Нужно сказать, что в эти тяжелые времена многие русские архиереи проявили куда более мужества и патриотизма, чем их ростовский коллега. За неприятие самозванца пострадали епископы Суздальский Галактион и Коломенский Иосиф. Архиепископ Тверской Феоктист организовал оборону города от воровских отрядов, был схвачен и принял мученическую смерть в Тушине. Псковский епископ Геннадий, как выразился летописец, «умер от горести…», наблюдая разорение земли русской. Патриарх Гермоген, несмотря на угрозы, отказался призывать паству присягать королю Сигизмунду и подписывать грамоту защитникам Смоленска с требованием сдачи города. Не запятнав себя сотрудничеством с оккупантами, Гермоген рассылал письма, в которых благословлял народ на борьбу с врагами престола и веры. Поляки и их русские приспешники бросили Гермогена в темницу и уморили голодом. Филарет Тушинский и всея Антируси не сподобился мученического венца, а если и испытал некоторые моральные и физические страдания, то был с лихвой вознагражден за них еще в земной жизни.
В начале 1609 года эйфория среди тушинских героев от успехов своей военно-карательной кампании поутихла. В Новгороде Михаил Скопин-Шуйский соединялся со шведами идти на Москву, появились первые серьезные очаги сопротивления воровскому нашествию. Филарет видел, что складывается примерное равенство сил между Тушино Лжедмитрия II и Москвой Шуйского. В столь неопределенной ситуации не в обычаях Филарета обнаруживать явное предпочтение одной стороне. Оптимальный выход — минимум резких движений, минимум сведений о своей особе. В Москве считают его пленником — пусть считают. Понятно, что Шуйскому не выгодно записывать столь важную персону в число своих противников, не будем в этом мешать августейшему Василию Ивановичу. В Тушине величают его патриархом — пусть величают: «царику» и его окружению льстит, что их воровскую ватагу окормляет свой патриарх. Быть по сему. А он будет ждать. Филарет продолжал добросовестно исполнять первосвятительские обязанности: рассылал патриаршьи грамоты по епархиям, благочиниям и приходам, поминал на ектенье Вора и его дражайшую супругу царицу Марину Юрьевну, перебравшуюся к «законному супругу».
Наконец, в декабре 1609 года в Тушино объявились польские послы, прибывшие из королевского лагеря под осажденным Смоленском. Они через голову Вора обратились к боярам и Филарету с предложениями о переговорах. «Царик» смекнул, что его дела плохи. В начале 1610 года с большей частью войска он покинул загаженный донельзя тушинский холм и вместе со своими сторонниками обосновался в Калуге. Можно было отправиться вслед за ним в новую воровскую «столицу» или вернуться в Москву к Шуйскому. Но Филарет остался: он понял, что настало время действовать. Фактически «патриарх» становится во главе тушинского правительства, договаривается с оставшимися в лагере не отъезжать к Шуйскому и не желать царя из московских бояр.
В январе 1610 года в лагере Сигизмунда появляется Иван Салтыков, который бьет челом королю от имени Филарета. «Мы, Филарет, патриарх московский и Всея Руси, и архиепископы, и епископы и весь освященный собор, слыша его королевского величества о святой нашей православной вере раденье и о христианском освобожденьи подвиг, Бога молим и челом бьем…. А мы, бояре, окольничьи и т. д., его королевской милости челом бьем и на преславном Московском государстве его королевское величество и потомство милостивыми государями видеть хотим»{30}
. Завязываются сношения между королевской ставкой и Филаретом. В феврале стороны подписывают договор, в котором обрисованы контуры будущего царствования Владислава «Жигимонтовича». «С этих страниц февральского договора веет духом опричнины и годуновского режима», — резюмирует С. Ф. Платонов{31}. В частности, тушинские бояре отстаивали незыблемость крепостнических порядков, настойчиво рекомендуя «крестьянам на Руси выхода не давать».