С королем у Бекета завязались не только деловые, но и дружеские отношения. Монарх поручил Томасу воспитание своего маленького сына Генриха Молодого. Канцлер оказался хорошим и внимательным педагогом. Английские хроники сохранили слова наследника, что Бекет выказывал ему больше отеческой любви за один день, чем родной отец за всю жизнь. Скоро воспитанников у канцлера прибавилось. По поручению короля в 1158 году он съездил в Париж, где сосватал для трёхлетнего принца только что родившуюся невесту – дочь Людовика VII Маргариту. В 1160 году двухлетнюю суженую с почестями доставили в Лондон, и она тоже быстро попала под обаяние долговязого (180 см) воспитателя. Привязанность к Бекету сохранилась у Генриха Молодого и Маргариты на всю жизнь.
Канцлер был незаменимым помощником короля, неутомимым в делах и способным выполнить любое его поручение. В 1159 году Генрих неожиданно поручил Бекету командование войсками, воевавшими во Франции за Тулузу, и руководитель его канцелярии неожиданно для всех прекрасно справился и с этим поручением – Тулуза пала. Когда разгорелся конфликт между королём и недавним благодетелем Бекета архиепископом Теобальдом, канцлер однозначно поддержал монарха и добился взимания налогов с церковных земель, чему яростно сопротивлялся архиепископ.
Бекет вёл роскошный образ жизни. Он держал открытый стол в своём доме в Лондоне, за которым ежедневно обедали несколько десятков заискивающих вельмож. Одевался канцлер у лучших лондонских портных, и иногда его роскошные одежды резко контрастировали с одеянием короля, которому всегда было наплевать на свой внешний вид. Собственных земель у Бекета не имелось, и немаленький доход он явно извлекал из своей должности. Но Генриха это не смущало. Главным для него было то, что дело делалось, а коррупция в XII веке считалась вполне естественным способом обогащения.
В 1161 году умер Теобальд, и Генрих решил сделать главой английской католической церкви своего канцлера. Это вызвало яростное сопротивление британского духовенства – все понимали, что Бекет станет жёстким проводником королевской воли, направленной на сокращение церковных привилегий и перераспределение доходов монастырей в пользу казны. Тем не менее, под давлением короля 23 мая 1162 года собрание английских епископов избрало Томаса Бекета архиепископом Кентерберийским. 3 июня он принял постриг и стал главным представителем Бога в Англии. Король торжествовал: теперь они с Бекетом быстро прижмут всех этих богатых попов к ногтю.
Но что-то пошло не так. Уже через пару недель в комнату 7-летнего Генриха Молодого, который, пока отец воевал во Франции, формально управлял страной, вошёл босой Бекет, одетый в простую рясу, и со словами, что новый сан не позволяет ему исполнять обязанности канцлера, отдал мальчику государственную печать. По Лондону поползли странные слухи: Бекет страшно переменился, питается только чёрствым хлебом, носит под грубой рясой власяницу, выкинул из дома всю мебель и спит на простой скамье, ежедневно приглашает к столу по 30 нищих, собственноручно моет им ноги и раздаёт милостыню. Слухи подкреплялись фактами. Вместо лишения монастырей привилегий опытный крючкотвор Бекет приказал пересмотреть все судебные дела за последние сто лет, связанные с отъёмом монастырских земель. Неожиданно для себя церковь стала ещё богаче, чем прежде.
Генрих срочно вернулся в Англию. Попытка примирения не удалась – новый архиепископ считал себя равным монарху. Конфликт усиливался: короля поддерживала знать, а Бекета – народ, для которого церковь и Бог были единственными защитниками от государственной машины угнетения. Отстаивавший церковную независимость архиепископ вдруг стал народным святым – слухи о его чудесах стали распространяться ещё при его жизни.
Окончательный разрыв произошёл в 1164 году, когда король потребовал от духовенства принять Кларендонские конституции, резко ограничивавшие церковные вольности. Многие епископы подписали сужавший их права документ, а Бекет не только отказался это сделать, но и заручился поддержкой папы римского Александра III, что сводило на нет всю королевскую затею. Взбешённый Генрих объявил бывшего друга изменником и потребовал от верных ему епископов приговорить упрямца к смертной казни. Те колебались. Не дожидаясь их вердикта, опальный архиепископ покинул Англию.