прибежал из Орешка к Лжедмитрию II и Михаил Глебович Салтыков. Так как зерна измены царь Василий рассеял повсеместно, то не удивительно, что власть Тушинского вора порой распространялась на половину территории страны — от Вологды до Астрахани.
Остававшиеся в Москве члены романовского кружка до поры до времени не проявляли норов. Но в мае 1608 года Шуйский послал против Вора войско во главе с Михаилом Скопиным-Шуйским и Иваном Романовым. Когда неприятель стал приближаться, в полках обнаружилась «шатость»: «хотяху царю Васи лью изменити князь Иван Катырев, да князь Юрьи Трубецкой, да князь Иван Троекуров и иные с ними». Катырев был женат на дочери Филарета Никитича Татьяне, Троекуров — на его сестре Анне, брат ростовского архиерея боярин Иван Никитич возглавлял рать. Царю Василию пришлось отвести войско назад в Москву, и воровская орда беспрепятственно обосновалась в 12 верстах от столицы в Тушино. И снова Шуйский не решился наказать никого из романовского клана. Козлом отпущения оказался Юрий Трубецкой, сосланный в Тотьму, откуда он благополучно перебрался в тушинский лагерь.